（増進活動実施計画の認定）
第九条地域生物多様性増進活動を行おうとする者（連携地域生物多様性増進活動を行おうとする市町村を除く。）は、単独で又は共同して、主務省令で定めるところにより、地域生物多様性増進活動の実施に関する計画（以下「増進活動実施計画」という。）を作成し、主務大臣の認定を申請することができる。
２増進活動実施計画には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
３主務大臣は、第一項の規定による申請があった場合において、その申請に係る増進活動実施計画が次の各号のいずれにも適合すると認めるときは、その認定をするものとする。
一基本方針に照らして適切なものであり、かつ、当該地域生物多様性増進活動を確実に遂行するために適切なものであること。
二当該地域生物多様性増進活動が前項第二号に掲げる区域（以下この条において「実施区域」という。）における生物の多様性の維持又は回復若しくは創出に資するものであること。
三当該地域生物多様性増進活動に自然公園法（昭和三十二年法律第百六十一号）第二条第七号に規定する生態系維持回復事業（第五項第二号及び第十五条第三項において「自然公園生態系維持回復事業」という。）が含まれる場合には、同法第三十九条第二項の確認又は同条第三項の認定をすることができる場合に該当すること。
四当該地域生物多様性増進活動に自然環境保全法（昭和四十七年法律第八十五号）第三十条の二第一項に規定する生態系維持回復事業（第十六条第三項において「自然環境生態系維持回復事業」という。）が含まれる場合には、同法第三十条の三第二項の確認又は同条第三項の認定をすることができる場合に該当すること。
五当該地域生物多様性増進活動に絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律（平成四年法律第七十五号）第六条第二項第六号に規定する保護増殖事業（第十七条第三項において「保護増殖事業」という。）が含まれる場合には、同法第四十六条第二項の確認又は同条第三項の認定をすることができる場合に該当すること。
六当該地域生物多様性増進活動に特定外来生物（特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律第二条第一項に規定する特定外来生物をいう。次項及び第十九条において同じ。）の防除が含まれる場合には、市町村が行う防除にあっては同法第十七条の四第一項の確認をすることができる場合に、地方公共団体以外の者が行う防除にあっては同法第十八条第一項の認定をすることができる場合に該当すること。
４主務大臣は、第一項の認定をしようとする場合において、増進活動実施計画に特定外来生物の防除（都道府県が行うものを除く。）が記載されているときは、その旨を実施区域をその区域に含む都道府県知事に通知しなければならない。この場合において、当該都道府県知事は、主務省令で定める期間内に、当該防除に関し、主務大臣に対し、意見を述べることができる。
５主務大臣は、第一項の認定をしようとする場合において、増進活動実施計画に次の各号に掲げる事項が記載されているときは、当該事項について、あらかじめ、それぞれ当該各号に定める者に協議し、その同意を得なければならない。
一自然公園法第二条第三号に規定する国定公園（次号及び第十五条において「国定公園」という。）の区域内において行う行為であって、同法第二十条第三項、第二十一条第三項若しくは第二十二条第三項の許可又は同法第三十三条第一項の規定による届出を要するもの都道府県知事
二国定公園の区域内において行う行為であって、自然公園法第四十一条第二項の確認又は同条第三項の認定を要する自然公園生態系維持回復事業都道府県知事
三鳥獣の保護及び管理並びに狩猟の適正化に関する法律（平成十四年法律第八十八号）第二十九条第七項に規定する都道府県指定特別保護地区の区域内において行う行為であって、同項の許可を要するもの都道府県知事
四森林法第十条の八第一項の規定による届出書の提出を要する行為市町村長
五都市緑地法第八条第一項の規定による届出又は同法第十四条第一項の許可を要する行為都道府県知事（市の区域内にあっては、当該市の長）
６主務大臣は、第一項の認定をしようとする場合において、増進活動実施計画に都市緑地法第八条第七項後段若しくは第十四条第四項の規定による通知又は同条第八項後段の規定による協議を要する行為が記載されているときは、当該行為について、あらかじめ、都道府県知事（市の区域内にあっては、当該市の長）に協議しなければならない。
