第十四条野生生物課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一希少野生動植物種（絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律（平成四年法律第七十五号。以下「種の保存法」という。）に規定する希少野生動植物種をいう。以下同じ。）の選定に関すること。
二種の保存法第八条及び第三十五条に基づく助言又は指導に関すること。
三国内希少野生動植物種等（種の保存法第九条に規定する国内希少野生動植物種等をいう。）の生きている個体の捕獲等に係る許可に関すること。
四希少野生動植物種の個体等の陳列に係る措置命令に関すること。
五種の保存法第十九条第一項に基づく報告徴収及び立入検査に関すること。
六特定国内種事業（種の保存法第三十条第一項に規定する特定国内種事業をいう。）並びに特定国際種事業（種の保存法第三十三条の二第一項に規定する特定国際種事業をいう。）及び特別国際種事業（種の保存法第三十三条の六第一項に規定する特別国際種事業をいう。）に関すること。
七生息地等保護区（種の保存法第三十六条第一項に規定する生息地等保護区をいう。）、管理地区（種の保存法第三十七条第一項に規定する管理地区をいう。）及び立入制限地区（種の保存法第三十八条第一項に規定する立入制限地区をいう。）の指定に関すること。
八生息地等保護区の管理地区（立入制限地区を含む。）及び監視地区における行為の制限に関すること。
九保護増殖事業計画（種の保存法第四十五条第一項に規定する保護増殖事業計画をいう。）の策定並びに保護増殖事業（種の保存法第六条第二項第六号に規定する保護増殖事業をいう。）の実施、確認及び認定に関すること。
十認定希少種保全動植物園等（種の保存法第四十八条の五第一項に規定する認定希少種保全動植物園等をいう。）に関すること。
十一種の保存法第四十九条に基づく調査に関すること。
十二希少野生動植物種保存推進員（種の保存法第五十一条第一項に規定する希少野生動植物種保存推進員をいう。）の委嘱に関すること。
十三第一種特定鳥獣保護計画（鳥獣保護管理法第七条第一項に規定する第一種特定鳥獣保護計画をいう。）に係る協議に関すること。
十四第二種特定鳥獣管理計画（鳥獣保護管理法第七条の二第一項に規定する第二種特定鳥獣管理計画をいう。）に係る協議に関すること。
十五希少鳥獣保護計画（鳥獣保護管理法第七条の三第一項に規定する希少鳥獣保護計画をいう。）の策定に関すること。
十六特定希少鳥獣管理計画（鳥獣保護管理法第七条の四第一項に規定する特定希少鳥獣管理計画をいう。）の策定に関すること。
十七鳥獣の捕獲等又は鳥類の卵の採取等に係る許可に関すること。
十八対象狩猟鳥獣（鳥獣保護管理法第十一条第二項に規定する対象狩猟鳥獣をいう。）の捕獲等の承認に関すること。
十九指定管理鳥獣捕獲等事業に関する実施計画（鳥獣保護管理法第十四条の二第一項に規定する実施計画をいう。）に係る協議に関すること。
二十指定猟法禁止区域（鳥獣保護管理法第十五条第一項に規定する指定猟法禁止区域をいう。）の指定及び当該区域における鳥獣の捕獲等に係る許可に関すること。
二十一鳥獣又は鳥類の卵の輸出及び輸入の規制に関すること。
二十二特定輸入鳥獣（鳥獣保護管理法第二十六条第二項に規定する特定輸入鳥獣をいう。）の輸入に係る標識の交付に関すること。
二十三国指定鳥獣保護区（鳥獣保護管理法第二十八条第一項に規定する国指定鳥獣保護区をいう。以下同じ。）及び国指定特別保護地区（鳥獣保護管理法第二十九条第一項に規定する国指定特別保護地区をいう。以下同じ。）の指定並びに国指定特別保護地区における行為の許可及び原状回復等に関すること。
二十四国指定鳥獣保護区における指定管理鳥獣捕獲等事業の実施に関すること。
二十五国指定鳥獣保護区における保全事業（鳥獣保護管理法第二十八条の二第一項に規定する保全事業をいう。第十四条第十号において同じ。）に関すること（自然環境整備課の所掌に属するものを除く。）。
二十六危険猟法（鳥獣保護管理法第三十六条に規定する危険猟法をいう。）による鳥獣の捕獲等に係る許可に関すること。
二十七鳥獣保護管理法に基づく報告徴収及び立入検査に関すること。
二十八遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律（平成十五年法律第九十七号）に基づく報告徴収及び立入検査に関すること。
二十九特定外来生物（特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律（平成十六年法律第七十八号。以下「外来生物法」という。）第二条第一項に規定する特定外来生物をいう。以下同じ。）の飼養等に係る許可に関すること。
三十一外来生物法第九条の三第一項に基づく措置命令に関すること。
三十二外来生物法に基づく報告徴収及び立入検査に関すること。
三十三特定外来生物の防除の実施及び当該防除に係る調査、市町村が行う特定外来生物の防除の確認並びに主務大臣等以外の者が行う特定外来生物の認定に関すること。
三十四外来生物法に基づく輸入品等又は物品等の検査、集取、移動の制限及び禁止並びに消毒及び廃棄に関すること。
三十五対処指針（外来生物法第二十四条の七第一項に規定する対処指針をいう。）に係る指導、助言、勧告、命令に関すること。
三十六特定外来生物被害防止取締官（外来生物法第二十六条第二項に規定する特定外来生物被害防止取締官をいう。）の任命に関すること。
三十七外来生物法第二十八条の二に基づく関係行政機関等への協力要請に関すること。
三十八外来生物法施行令附則第二条第一項に規定する種に係る届出に関すること。
三十九愛がん動物用飼料の安全性の確保に関する法律（平成二十年法律第八十三号）に基づく報告徴収、立入検査、質問及び集取に関すること。
四十動物取扱業者の組織する中小企業等協同組合の認可及び監督に関すること。
四十一不当景品類及び不当表示防止法（昭和三十七年法律第百三十四号）の施行に関すること（動物取扱業に係るものに限る。）。
四十二特に水鳥の生息地として国際的に重要な湿地に関する条約第二条１に規定する登録簿に掲げられている湿地の保全、管理及び適正な利用に関すること（自然環境整備課の所掌に属するものを除く。）。
四十三野生鳥獣の保護及び家畜の伝染性疾病（家畜伝染病予防法（昭和二十六年法律第百六十六号）第二条第一項の表の上欄に掲げる伝染性疾病をいう。）の発生の予防又はまん延の防止のための野生鳥獣の監視その他の必要な措置に関すること。
四十四前各号に掲げるもののほか、野生動植物の種の保存、野生鳥獣の保護及び管理並びに狩猟の適正化その他野生生物の保護（外来生物による生態系、人の生命若しくは身体又は農林水産業に係る被害の防止を含む。以下同じ。）並びに人の飼養に係る動物の愛護並びに当該動物による人の生命、身体及び財産に対する侵害の防止に関する事務及び事業に関すること（自然環境整備課の所掌に属するものを除く。）。
四十五前各号に掲げるもののほか、本省の自然環境局の所掌事務に関する調査並びに情報の収集、整理及び提供並びに相談並びに知識の普及及び啓発並びに関係機関との連絡調整に関すること（野生生物の保護並びに人の飼養に係る動物の愛護並びに当該動物による人の生命、身体及び財産に対する侵害の防止のために行うものに限る。）。