（機構の職員となる者の職員団体についての経過措置）
第四条機構の成立の際現に存する国家公務員法（昭和二十二年法律第百二十号）第百八条の二第一項に規定する職員団体であって、その構成員の過半数が引継職員であるものは、機構の成立の際特定独立行政法人等の労働関係に関する法律（昭和二十三年法律第二百五十七号）の適用を受ける労働組合となるものとする。この場合において、当該職員団体が法人であるときは、法人である労働組合となるものとする。
２前項の規定により法人である労働組合となったものは、機構の成立の日から起算して六十日を経過する日までに、労働組合法（昭和二十四年法律第百七十四号）第二条及び第五条第二項の規定に適合する旨の労働委員会の証明を受け、かつ、その主たる事務所の所在地において登記しなければ、その日の経過により解散するものとする。
３第一項の規定により労働組合となったものについては、機構の成立の日から起算して六十日を経過する日までは、労働組合法第二条ただし書（第一号に係る部分に限る。）の規定は、適用しない。
（権利義務の承継等）
第五条機構の成立の際現に国が有する権利及び義務（附則第十条の規定による改正前の国立病院特別会計法（昭和二十四年法律第百九十号。以下「旧特別会計法」という。）に基づく国立病院特別会計（以下「旧特別会計」という。）の財政融資資金からの負債及び旧特別会計法附則第四項の規定により旧特別会計から産業投資特別会計社会資本整備勘定に繰り入れるものとされた繰入金に係る義務を含む。）のうち、附則第十六条の規定による改正前の厚生労働省設置法（平成十一年法律第九十七号。以下「旧厚生労働省設置法」という。）第十六条第一項に規定する国立病院及び国立療養所（以下「旧国立病院等」という。）の所掌事務に関するものは、政令で定めるところにより、附則第十一条第三項及び第四項に規定するもの、附則第十六条の規定による改正後の厚生労働省設置法第十六条第一項に規定する国立ハンセン病療養所（以下単に「国立ハンセン病療養所」という。）に係るものその他政令で定めるものを除き、機構が承継する。
２前項の規定により機構が国の有する権利及び義務を承継したときは、承継される権利に係る資産で政令で定めるものの価額の合計額から、承継される義務に係る負債で政令で定めるものの価額及び機構がその成立の日において計上する引当金であって厚生労働省令で定めるものの金額の合計額を差し引いた額に相当する金額は、政令で定めるところにより、政府から機構に対し出資されたものとする。
３前項の出資による権利は、一般会計に帰属するものとする。
４厚生労働大臣は、第二項の厚生労働省令を定めようとするときは、財務大臣に協議しなければならない。
５第二項の資産の価額は、機構の成立の日現在における時価を基準として評価委員が評価した価額とする。
６前項の評価委員その他評価に関し必要な事項は、政令で定める。
７第一項の規定により機構が承継する債務のうち政令で定めるものの償還及び当該債務に係る利子の支払に関し必要な事項は、政令で定める。
８前項の債務の償還及び当該債務に係る利子の支払については、第十六条第二項に規定する長期借入金又は債券の発行による収入をもって充ててはならない。
（国立病院等の再編成に伴う特別措置に関する法律の廃止に伴う経過措置）
第十五条機構が附則第七条に規定する厚生労働大臣が定める旧国立病院等に係る資産を譲渡した時において、機構の資本金のうち当該資産に係る部分として厚生労働大臣が定める金額については、機構に対する政府からの出資はなかったものとし、機構は、その額により資本金を減少するものとする。ただし、当該資産の譲渡は、前条の規定による廃止前の国立病院等の再編成に伴う特別措置に関する法律（以下「旧再編成特措法」という。）第二条から第三条までの規定に準じて政令で定める要件に該当するものに限る。
２厚生労働大臣は、前項の規定により金額を定めようとするときは、財務大臣に協議しなければならない。
３前条の規定の施行前に旧再編成特措法第二条から第三条までの規定により資産の譲渡を受けて医療機関を開設した旧再編成特措法第二条第一項に規定する公的医療機関の開設者等（次項及び第五項において単に「開設者等」という。）に対する旧再編成特措法第七条第一項の補助については、なお従前の例による。
４前条の規定の施行前に旧再編成特措法第二条から第二条の三までの規定により資産の譲渡を受けて医療機関を開設した開設者等に対する旧再編成特措法第七条第二項の補助については、なお従前の例による。
５国は、予算の範囲内において、第一項の規定により資産の譲渡を受けて医療機関を開設する開設者等に対し、旧再編成特措法第七条第一項及び第二項の規定に基づく政令の規定に準じて政令で定めるところにより、当該医療機関の整備又は運営に要する費用を補助することができる。
６旧再編成特措法附則第三条に規定する場合については、同条の規定は、前条の規定の施行後においても、なおその効力を有する。