令和七年厚生労働省令第三号

国立健康危機管理研究機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令

国立健康危機管理研究機構法（令和五年法律第四十六号）第七条第一号、第十条第四項及び第六項、第二十条第二項、第二十三条第二項、第二十六条第二項、第二十八条第一項及び第二項第九号、第二十九条、第三十条第三項及び第四項並びに第三十三条第一項、第二項、第三項及び第四項第二号、同法第四十三条において準用する独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第八条第三項、第三十七条、第三十九条第一項及び第二項第二号、第四十八条、第五十条、第五十条の四第二項第一号及び第五号、第三項並びに第五項、第五十条の六、第五十条の七第一項並びに第五十条の八第三項並びに国立健康危機管理研究機構法施行令（令和六年政令第二百六十六号）第四条第二項、第八条及び第二十二条並びに附則第十条第二項、第十八条及び第二十二条の規定に基づき、並びに国立健康危機管理研究機構法を実施するため、国立健康危機管理研究機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令を次のように定める。

（子法人）

第一条国立健康危機管理研究機構法（以下「法」という。）第七条第一号に規定する厚生労働省令で定めるものは、国立健康危機管理研究機構（以下「機構」という。）が他の会社等（会社、組合その他これらに準ずる事業体（外国におけるこれらに相当するものを含む。）をいう。以下同じ。）の財務及び事業の方針の決定を支配している場合における当該他の会社等であって、機構と業務を一体的に行っていると認められるものとする。

（監査報告の作成）

第二条法第十条第四項の規定により厚生労働省令で定める事項については、この条の定めるところによる。

２監事は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。この場合において、役員（監事を除く。第一号及び第五項において同じ。）は、監事の職務の執行のための必要な体制の整備に留意しなければならない。

一機構の役員及び職員

二機構の子法人（法第七条第一号に規定する子法人をいう。以下同じ。）の取締役、会計参与、執行役、業務を執行する社員、会社法（平成十七年法律第八十六号）第五百九十八条第一項の職務を行うべき者その他これらの者に相当する者及び使用人

三その他監事が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者

３前項の規定は、監事が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。

４監事は、その職務の遂行に当たり、必要に応じ、機構の他の監事、機構の子法人の監査役その他これらの者に相当する者との意思疎通及び情報の交換を図るよう努めなければならない。

５監査報告には、次に掲げる事項を記載しなければならない。

一監事の監査の方法及びその内容

二機構の業務が、法令等に従って適正に実施されているかどうか及び法第二十七条第一項に規定する中期目標（以下「中期目標」という。）の着実な達成に向け効果的かつ効率的に実施されているかどうかについての意見

三機構の役員の職務の執行が法令等に適合することを確保するための体制その他機構の業務の適正を確保するための体制の整備及び運用についての意見

四機構の役員の職務の遂行に関し、不正の行為又は法令等に違反する重大な事実があったときは、その事実

五監査のため必要な調査ができなかったときは、その旨及びその理由

六監査報告を作成した日

（監事の調査の対象となる書類）

第三条法第十条第六項に規定する厚生労働省令で定める書類は、法、国立健康危機管理研究機構法施行令（以下「令」という。）及びこの省令の規定に基づき厚生労働大臣に提出する書類とする。

（服務の本旨の遂行に関する誓約）

第四条機構の役員及び職員に任命された者は、遅滞なく、法第二十条第一項の服務の本旨に則して職務を遂行する旨を誓約する書面に署名して、任命権者に提出しなければならない。

（業務の実施状況の報告）

第五条法第二十三条第二項の報告は、定期的に、若しくは時宜に応じて、又は求めに応じて、次の各号に掲げる報告先の区分に応じて当該各号に掲げる内容について行うものとする。

一内閣総理大臣内閣法（昭和二十二年法律第五号）第十五条の二第二項各号に掲げる事務に係る法第二十三条第一項各号に掲げる業務の実施状況

二厚生労働大臣法第二十三条第一項各号に掲げる業務の実施状況

２法第二十三条第一項各号に掲げる業務について、内閣総理大臣又は厚生労働大臣が前項の報告の求めを行ったときには、機構は、できる限り速やかにその求めに応じて、同項の報告をするものとする。

（業務方法書の記載事項）

第六条法第二十六条第二項の厚生労働省令で定める事項は、次のとおりとする。

一法第二十三条第一項第一号に規定する感染症その他の疾患に係る予防及び医療に関する研究開発に関する事項

二法第二十三条第一項第二号に規定する医療の提供に関する事項

三法第二十三条第一項第三号に規定する予防及び医療に係る国際協力に関する研究開発に関する事項

四法第二十三条第一項第四号に規定する人材の養成及び資質の向上に関する事項

五法第二十三条第一項第五号に規定する病原及び病因の検索並びに情報の収集、整理、分析及び提供に関する事項

六法第二十三条第一項第六号に規定する収集、検査及び保管並びに開発及び普及に関する事項

七法第二十三条第一項第七号に規定する研修、技術的支援その他の必要な支援に関する事項

八法第二十三条第一項第八号に規定する生物学的検査、試験及び製造に関する事項

九法第二十三条第一項第九号に規定する製造に関する事項

十法第二十三条第一項第十号に規定する試験及び検査に関する事項

十一法第二十三条第一項第十一号に規定する成果の普及及び政策の提言に関する事項

十二法第二十三条第一項第十二号に規定する施設の設置及び運営に関する事項

十三法第二十三条第一項第十三号に規定する出資並びに人的及び技術的援助に関する事項

十四法第二十三条第一項第十四号に規定する感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律（平成十年法律第百十四号）の事務に関する事項