７次の各号に掲げる地方公共団体が、その区域における増進活動実施計画を作成する場合には、当該各号に定める規定は、適用しない。
一都道府県第五項（第一号から第三号まで及び第五号（実施区域が市の区域に含まれる場合を除く。）に係る部分に限る。）及び前項（実施区域が市の区域に含まれる場合を除く。）の規定
二市第五項（第四号及び第五号に係る部分に限る。）及び前項の規定
８主務大臣は、第一項の認定をしたときは、遅滞なく、当該認定を受けた増進活動実施計画に係る実施区域をその区域に含む地方公共団体（当該認定を受けた地方公共団体を除く。）の長に、その旨を通知しなければならない。次条第四項又は第五項の規定により第一項の認定を取り消したときも、同様とする。
９市町村が作成するその区域における増進活動実施計画は、当該地域生物多様性増進活動に森林法第五条第一項の規定によりたてられた地域森林計画（第二十条第一項において「地域森林計画」という。）の対象となっている民有林（同法第五条第一項に規定する民有林をいう。第二十条第一項において同じ。）における森林の施業が含まれる場合には、当該森林の施業に係る部分について、同法第十条の五第一項の規定によりたてられた市町村森林整備計画に適合するものでなければならない。
１０前各項に定めるもののほか、第一項の認定に関し必要な事項は、主務省令で定める。
（増進活動実施計画の変更等）
第十条前条第一項の認定を受けた者（以下「認定増進活動実施者」という。）は、当該認定に係る増進活動実施計画を変更しようとするときは、主務省令で定めるところにより、主務大臣の認定を受けなければならない。ただし、主務省令で定める軽微な変更については、この限りでない。
２認定増進活動実施者は、前項ただし書の主務省令で定める軽微な変更をしたときは、遅滞なく、その旨を主務大臣に届け出なければならない。
３認定増進活動実施者は、その地域生物多様性増進活動を中止したとき、又はその地域生物多様性増進活動を前条第一項の認定を受けた増進活動実施計画（第一項の規定による変更の認定又は前項の規定による変更の届出があったときは、その変更後のもの。以下「認定増進活動実施計画」という。）に従って行うことができなくなったときは、その旨を主務大臣に通知しなければならない。
４主務大臣は、前項の規定による通知があったときは、その通知に係る前条第一項の認定を取り消すものとする。
５主務大臣は、認定増進活動実施者が認定増進活動実施計画に従って地域生物多様性増進活動を行っていないと認めるときは、その認定を取り消すことができる。
６前条第三項から第十項までの規定は、第一項の認定について準用する。
（連携増進活動実施計画の認定）
第十一条連携地域生物多様性増進活動を行おうとする市町村は、単独で又は共同して、基本方針に基づき、主務省令で定めるところにより、当該市町村の区域における連携地域生物多様性増進活動の促進に関する計画（以下「連携増進活動実施計画」という。）を作成し、主務大臣の認定を申請することができる。
２連携増進活動実施計画には、次に掲げる事項を記載するものとする。
五前各号に掲げるもののほか、連携地域生物多様性増進活動の促進のために必要な事項
３連携増進活動実施計画に市町村と連携して連携地域生物多様性増進活動を行う者（第十三条第二項第二号及び第十五条第一項において「連携活動実施者」という。）が行う連携地域生物多様性増進活動に係る事項を記載しようとする市町村は、当該事項について、あらかじめ、当該連携活動実施者の同意を得なければならない。
４連携地域生物多様性増進活動を行おうとする者は、当該連携地域生物多様性増進活動を行おうとする地域をその区域に含む市町村に対し、当該連携地域生物多様性増進活動に係る事項をその内容に含む連携増進活動実施計画の案の作成についての提案をすることができる。この場合においては、基本方針に即して、当該提案に係る連携増進活動実施計画の素案を作成して、これを提示しなければならない。
５前項の提案を受けた市町村は、当該提案を踏まえた連携増進活動実施計画の案を作成する必要がないと判断したときは、その旨及びその理由を、当該提案をした者に通知するよう努めなければならない。
６市町村は、連携増進活動実施計画を作成しようとする場合において、第十三条第一項に規定する連携増進活動協議会が組織されているときは、当該連携増進活動実施計画に記載する事項について当該連携増進活動協議会における協議をしなければならない。
