（水産動植物に有害な物の遺棄の制限等に関する命令）
第四条農林水産大臣又は都道府県知事は、水産資源の保護培養のために必要があると認めるときは、次に掲げる事項に関して、農林水産省令又は規則を定めることができる。
一水産動植物に有害な物の遺棄又は漏せつその他水産動植物に有害な水質の汚濁に関する制限又は禁止
二水産動植物の保護培養に必要な物の採取又は除去に関する制限又は禁止
２前項の規定による農林水産省令又は規則には、必要な罰則を設けることができる。
３前項の罰則に規定することができる罰は、農林水産省令にあつては二年以下の拘禁刑、五十万円以下の罰金、拘留若しくは科料又はこれらの併科、規則にあつては六月以下の拘禁刑、十万円以下の罰金、拘留若しくは科料又はこれらの併科とする。
４第一項の規定による農林水産省令又は規則には、犯人が所有し、又は所持する漁獲物、漁船、漁具その他水産動植物の採捕の用に供される物及び同項第三号の水産動植物の没収並びに犯人が所有していたこれらの物件の全部又は一部を没収することができない場合におけるその価額の追徴に関する規定を設けることができる。
５農林水産大臣は、第一項の農林水産省令を制定し、又は改廃しようとするときは、水産政策審議会の意見を聴かなければならない。
６都道府県知事は、第一項の規則を制定し、又は改廃しようとするときは、農林水産大臣の認可を受けなければならない。
７都道府県知事は、第一項の規則を制定し、又は改廃しようとするときは、関係海区漁業調整委員会（内水面漁場管理委員会を置く都道府県の管轄に属する内水面（漁業法（昭和二十四年法律第二百六十七号）第六十条第五項第五号に規定する内水面をいう。以下同じ。）に係るものにあつては、内水面漁場管理委員会）の意見を聴かなければならない。
８農林水産大臣は、第一項第一号又は第二号に掲げる事項に関する農林水産省令又は規則であつて、河川法（昭和三十九年法律第百六十七号）が適用され、若しくは準用される河川（以下「河川」という。）又は砂防法（明治三十年法律第二十九号）第二条の規定により国土交通大臣が指定した土地（以下「指定土地」という。）に係るものを定め、又は認可しようとするときは、あらかじめ、国土交通大臣に協議しなければならない。
９農林水産大臣は、第一項第一号に掲げる事項に関する農林水産省令を定め、又は規則を認可しようとするときは、あらかじめ、経済産業大臣に協議しなければならない。
（定数超過による許可の取消及び変更）
第十条前条の規定により定数が定められた時に当該漁業の種類及び水域につき現に漁業の許可（漁業に関する起業の認可を含む。以下同じ。）を受けている漁船の隻数が定数をこえているときは、農林水産大臣は、左に掲げる事項を勘案して農林水産省令で定める基準に従い、そのこえる数の漁船につき、当該漁業に係る許可の取消の期日又は変更すべき当該漁業の操業区域及び変更の期日を指定しなければならない。
一各漁業者が当該漁業の種類及び水域につき許可を受けている漁船の隻数
二当該漁業に従事する漁船の航海度数、主たる操業の場所、操業日数、網入数、漁獲数量その他の操業状況
２農林水産大臣は、前項の基準を定めようとするときは、水産政策審議会の意見を聴かなければならない。
３第一項の規定による指定をする場合において必要があると認めるときは、農林水産大臣は、当該漁業の種類及び水域につき漁業の許可を受けている漁船であつて同項の指定を受けなかつたものにつき、変更すべき当該漁船の操業区域及び変更の期日を指定することができる。
４第一項又は前項の規定による指定は、告示をもつてする。
５前項の告示をしたときは、当該漁業に係る許可は、その有効期間にかかわらず、その指定された期日に取り消され、又は操業区域の変更があつたものとする。
６第一項又は第三項の規定による指定は、これによつて必要となる次条の規定による補償金の総額が国会の議決を経た予算の金額をこえない範囲内でしなければならない。
（損失補償）
第十一条政府は、前条第五項の規定による許可の取消又は操業区域の変更によつて生じた損失を当該処分を受けた者に対し補償しなければならない。
２前項の規定により補償すべき損失は、同項の処分によつて通常生ずべき損失とする。
３前項の補償金額は、農林水産大臣が水産政策審議会の意見を聴いて定め、これを告示する。
５第三項の規定により告示された補償金額に不服がある者は、告示の日から六月以内に、訴えをもつて、その増額を請求することができる。