十五機構の建物の一部、設備、機器及び器具を、機構に勤務しない医師、歯科医師その他の医療関係者の診療又は研究若しくは技術の開発のために利用させることに関する事項

十六業務の委託に関する基準

十七競争入札その他契約に関する基本的事項

十八その他機構の業務の執行に関して必要な事項

（中期計画の認可の申請）

第七条機構は、法第二十八条第一項の規定により同項に規定する中期計画（以下「中期計画」という。）の認可を受けようとするときは、当該中期計画の最初の事業年度開始の日の三十日前までに、当該中期計画を記載した申請書を厚生労働大臣に提出しなければならない。

２機構は、法第二十八条第一項後段の規定により中期計画の変更の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書を厚生労働大臣に提出しなければならない。

（中期計画の記載事項）

第八条法第二十八条第二項第九号の厚生労働省令で定める業務運営に関する事項は、次に掲げる事項及びエイズ治療・研究開発センター（血液製剤の投与によるエイズ問題に関する訴訟に係る裁判上の和解（エイズウイルスに感染した者と国との間で平成八年三月二十九日に成立した裁判上の和解をいう。）に基づく恒久的な対策として、エイズに関する診断及び治療、臨床研究、診療に関する相談、技術者の研修並びに情報の収集及び提供を行うために機構に設置される施設をいう。）における業務の実施に関する計画とする。

一職員の人事に関する計画

二施設及び設備に関する計画

三法第三十五条第一項に規定する積立金の処分に関する事項

四その他中期目標を達成するために必要な事項

（年度計画）

第九条法第二十九条に規定する年度計画（以下「年度計画」という。）には、中期計画に定めた事項に関し、当該事業年度において実施すべき事項を記載しなければならない。

２機構は、法第二十九条後段の規定により年度計画を変更したときは、変更した事項及びその理由を記載した届出書を厚生労働大臣に提出しなければならない。

（業務実績等報告書）

第十条法第三十条第三項の報告書（以下この条において「報告書」という。）には、当該報告書が次の表の上欄に掲げる報告書のいずれに該当するかに応じ、それぞれ同表の下欄に掲げる事項を記載しなければならない。その際、機構は、当該報告書が同条第一項の評価の根拠となる情報を提供するために作成されるものであることに留意しつつ、同欄に掲げる事項を機構の事務及び事業の性質、内容等に応じて区分して記載するものとする。

一　事業年度における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにした報告書	一　当該事業年度における業務の実績。なお、当該業務の実績は、当該業務が法第二十七条第二項第一号及び第二号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第三号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ　中期計画及び年度計画の実施状況ロ　当該事業年度における業務運営の状況ハ　当該業務に係る指標がある場合には、当該指標及び当該事業年度の属する中期目標の期間における当該事業年度以前の毎年度の当該指標の数値ニ　当該事業年度の属する中期目標の期間における当該事業年度以前の毎年度の当該業務に係る財務情報及び人員に関する情報二　当該業務が法第二十七条第二項各号に掲げる事項に係るものである場合には、前号に掲げる業務の実績について機構が評価を行った結果。なお、当該評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ　中期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由ロ　業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策ハ　過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況
二　中期目標の期間の終了時に見込まれる中期目標の期間における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにする報告書	一　中期目標の期間の終了時に見込まれる中期目標の期間における業務の実績。なお、当該業務の実績は、当該業務が法第二十七条第二項第一号及び第二号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第三号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ　中期目標及び中期計画の実施状況ロ　当該期間における業務運営の状況ハ　当該業務に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値ニ　当該期間における毎年度の当該業務に係る財務情報及び人員に関する情報二　当該業務が法第二十七条第二項各号に掲げる事項に係るものである場合には、前号に掲げる業務の実績について機構が評価を行った結果。なお、当該評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ　中期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由ロ　業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策ハ　過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況
三　中期目標の期間における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにする報告書	一　中期目標の期間における業務の実績。なお、当該業務の実績は、当該業務が法第二十七条第二項第一号及び第二号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第三号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ　中期目標及び中期計画の実施状況ロ　当該期間における業務運営の状況ハ　当該業務に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値ニ　当該期間における毎年度の当該業務に係る財務情報及び人員に関する情報二　当該業務が法第二十七条第二項各号に掲げる事項に係るものである場合には、前号に掲げる業務の実績について機構が評価を行った結果。なお、当該評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ　中期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由ロ　業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策ハ　過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況

２機構は、報告書を厚生労働大臣に提出したときは、速やかに、当該報告書をインターネットの利用その他の適切な方法により公表するものとする。

（最初の理事長の任期の終了時における業務実績等報告書）

第十一条法第三十条第四項の報告書（以下この条において「報告書」という。）には、次に掲げる事項を記載しなければならない。その際、機構は、当該報告書が同条第二項の評価の根拠となる情報を提供するために作成されるものであることに留意しつつ、次に掲げる事項を機構の事務及び事業の性質、内容等に応じて区分して記載するものとする。

