第四条附則第二条の規定により施行日後の研究所の職員となる者に対しては、国家公務員退職手当法（昭和二十八年法律第百八十二号）に基づく退職手当は、支給しない。
２施行日後の研究所は、前項の規定の適用を受けた施行日後の研究所の職員の退職に際し、退職手当を支給しようとするときは、その者の国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員（同条第二項の規定により職員とみなされる者を含む。）としての引き続いた在職期間を施行日後の研究所の職員としての在職期間とみなして取り扱うべきものとする。
３施行日の前日の独立行政法人国立環境研究所（以下「施行日前の研究所」という。）に職員として在職する者が、附則第二条の規定により引き続いて施行日後の研究所の職員となり、かつ、引き続き施行日後の研究所の職員として在職した後引き続いて国家公務員退職手当法第二条第一項に規定する職員となった場合におけるその者の同法に基づいて支給する退職手当の算定の基礎となる勤続期間の計算については、その者の施行日後の研究所の職員としての在職期間を同項に規定する職員としての引き続いた在職期間とみなす。ただし、その者が施行日後の研究所を退職したことにより退職手当（これに相当する給付を含む。）の支給を受けているときは、この限りでない。
４施行日後の研究所は、施行日の前日に施行日前の研究所の職員として在職し、附則第二条の規定により引き続いて施行日後の研究所の職員となった者のうち施行日から雇用保険法（昭和四十九年法律第百十六号）による失業等給付の受給資格を取得するまでの間に施行日後の研究所を退職したものであって、その退職した日まで施行日前の研究所の職員として在職したものとしたならば国家公務員退職手当法第十条の規定による退職手当の支給を受けることができるものに対しては、同条の規定の例により算定した退職手当の額に相当する額を退職手当として支給するものとする。
（労働組合についての経過措置）
第六条この法律の施行の際現に存する特定独立行政法人等の労働関係に関する法律（昭和二十三年法律第二百五十七号。次条において「特労法」という。）第四条第二項に規定する労働組合であって、その構成員の過半数が附則第二条の規定により施行日後の研究所の職員となる者であるものは、この法律の施行の際労働組合法（昭和二十四年法律第百七十四号）の適用を受ける労働組合となるものとする。この場合において、当該労働組合が法人であるときは、法人である労働組合となるものとする。
２前項の規定により法人である労働組合となったものは、施行日から起算して六十日を経過する日までに、労働組合法第二条及び第五条第二項の規定に適合する旨の労働委員会の証明を受け、かつ、その主たる事務所の所在地において登記しなければ、その日の経過により解散するものとする。
３第一項の規定により労働組合法の適用を受ける労働組合となったものについては、施行日から起算して六十日を経過する日までは、同法第二条ただし書（第一号に係る部分に限る。）の規定は、適用しない。