７生物多様性基本法第十三条第一項に規定する生物多様性地域戦略を定めている市町村は、連携増進活動実施計画を作成するに当たっては、当該生物多様性地域戦略との調和を保つよう努めなければならない。
８第九条第三項、第四項、第五項（第四号を除く。）、第六項及び第八項から第十項までの規定は、連携増進活動実施計画の認定について準用する。この場合において、同条第三項（各号を除く。）、第四項、第五項（各号を除く。）、第六項及び第八項中「第一項」とあるのは「第十一条第一項」と、同条第三項各号（第七号を除く。）及び第九項中「地域生物多様性増進活動」とあるのは「連携地域生物多様性増進活動」と、同条第三項第二号中「前項第二号」とあるのは「第十一条第二項第二号」と、同条第五項第五号中「行為」とあるのは「行為（市の区域内において行うものを除く。）」と、同号及び同条第六項中「都道府県知事（市の区域内にあっては、当該市の長）」とあるのは「都道府県知事」と、同項中「行為が」とあるのは「行為（市の区域内において行うものを除く。）が」と、同条第八項中「次条第四項又は第五項」とあるのは「第十二条第三項において読み替えて準用する第十条第四項又は第五項」と、同条第十項中「前各項」とあるのは「第十一条各項」と、「第一項」とあるのは「同条第一項」と読み替えるものとする。
（連携増進活動実施計画の変更等）
第十二条前条第一項の認定を受けた市町村（以下「認定連携市町村」という。）は、当該認定に係る連携増進活動実施計画を変更しようとするときは、主務省令で定めるところにより、主務大臣の認定を受けなければならない。ただし、主務省令で定める軽微な変更については、この限りでない。
２認定連携市町村は、前項ただし書の主務省令で定める軽微な変更をしたときは、遅滞なく、その旨を主務大臣に届け出なければならない。
３第十条第三項から第五項までの規定は、前条第一項の認定を受けた連携増進活動実施計画（第一項の規定による変更の認定又は前項の規定による変更の届出があったときは、その変更後のもの。以下「認定連携増進活動実施計画」という。）について準用する。この場合において、第十条第三項中「認定増進活動実施者」とあるのは「第十二条第一項に規定する認定連携市町村（第五項において単に「認定連携市町村」という。）」と、同項及び同条第五項中「地域生物多様性増進活動」とあるのは「連携地域生物多様性増進活動」と、同条第四項中「前条第一項」とあるのは「次条第一項」と、同条第五項中「認定増進活動実施者」とあるのは「認定連携市町村又は当該認定連携増進活動実施計画に係る次条第三項に規定する連携活動実施者」と読み替えるものとする。
４前条第三項から第八項までの規定は、認定連携増進活動実施計画の変更の認定について準用する。この場合において、同項中「第十一条第一項」とあるのは「第十二条第一項」と、「第十二条第三項において読み替えて準用する第十条第四項又は第五項」とあるのは「同条第三項において読み替えて準用する第十条第四項又は第五項」と、「第十一条各項」とあるのは「第十二条各項」と読み替えるものとする。
（連携増進活動協議会）
第十三条連携増進活動実施計画を作成しようとする市町村は、連携増進活動実施計画の作成に関する協議及び連携増進活動実施計画の実施に係る連絡調整を行うための協議会（以下この条において「連携増進活動協議会」という。）を組織することができる。
２連携増進活動協議会は、次に掲げる者をもって構成する。
二連携増進活動実施計画に記載しようとする連携活動実施者
三前二号に掲げる者のほか、第二十八条第一項に規定する地域生物多様性増進活動支援センターとしての機能を担う者、関係住民、学識経験者、関係行政機関その他の市町村が必要と認める者
３連携増進活動協議会は、必要があると認めるときは、その構成員以外の第二十八条第一項に規定する地域生物多様性増進活動支援センターとしての機能を担う者及び関係行政機関に対して、資料の提供、意見の表明、説明その他必要な協力を求めることができる。
４第一項の協議を行うための会議において協議が調った事項については、連携増進活動協議会の構成員は、その協議の結果を尊重しなければならない。
５前各項に定めるもののほか、連携増進活動協議会の運営に関し必要な事項は、連携増進活動協議会が定める。
（自然公園法の特例）