一法第三十条第二項に規定する最初の理事長の任命の日を含む事業年度から当該最初の理事長の任期の末日を含む事業年度の事業年度末までの期間における業務の実績。なお、当該業務の実績は、当該業務が法第二十七条第二項第一号及び第二号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第三号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項をそれぞれ明らかにしたものでなければならない。

イ当該期間における中期計画及び年度計画の実施状況

ロ当該期間における業務運営の状況

ハ当該業務に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値

ニ当該期間における毎年度の当該業務に係る財務情報及び人員に関する情報

二前号に掲げる業務の実績について機構が評価を行った結果。なお、当該評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。

イ中期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由

ロ業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策

ハ過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況

（財務諸表）

第十二条法第三十三条第一項の厚生労働省令で定める書類は、独立行政法人会計基準（平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準をいう。以下同じ。）に定める行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書とする。

（事業報告書の作成）

第十三条法第三十三条第二項の規定により厚生労働省令で定める事項については、この条の定めるところによる。

２法第三十三条第二項の事業報告書（第二十二条第三項において「事業報告書」という。）には、次に掲げる事項を記載しなければならない。

一機構の目的及び業務内容

二国の政策における機構の位置付け及び役割

三中期目標の概要

四機構の理念並びに運営上の方針及び戦略

五中期計画及び年度計画の概要

六持続的に適正なサービスを提供するための源泉

七業務運営上の課題及びリスクの状況並びにその対応策

八業績の適正な評価に資する情報

九業務の成果及び当該業務に要した資源

十予算及び決算の概要

十一法第三十三条第一項に規定する財務諸表（第二十二条第三項において「財務諸表」という。）の要約

十二財政状態及び運営状況

十三内部統制の運用状況

十四機構に関する基礎的な情報

（財務諸表等の閲覧期間）

第十四条法第三十三条第三項の厚生労働省令で定める期間は、五年とする。

（電子公告を行うための電磁的方法）

第十五条法第三十三条第四項第二号に規定する電子情報処理組織を使用する方法その他の情報通信の技術を利用する方法であって厚生労働省令で定めるものは、送信者の使用に係る電子計算機に備えられたファイルに記録された情報の内容を電気通信回線を通じて情報の提供を受ける者の閲覧に供し、当該情報の提供を受ける者の使用に係る電子計算機に備えられたファイルに当該情報を記録する方法とする。

２法第三十三条第四項第二号に規定する措置であって厚生労働省令で定めるものは、前項に規定する方法のうち、インターネットに接続された自動公衆送信装置（公衆の用に供する電気通信回線に接続することにより、その記録媒体のうち自動公衆送信の用に供する部分に記録され、又は当該装置に入力される情報を自動公衆送信する機能を有する装置をいう。）を使用するものによる措置とする。

（短期借入金の認可の申請）

第十六条機構は、法第三十六条第一項ただし書の規定により短期借入金の認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書の規定により短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を厚生労働大臣に提出しなければならない。

一借入れを必要とする理由

二借入金の額

三借入先

四借入金の利率

五借入金の償還の方法及び期限

六利息の支払の方法及び期限

七その他必要な事項

（積立金の処分に係る承認申請書の添付書類）

第十七条令第四条第二項に規定する厚生労働省令で定める書類は、同項に規定する期間最終事業年度の事業年度末の貸借対照表及び当該期間最終事業年度の損益計算書とする。

（長期借入金又は機構債券の償還期間）

第十八条令第八条に規定する厚生労働省令で定める期間は、次の各号に掲げる区分に応じ、それぞれ当該各号に定める期間とする。ただし、厚生労働大臣は、施設及び設備の種類、使用期間その他の事項を勘案して、当該各号に定める期間とすることが適当でないときは、その期間を延長することができる。

一施設三十年間

二設備十年間

（償還計画の認可の申請）

第十九条機構は、法第三十八条の規定により償還計画の認可を受けようとするときは、法第二十九条前段の規定により年度計画を届け出た後遅滞なく、次に掲げる事項を記載した申請書を厚生労働大臣に提出しなければならない。ただし、償還計画の変更の認可を受けようとするときは、その都度提出しなければならない。

一長期借入金の総額及び当該事業年度における借入見込額並びにその借入先

二国立健康危機管理研究機構債券の総額及び当該事業年度において発行するものの引受けの見込み

三長期借入金及び国立健康危機管理研究機構債券の償還の方法及び期限

四その他必要な事項

（準用通則法第八条第三項の厚生労働省令で定める重要な財産）

第二十条準用通則法（法第四十三条において準用する独立行政法人通則法をいう。以下同じ。）第八条第三項の厚生労働省令で定める重要な財産は、機構の保有する財産であって、準用通則法第四十六条の二第一項又は第二項の認可に係る申請の日（同条第一項ただし書又は第二項ただし書の場合にあっては、当該財産の処分に関する計画を定めた法第二十八条第一項の中期計画の認可に係る申請の日）における帳簿価額（現金及び預金にあっては、当該申請の日におけるその額）が五十万円以上のもの（その性質上準用通則法第四十六条の二の規定により処分することが不適当なものを除く。）その他厚生労働大臣が定める財産とする。

（会計の原則）

第二十一条機構の会計については、この省令に定めるところによるものとし、この省令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。

２金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第二十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。

３独立行政法人会計基準は、この省令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。

（会計監査報告の作成）

第二十二条準用通則法第三十九条第一項に規定する厚生労働省令で定める事項については、この条の定めるところによる。

２会計監査人は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。ただし、会計監査人が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。

