第三条大臣官房は、次に掲げる事務をつかさどる。
二環境省の職員の任免、給与、懲戒、服務その他の人事並びに教養及び訓練に関すること。
五公文書類の接受、発送、編集及び保存に関すること。
十二環境省の所掌に係る経費及び収入の予算、決算及び会計並びに会計の監査に関すること。
十三環境省所管の国有財産の管理及び処分並びに物品の管理に関すること。
十四環境省の職員の衛生、医療その他の福利厚生に関すること。
十六地方環境事務所の組織及び運営一般に関すること。
十七地方における環境省の所掌事務に関する調査、資料の収集及び整理に関すること。
十八中央環境審議会及び公害対策会議の庶務に関すること。
十九環境省の情報システムの整備及び管理に関すること。
二十一エネルギー対策特別会計のエネルギー需給勘定及び電源開発促進勘定の経理に関すること。
二十二エネルギー対策特別会計のエネルギー需給勘定及び電源開発促進勘定に属する行政財産及び物品の管理に関すること。
二十三東日本大震災復興特別会計の経理のうち環境省の所掌に係るものに関すること。
二十四東日本大震災復興特別会計に属する国有財産の管理及び処分並びに物品の管理のうち環境省の所掌に係るものに関すること。
二十七環境省の所掌事務に関する政策の評価に関すること。
二十八環境の保全に関する基本的な政策の企画及び立案並びに推進に関すること（他局の所掌に属するものを除く。）。
二十九環境の保全に関する関係行政機関の事務の調整に関すること（他局の所掌に属するものを除く。）。
三十地球環境保全、公害の防止並びに自然環境の保護及び整備（以下「地球環境保全等」という。）に関する関係行政機関の経費の見積りの方針の調整に関すること。
三十一地球環境保全等に関する関係行政機関の試験研究機関の経費（大学及び大学共同利用機関の所掌に係るものを除く。次条第三号、第十六条第九号及び第二十六条第四号において同じ。）及び関係行政機関の試験研究委託費の配分計画に関すること（地球環境局の所掌に属するものを除く。）。
三十二国土利用計画（国土利用計画法（昭和四十九年法律第九十二号）第四条に規定する計画をいう。第十九条第二号において同じ。）のうち全国計画（同法第四条に規定する全国計画をいう。同号において同じ。）の作成に関すること（環境の保全に関する基本的な政策に係るものに限る。）。
三十三公害に係る健康被害の補償及び予防に関すること。
三十四公害の防止のための事業に要する費用の事業者負担に関する制度に関すること。
三十五石綿による健康被害の救済に関すること（他の府省の所掌に属するものを除く。）。
三十六環境の保全の観点からの温室効果ガス（大気を構成する気体であって、地表からの赤外線を吸収し、及びこれを放射する性質を有するものをいう。以下同じ。）の排出の抑制に関する基準、指針、方針、計画その他これらに類するもの（以下「基準等」という。）の策定及び規制その他これに類するもの（以下「規制等」という。）に関すること（地方公共団体が行う地域の脱炭素化（地球温暖化対策の推進に関する法律（平成十年法律第百十七号）第二条第六項に規定する地域の脱炭素化をいう。以下同じ。）に関する施策に関するもの及び環境の保全上の支障を防止するための経済的措置に関し、環境基本法（平成五年法律第九十一号）第二十二条に定めるところにより行う事務に限る。）。
三十七環境の保全の観点からの工場立地の規制に関する基準等の策定及び当該規制の実施に関すること。
三十八環境の保全の観点からの化学物質の審査及び製造、輸入、使用その他の取扱いの規制に関する基準等の策定並びに当該規制の実施に関すること。
三十九事業活動に伴い事業所において環境に排出される化学物質の量及び事業活動に係る廃棄物の処理を事業所の外において行うことに伴い当該事業所の外に移動する化学物質の量の把握並びに化学物質の管理の改善の促進に関する環境の保全の観点からの基準等の策定並びに当該観点からの当該把握された化学物質の量の集計及びその結果の公表に関すること。
四十環境の保全の観点からの環境影響評価に関する基準等の策定及び環境影響評価に関する審査に関すること。
四十一大阪湾臨海地域開発整備法（平成四年法律第百十号）の施行に関すること。
四十二次に掲げる事務のうち環境省の所掌に係るものの総括に関すること。
イ環境の保全上の支障を防止するための経済的措置に関し、環境基本法第二十二条に定めるところにより行う事務に関すること。
ロ環境への負荷の低減に資する製品その他の物及び役務の利用の促進に関すること。
ハ事業者及び国民の環境の保全に関する理解の増進に関すること。
ニ事業者、国民又はこれらの者の組織する民間の団体（第十七条及び第二十条において「事業者等」という。）が自発的に行う環境の保全に関する活動の促進に関すること。
ホ環境の保全に関する研究並びに技術の開発及び普及に関すること。
ヘ環境の保全に関する地方公共団体との連絡に関すること。
四十三国立研究開発法人国立環境研究所の業務に関すること。
四十四独立行政法人環境再生保全機構及び中間貯蔵・環境安全事業株式会社の組織及び運営一般に関すること。
四十五第二十八号から前号までに掲げるもののほか、専ら環境の保全を目的とする事務及び事業に関すること並びにその目的及び機能の一部に環境の保全が含まれる事務及び事業に関する環境の保全の観点からの基準等の策定及び当該観点からの規制等に関すること（他局の所掌に属するものを除く。）。
四十六環境省設置法第三条第一項の任務に関連する特定の内閣の重要政策について、当該重要政策に関して閣議において決定された基本的な方針に基づいて、行政各部の施策の統一を図るために必要となる企画及び立案並びに総合調整に関すること。
四十七前各号に掲げるもののほか、環境省の所掌事務で他の所掌に属しないものに関すること。