第十五条認定増進活動実施者又は認定連携市町村及び当該認定連携増進活動実施計画に係る連携活動実施者（以下「認定連携活動実施者」という。）が自然公園法第二条第二号に規定する国立公園（以下この条において「国立公園」という。）又は国定公園の区域内において認定増進活動実施計画又は認定連携増進活動実施計画に従って同法第二十条第三項、第二十一条第三項又は第二十二条第三項の許可を要する行為に該当する行為を行う場合には、これらの許可があったものとみなす。
２認定増進活動実施者又は認定連携市町村及び認定連携活動実施者（以下「認定連携市町村等」という。）が国立公園又は国定公園の区域内において認定増進活動実施計画又は認定連携増進活動実施計画に従って行う行為については、自然公園法第三十三条第一項及び第二項の規定は、適用しない。
３認定増進活動実施計画に従って行われる地域生物多様性増進活動（以下「認定増進活動」という。）又は認定連携増進活動実施計画に従って行われる連携地域生物多様性増進活動（以下「認定連携増進活動」という。）に国立公園又は国定公園の区域内における自然公園生態系維持回復事業が含まれる場合における当該自然公園生態系維持回復事業についての自然公園法の規定の適用については、当該認定増進活動実施計画又は当該認定連携増進活動実施計画に係る認定があったことをもって、同法第三十九条第二項若しくは第四十一条第二項の確認又は同法第三十九条第三項若しくは第四十一条第三項の認定があったものとみなす。
（自然環境保全法の特例）
第十六条認定増進活動実施者又は認定連携市町村等が自然環境保全法第二十二条第一項の規定による自然環境保全地域（以下この条において「自然環境保全地域」という。）又は同法第三十五条の二第一項の規定による沖合海底自然環境保全地域（次項において「沖合海底自然環境保全地域」という。）の区域内において認定増進活動実施計画又は認定連携増進活動実施計画に従って同法第二十五条第四項、第二十七条第三項又は第三十五条の四第三項の許可を要する行為に該当する行為を行う場合には、これらの許可があったものとみなす。
２認定増進活動実施者又は認定連携市町村等が自然環境保全地域又は沖合海底自然環境保全地域の区域内において認定増進活動実施計画又は認定連携増進活動実施計画に従って行う行為については、自然環境保全法第二十八条第一項及び第三十五条の五第一項の規定並びに同法第三十条及び第三十五条の七において読み替えて準用する同法第二十一条第一項後段（同法第二十五条第四項、第二十七条第三項又は第三十五条の四第三項に係る部分に限る。）及び同法第二十一条第二項（同法第二十八条第一項又は第三十五条の五第一項に係る部分に限る。）の規定は、適用しない。
３認定増進活動又は認定連携増進活動に自然環境保全地域における自然環境生態系維持回復事業が含まれる場合における当該自然環境生態系維持回復事業についての自然環境保全法の規定の適用については、当該認定増進活動実施計画又は当該認定連携増進活動実施計画に係る認定があったことをもって、同法第三十条の三第二項の確認又は同条第三項の認定があったものとみなす。
（絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律の特例）
第十七条認定増進活動実施者又は認定連携市町村等が絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律第三十六条第一項の規定による生息地等保護区（次項及び第二十七条第二項第二号において「生息地等保護区」という。）の区域内において認定増進活動実施計画又は認定連携増進活動実施計画に従って同法第三十七条第四項の許可を要する行為に該当する行為を行う場合には、当該許可があったものとみなす。
２認定増進活動実施者又は認定連携市町村等が生息地等保護区の区域内において認定増進活動実施計画又は認定連携増進活動実施計画に従って行う行為については、絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律第三十九条第一項、第五十四条第二項（同法第三十七条第四項に係る部分に限る。）及び第五十四条第三項（同法第三十九条第一項に係る部分に限る。）の規定は、適用しない。
３認定増進活動又は認定連携増進活動に保護増殖事業が含まれる場合における当該保護増殖事業についての絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律の規定の適用については、当該認定増進活動実施計画又は当該認定連携増進活動実施計画に係る認定があったことをもって、同法第四十六条第二項の確認又は同条第三項の認定があったものとみなす。