一機構の役員（監事を除く。）及び職員

二機構の子法人の取締役、会計参与、執行役、業務を執行する社員、会社法第五百九十八条第一項の職務を行うべき者その他これらの者に相当する者及び使用人

三その他会計監査人が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者

３会計監査人は、財務諸表並びに事業報告書及び法第三十三条第二項の決算報告書（以下この項において「決算報告書」という。）を受領したときは、次に掲げる事項を内容とする会計監査報告を作成しなければならない。

一会計監査人の監査の方法及びその内容

二財務諸表（利益の処分又は損失の処理に関する書類を除く。以下この号及び次項において同じ。）が機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示しているかどうかについての意見があるときは、次のイからハまでに掲げる意見の区分に応じ、当該イからハまでに定める事項

イ無限定適正意見監査の対象となった財務諸表が独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示していると認められる旨

ロ除外事項を付した限定付適正意見監査の対象となった財務諸表が、当該除外事項を除き独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示していると認められる旨及び除外事項

ハ不適正意見監査の対象となった財務諸表が不適正である旨及びその理由

三前号の意見がないときは、その旨及びその理由

四第二号の意見があるときは、事業報告書（会計に関する部分を除く。）の内容と、財務諸表並びに事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書の内容又は会計監査人が監査の過程で得た知識との間の重要な相違等について、報告すべき事項の有無及び報告すべき事項があるときはその内容

五追記情報

六前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告

七当該会計監査報告を作成した日

４前項第五号に規定する「追記情報」とは、次に掲げる事項その他の事項のうち、会計監査人の判断に関して説明を付す必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項とする。

一会計方針の変更

二重要な偶発事象

三重要な後発事象

（電磁的記録に記録された事項を表示する方法）

第二十三条準用通則法第三十九条第二項第二号に規定する電子計算機による情報処理の用に供されるものとして厚生労働省令で定めるものは、当該書面等に記載すべき、又は記載された事項を機構の使用に係る電子計算機に備えられたファイルへ記録する方法又は電磁的記録媒体（電磁的記録に係る記録媒体をいう。）をもって調製する方法によるものとする。ただし、同号の作成は、クラウド・コンピューティング・サービス関連技術（官民データ活用推進基本法（平成二十八年法律第百三号）第二条第四項に規定するクラウド・コンピューティング・サービス関連技術をいう。）その他の情報通信技術の進展の状況を踏まえた適切な方法によるものとする。

２準用通則法第三十九条第二項第二号に規定する厚生労働省令で定める方法は、インターネットを利用する方法、機構の事務所に備え置く電子計算機の映像面に表示する方法又は当該電磁的記録に記録されている事項を記載した書類による方法とする。

（準用通則法第四十八条の厚生労働省令で定める重要な財産）

第二十四条準用通則法第四十八条の厚生労働省令で定める重要な財産は、次に掲げるものとする。

一土地及び建物

二その他厚生労働大臣が指定する財産

（準用通則法第四十八条の厚生労働省令で定める重要な財産の処分等の認可の申請）

第二十五条機構は、準用通則法第四十八条の規定により重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下この条において「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を厚生労働大臣に提出しなければならない。

一処分等に係る財産の内容及び評価額

二処分等の条件

三処分等の方法

四機構の業務運営上支障がない旨及びその理由

（償却資産の指定等）

第二十六条厚生労働大臣は、機構が業務のため取得しようとしている償却資産についてその減価に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その取得までの間に限り、当該償却資産を指定することができる。

２前項の指定を受けた資産の減価償却については、減価償却費は計上せず、当該資産の減価額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。

（譲渡差額を損益計算上の損益に計上しない譲渡取引）

第二十七条厚生労働大臣は、機構が準用通則法第四十六条の二第二項の規定に基づいて行う政府出資等に係る不要財産の譲渡取引について、その譲渡差額を損益計算上の損益に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。

（対応する収益の獲得が予定されない資産除去債務に係る除去費用等）

第二十八条厚生労働大臣は、機構が業務のために保有し、又は取得しようとしている有形固定資産に係る資産除去債務に対応する除去費用に係る費用配分額及び時の経過による資産除去債務の調整額（以下この条において「除去費用等」という。）について、その除去費用等に対応すべき収益の獲得が予定されていないと認められる場合には、当該除去費用等を指定することができる。

（円滑な再就職に特に配慮を要する業務の範囲）

第二十九条準用通則法第五十条の四第二項第一号に規定する円滑な再就職に特に配慮を要する業務として厚生労働省令で定めるものは、次に掲げるものとする。

一基礎研究

二福祉に関する業務

三研究開発に関する業務（第一号に掲げる業務を除く。）

（離職を余儀なくされることが見込まれる機構の役職員の人数）

第三十条準用通則法第五十条の四第二項第五号に規定する厚生労働省令で定める人数は、三十人とする。

（密接関係法人等の範囲）

第三十一条準用通則法第五十条の四第三項に規定する営利企業等（以下「営利企業等」という。）のうち、資本関係、取引関係等において機構と密接な関係を有するものとして厚生労働省令で定めるものは、次に掲げるものとする。

一機構（機構により財務及び営業又は事業の方針を決定する機関（株主総会その他これに準ずる機関をいう。以下「意思決定機関」という。）を支配されている営利企業等で次条に定めるものを含む。）が他の営利企業等の財務及び営業又は事業の方針の決定に対して重要な影響を与えることができる場合における当該他の営利企業等として第三十三条に定めるもの

二準用通則法第五十条の四第一項の規定により禁止される提供、依頼又は要求の日（次号において「行為日」という。）前五年間に係る営利企業等の事業年度（以下この号において「事業年度」という。）のうちいずれかの事業年度において機構との間に締結した売買、賃借、請負その他の契約（電気、ガス又は水道水の供給及び日本放送協会による放送の役務の給付を受ける契約を除く。）の総額が二千万円以上である営利企業等であって、当該契約の総額の当該事業年度における売上額又は仕入額等の総額に占める割合が二十五パーセント（資本の額又は出資の総額が三億円以上であり、かつ、常時雇用する従業員の数が三百人以上である営利企業等にあっては、十パーセント）以上であるもの

三行為日前五年間に、機構に対し、許認可等（行政手続法（平成五年法律第八十八号）第二条第三号に規定する許認可等をいう。）又は補助金等（補助金、負担金、利子補給金その他相当の反対給付を受けない給付金をいう。）の交付に係る申請中の期間がある営利企業等

四機構による立入検査（法令の規定に基づき行われるものに限る。）の対象となり得る営利企業等

（子会社の範囲）

第三十二条前条第一号に規定する機構により財務及び営業又は事業の方針を決定する機関を支配されている営利企業等は、機構により意思決定機関を支配されている会社等（以下「子会社」という。）とする。この場合において、機構及びその子会社又は機構の子会社が、他の会社等の意思決定機関を支配している場合における当該他の会社等も、機構の子会社とみなす。

２前項に規定する子会社とは、次の各号に掲げる会社等をいう。ただし、財務上又は営業上若しくは事業上の関係からみて機構から意思決定機関を支配されていないことが明らかであると認められる会社等は、この限りでない。

一機構が会社等（民事再生法（平成十一年法律第二百二十五号）の規定による再生手続開始の決定を受けた会社等、会社更生法（平成十四年法律第百五十四号）の規定による更生手続開始の決定を受けた株式会社、破産法（平成十六年法律第七十五号）の規定による破産手続開始の決定を受けた会社等その他これらに準ずる会社等であって、かつ、有効な支配従属関係が存在しないと認められる会社等を除く。以下この項において同じ。）の議決権の過半数を自己の計算において所有している場合における当該会社等

二機構が、会社等の議決権の百分の四十以上百分の五十以下を自己の計算において所有し、かつ、次に掲げるいずれかの要件に該当する場合における当該会社等

イ自己の計算において所有している議決権と自己と出資、人事、資金、技術、取引等において緊密な関係があることにより自己の意思と同一の内容の議決権を行使すると認められる者及び自己の意思と同一の内容の議決権を行使することに同意している者が所有している議決権とを合わせて、会社等の議決権の過半数を占めていること。

ロ役員若しくは職員又はこれらであった者であって、かつ、自己が会社等の財務及び営業又は事業の方針の決定に関して影響を与えることができるものが、当該会社等の取締役会その他これに準ずる機関の構成員の過半数を占めていること。

ハ会社等の重要な財務及び営業又は事業の方針の決定を支配する契約等が存在すること。

ニ会社等の資金調達額（貸借対照表の負債の部に計上されているものに限る。）の総額の過半について融資（債務の保証及び担保の提供を含む。以下この号及び次条第二号ロ（２）において同じ。）を行っていること（自己と出資、人事、資金、技術、取引等において緊密な関係のある者が行う融資の額を合わせて資金調達額の総額の過半となる場合を含む。）。

ホその他会社等の意思決定機関を支配していることが推測される事実が存在すること。

三機構が、自己の計算において所有している議決権と、自己と出資、人事、資金、技術、取引等において緊密な関係があることにより自己の意思と同一の内容の議決権を行使すると認められる者及び自己の意思と同一の内容の議決権を行使することに同意している者が所有している議決権とを合わせた場合（機構が自己の計算において議決権を所有していない場合を含む。）に会社等の議決権の過半数を占め、かつ、前号ロからホまでに掲げるいずれかの要件に該当する場合における当該会社等

（関連会社等の範囲）

第三十三条第三十一条第一号に規定する当該他の営利企業等は、次の各号に掲げるものとする。

一機構の子会社

二機構（機構が子会社を有する場合には、当該子会社を含む。）が、出資、人事、資金、技術、取引等の関係を通じて、子会社以外の他の会社等の財務及び営業又は事業の方針の決定に対して重要な影響を与えることができる場合として次に掲げる場合における当該子会社以外の他の会社等。ただし、財務上又は営業上若しくは事業上の関係からみて当該子会社以外の他の会社等の財務及び営業又は事業の方針の決定に対して重要な影響を与えることができないことが明らかであると認められるときは、この限りでない。

イ子会社以外の他の会社等（民事再生法の規定による再生手続開始の決定を受けた会社等、会社更生法の規定による更生手続開始の決定を受けた株式会社、破産法の規定による破産手続開始の決定を受けた会社等その他これらに準ずる会社等であって、かつ、当該会社等の財務及び営業又は事業の方針の決定に対して重要な影響を与えることができないと認められるものを除く。以下この号において同じ。）の議決権の百分の二十以上を自己の計算において所有している場合

ロ子会社以外の他の会社等の議決権の百分の十五以上百分の二十未満を自己の計算において所有している場合であって、かつ、次に掲げるいずれかの要件に該当する場合

（１）機構の役員若しくは職員又はこれらであった者であって、かつ、自己が子会社以外の他の会社等の財務及び営業又は事業の方針の決定に関して影響を与えることができるものが、当該子会社以外の他の会社等の代表取締役、取締役又はこれらに準ずる役職に就任していること。

（２）子会社以外の他の会社等に対して重要な融資を行っていること。

（３）子会社以外の他の会社等に対して重要な技術を提供していること。

（４）子会社以外の他の会社等との間に重要な販売、仕入れその他の営業上又は事業上の取引があること。

（５）その他子会社以外の他の会社等の財務及び営業又は事業の方針の決定に対して重要な影響を与えることができることが推測される事実が存在すること。

ハ自己の計算において所有している議決権と、自己と出資、人事、資金、技術、取引等において緊密な関係があることにより自己の意思と同一の内容の議決権を行使すると認められる者及び自己の意思と同一の内容の議決権を行使することに同意している者が所有している議決権とを合わせた場合（自己の計算において議決権を所有していない場合を含む。）に子会社以外の他の会社等の議決権の百分の二十以上を占め、かつ、ロ（１）から（５）までに掲げるいずれかの要件に該当する場合

三機構の業務の一部又は機構の業務に関連する事業を行っている一般社団法人、一般財団法人その他の団体であって、機構が出資、人事、資金、技術、取引等の関係を通じて、その財務及び事業の方針決定を支配しているか、又はそれらに対して重要な影響を与えることができるもの

（退職手当通算予定役職員の範囲）

第三十四条準用通則法第五十条の四第五項に規定する特別の事情がない限り引き続いて採用が予定されている者のうち厚生労働省令で定めるものは、退職手当通算法人等（同条第四項に規定する退職手当通算法人等をいう。以下この条において同じ。）の役員又は退職手当通算法人等に使用される者となるため退職した場合に法第十八条第二項若しくは第十九条第二項の規定により定められた退職手当の支給の基準により退職手当の支給を受けないこととされている者とする。

（再就職者による法令等違反行為の依頼等の届出の手続）

第三十五条準用通則法第五十条の六の規定による届出は、同条各号に掲げる要求又は依頼を受けた後遅滞なく、別記様式第一により、機構の理事長に提出して行うものとする。

（内部組織）

第三十六条準用通則法第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた機構の内部組織として厚生労働省令で定めるものは、現に存する機構の理事長の直近下位の内部組織として厚生労働大臣が定めるもの（次項において「現内部組織」という。）であって、再就職者（離職後二年を経過した者を除く。次項において同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。

２直近七年間に存し、又は存していた機構の理事長の直近下位の内部組織として厚生労働大臣が定めるものであって、再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を現内部組織（当該内部組織が現内部組織である場合にあっては、他の現内部組織）が行っている場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該現内部組織に在職していたものとみなす。

（管理又は監督の地位）

第三十七条準用通則法第五十条の六第二号に規定する管理又は監督の地位として厚生労働省令で定めるものは、職員の退職管理に関する政令（平成二十年政令第三百八十九号）第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして厚生労働大臣が定めるものとする。

（理事長への再就職の届出）

第三十八条準用通則法第五十条の七第一項の規定による届出をしようとする機構の役職員（同項に規定する機構の役職員をいう。次項、第三項及び第四項第二号において同じ。）は、別記様式第二により、機構の理事長に届出をしなければならない。

２準用通則法第五十条の七第一項の規定による届出をした機構の役職員は、当該届出に係る第四項第五号から第九号までに掲げる事項に変更があったときは、遅滞なく、別記様式第三により、その旨を機構の理事長に届け出なければならない。

３準用通則法第五十条の七第一項の規定による届出をした機構の役職員は、当該届出に係る約束が効力を失ったときは、遅滞なく、別記様式第四により、その旨を機構の理事長に届け出なければならない。

４準用通則法第五十条の七第一項に規定する厚生労働省令で定める事項は、次に掲げる事項とする。

一氏名

二機構の役職員の地位

三再就職の約束をした日以前の機構の役職員（準用通則法第五十条の四第一項に規定する機構の役職員をいう。第十号において同じ。）としての在職中において、再就職先に対し、最初に当該再就職先の地位に就くことを要求した日（当該日がなかった場合には、その旨）

四再就職の約束をした日

五離職予定日

六再就職予定日

七再就職先の名称及び連絡先

八再就職先の業務内容

九再就職先における地位

十離職後の就職の援助（最初に機構の役職員となった後に行われたものに限る。以下この号において同じ。）を行った者の氏名又は名称及び当該援助の内容（離職後の就職の援助がなかった場合には、その旨）

（理事長による報告）

第三十九条準用通則法第五十条の八第三項の規定による報告は、毎年度（毎年四月一日から翌年三月三十一日までをいう。以下この条において同じ。）、当該年度の四月一日以後遅滞なく、当該年度の前年度にされた準用通則法第五十条の六の規定による届出並びに同年度に講じた準用通則法第五十条の八第一項及び第二項の措置の内容について行うものとする。

（他の省令の準用）

第四十条次の省令の規定については、機構を国の行政機関とみなして、これらの規定を準用する。

一健康保険法施行規則（大正十五年内務省令第三十六号）第百五十九条第一項第六号

二医療法施行規則（昭和二十三年厚生省令第五十号）第三条の二第一項及び第四十三条

三生活保護法施行規則（昭和二十五年厚生省令第二十一号）第十条第一項及び第三項、第十条の六第一項、第十条の七並びに第十四条（中国残留邦人等の円滑な帰国の促進並びに永住帰国した中国残留邦人等及び特定配偶者の自立の支援に関する法律（平成六年法律第三十号）第十四条第四項（中国残留邦人等の円滑な帰国の促進及び永住帰国後の自立の支援に関する法律の一部を改正する法律（平成十九年法律第百二十七号）附則第四条第二項において準用する場合を含む。）においてこれらの規定の例による場合を含む。）

四精神保健及び精神障害者福祉に関する法律施行規則（昭和二十五年厚生省令第三十一号）第十二条

五覚醒剤取締法施行規則（昭和二十六年厚生省令第三十号）第二十三条並びに第二十六条第一項第十七号及び第十八号

六麻薬及び向精神薬取締法施行規則（昭和二十八年厚生省令第十四号）第二十一条、第二十三条第一項、第二十四条から第二十六条まで及び第四十九条

七保険医療機関及び保険薬局の指定並びに保険医及び保険薬剤師の登録に関する省令（昭和三十二年厚生省令第十三号）第三条第一項第一号及び第六条第一項第一号

八外国医師等が行う臨床修練等に係る医師法第十七条等の特例等に関する法律施行規則（昭和六十二年厚生省令第四十七号）第一条第一項

九介護保険法施行規則（平成十一年厚生省令第三十六号）第百二十六条第一項及び第百四十条の十五第一項

十医師法第十六条の二第一項に規定する臨床研修に関する省令（平成十四年厚生労働省令第百五十八号）第二十条

十一歯科医師法第十六条の二第一項に規定する臨床研修に関する省令（平成十七年厚生労働省令第百三号）第二十条

２前項の規定により次の表の上欄に掲げる省令の規定を準用する場合においては、これらの規定中の字句で同表の中欄に掲げるものは、それぞれ同表の下欄の字句と読み替えるものとする。

覚醒剤取締法施行規則第二十三条第二項	主務大臣	国立健康危機管理研究機構
医師法第十六条の二第一項に規定する臨床研修に関する省令第二十条	所管大臣	国立健康危機管理研究機構
歯科医師法第十六条の二第一項に規定する臨床研修に関する省令第二十条	所管大臣	国立健康危機管理研究機構

附　則

（施行期日）

第一条この省令は、法の施行の日（令和七年四月一日）から施行する。ただし、次条の規定は、公布の日から施行する。

（設立委員による業務方法書の作成等に係る経過措置）

第二条第六条の規定は、法附則第三条第二項の規定により設立委員が作成する業務方法書についても適用する。

（最初の中期計画の認可申請に係る経過措置）

第三条この省令の施行の日を含む事業年度を最初の事業年度とする中期計画に係る第七条第一項の規定の適用については、同項中「当該中期計画の最初の事業年度開始の日の三十日前までに」とあるのは、「令和七年四月一日以後最初の中期目標の指示を受けた後遅滞なく」とする。

（理事長による報告に係る経過措置）

第四条令和七年度の準用通則法第五十条の八第三項の規定による報告に係る第三十九条の規定の適用については、同条中「当該年度の前年度にされた」とあるのは「令和六年度にされた、法附則第二十条の規定により読み替えて適用される」と、「同年度に講じた」とあるのは「令和六年度の国立研究開発法人国立国際医療研究センターに係る」とする。

（業務実績等報告書に関する経過措置）

第五条国立研究開発法人国立国際医療研究センター（以下「国立国際医療研究センター」という。）の解散の日の前日を含む事業年度（附則第十条において「センターの最終事業年度」という。）及び中長期目標の期間に係る業務の実績に関する評価については、高度専門医療に関する研究等を行う国立研究開発法人の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令（平成二十二年厚生労働省令第三十八号。以下「高度専門医療国立研究開発法人省令」という。）第五条の規定は、なおその効力を有する。

（財務諸表等に関する経過措置）

第六条機構が法附則第十六条第七項の規定により行う、国立国際医療研究センターの解散の日の前日を含む事業年度に係る独立行政法人通則法第三十八条の規定による財務諸表、事業報告書及び決算報告書の作成等については、高度専門医療国立研究開発法人省令第十条から第十一条までの規定は、なおその効力を有する。

（承継時の償却資産に関する経過措置）

第七条法附則第十二条第二項及び第十七条第一項の規定により政府から出資があったものとされた償却資産については、第二十六条第一項の指定を受けたものとみなして、同条第二項の規定を適用する。

（内部組織に係る経過措置）

第八条法附則第二十条において読み替えて適用する独立行政法人通則法（以下この条及び次条において「附則準用通則法」という。）第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた旧国立国際医療研究センター（法附則第十六条第一項の規定により解散した国立国際医療研究センターをいう。以下この条において同じ。）の内部組織として厚生労働省令で定めるものは、旧国立国際医療研究センターの理事長の直近下位の内部組織として厚生労働大臣が定めるもの（以下この条において「解散時内部組織」という。）であって、附則準用通則法第五十条の六第一号に規定する再就職者（離職後二年を経過した者を除く。以下この条において「再就職者」という。）が離職前五年間に在職していたものとする。

２法の施行の日の前日前に存していた解散時内部組織において当該再就職者が行っていた業務を、当該再就職者の離職後、他の解散時内部組織に在職する者が行っていた場合における前項の規定の適用については、当該他の解散時内部組織について、当該再就職者が離職前五年間に当該解散時内部組織に在職していたものとみなす。

３附則準用通則法第五十条の六第一号に規定する当該中期目標管理法人の内部組織として厚生労働省令で定めるものは、現に存する機構の理事長の直近下位の内部組織のうち、解散時内部組織が行っていた業務を行うものとして厚生労働大臣が定めるものとする。

（管理又は監督の地位に関する経過措置）

第九条附則準用通則法第五十条の六第二号に規定する管理若しくは監督の地位として厚生労働省令で定めるものは、職員の退職管理に関する政令第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして厚生労働大臣が定めるものとする。

（積立金の処分に関する経過措置）

第十条令附則第十条第二項に規定する添付書類は、次に掲げるものとする。

一センターの最終事業年度の事業年度末の貸借対照表

二センターの最終事業年度の損益計算書

三センターの最終事業年度の事業年度末の利益の処分に関する書類

四承認を受けようとする金額の計算の基礎を明らかにした書類

（国立感染症研究所に係る家畜伝染病予防法施行規則の適用に関する経過措置）

第十一条機構の成立前に家畜伝染病予防法施行規則（昭和二十六年農林省令第三十五号）第三条第四号、第二十三条第五号、第二十六条の二第五号、第二十八条第五号、第二十九条第五号、第三十一条第五号又は第三十三条第五号の規定により国立感染症研究所について国に対しされた指定であって、法附則第十二条第一項の規定により機構が承継することとなる権利及び義務に係るものは、機構の成立後は、家畜伝染病予防法施行規則のこれらの規定により機構に対しされた指定とみなす。

（国立感染症研究所に係る感染症法施行規則等の適用に関する経過措置）

第十二条機構の成立前に感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律施行規則（平成十年厚生省令第九十九号）第三十一条の四十四第一項の規定により国立感染症研究所がした申出、同条第五項の規定により国立感染症研究所が受けた通知若しくは同条第六項の規定により国立感染症研究所がした提出、介護保険法施行規則第百四十条の七十二の九第一項の規定により国立感染症研究所がした申出、同条第五項の規定により国立感染症研究所が受けた通知若しくは同条第六項の規定により国立感染症研究所がした提出又は高齢者の医療の確保に関する法律施行規則（平成十九年厚生労働省令第百二十九号）第五条の五第一項の規定により国立感染症研究所がした申出、同条第五項の規定により国立感染症研究所が受けた通知若しくは同条第六項の規定により国立感染症研究所がした提出であって、法附則第十二条第一項の規定により機構が承継することとなる権利及び義務に係るものは、機構の成立後は、それぞれの法令の規定により機構がした申出、機構が受けた通知又は機構がした提出とみなす。

（国立看護大学校に対して行った認定に関する経過措置）

第十三条独立行政法人大学評価・学位授与機構が国立国際医療研究センターの国立看護大学校（国立健康危機管理研究機構法の施行に伴う関係法律の整備に関する法律（令和五年法律第四十七号）による改正前の高度専門医療に関する研究等を行う国立研究開発法人に関する法律（平成二十年法律第九十三号）第十六条第六号に規定する施設をいう。以下この条において「センターの国立看護大学校」という。）に置かれる課程に対して行った学位規則（昭和二十八年文部省令第九号）第六条第二項の認定（高度専門医療国立研究開発法人省令附則第三条の規定によりセンターの国立看護大学校に対しされた認定とみなされたものを含む。）は、機構の成立後は、学位規則第六条第二項の規定により独立行政法人大学評価・学位授与機構が機構の国立看護大学校（法第二十三条第一項第十二号に規定する施設をいう。）に置かれる課程に対して行ったものとみなす。

（労働者災害補償保険法施行規則の適用に関する経過措置）

第十四条機構の成立前に労働者災害補償保険法施行規則（昭和三十年労働省令第二十二号）第十一条第一項の規定により国立国際医療研究センターに対しされた指定（高度専門医療国立研究開発法人省令附則第四条の規定により国立国際医療研究センターに対しされた指定とみなされたものを含む。）については、機構の成立後は、同項の規定により機構に対しされた指定とみなす。

（国立国際医療研究センターに係る感染症法施行規則等の適用に関する経過措置）

第十五条機構の成立前に感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律施行規則第三十一条の四十四第一項の規定により国立国際医療研究センターがした申出、同条第五項の規定により国立国際医療研究センターが受けた通知若しくは同条第六項の規定により国立国際医療研究センターがした提出、介護保険法施行規則第百四十条の七十二の九第一項の規定により国立国際医療研究センターがした申出、同条第五項の規定により国立国際医療研究センターが受けた通知若しくは同条第六項の規定により国立国際医療研究センターがした提出又は高齢者の医療の確保に関する法律施行規則第五条の五第一項の規定により国立国際医療研究センターがした申出、同条第五項の規定により国立国際医療研究センターが受けた通知若しくは同条第六項の規定により国立国際医療研究センターがした提出であって、法附則第十六条第一項の規定により機構が承継することとなる権利及び義務に係るものは、機構の成立後は、それぞれの法令の規定により機構がした申出、機構が受けた通知又は機構がした提出とみなす。