（学園の設立等）
第二条内閣総理大臣は、設立委員を命じ、学園の設立に関する事務を処理させる。
２設立委員は、寄附行為を作成し、私立学校法第三十一条第一項の認可を受けるとともに、沖縄科学技術大学院大学の設置について学校教育法第四条第一項の認可を受けなければならない。
３文部科学大臣は、学園に対して私立学校法第三十一条第一項の認可をしたとき、又は沖縄科学技術大学院大学の設置について学校教育法第四条第一項の認可をしたときは、速やかに、その旨を内閣総理大臣に通知するものとする。
４内閣総理大臣は、この法律の施行の日（以下「施行日」という。）前においても、学園の監事の選任について、第七条第三項の認可に相当する認可をすることができる。
５前項の規定による認可は、施行日以後は、第七条第三項の認可とみなす。
６設立委員は、学園の設立の準備を完了したときは、遅滞なく、その旨を内閣総理大臣に届け出るとともに、その事務を私立学校法第三十条第二項の規定により第二項の寄附行為に定められた理事長となるべき者に引き継がなければならない。
７学園は、私立学校法第三十三条の規定にかかわらず、この法律の施行の時に成立する。
８学園は、学園の成立後遅滞なく、設立の登記をしなければならない。
（独立行政法人沖縄科学技術研究基盤整備機構の解散等）
第三条独立行政法人沖縄科学技術研究基盤整備機構（以下「機構」という。）は、この法律の規定による学園の成立の時において解散するものとし、次項の規定により各出資者に分配される財産及び第三項の規定により国が承継する資産を除き、その一切の権利及び義務は、その時において学園が承継する。
２前項の規定による解散に際し、機構は、独立行政法人沖縄科学技術研究基盤整備機構法（平成十七年法律第二十六号）第二十一条第二項の規定にかかわらず、その資産の価額から負債の金額を控除して残額を生ずるときは、当該残額に相当する額の財産を、政府を除く各出資者に対し、その出資額を限度として分配するものとする。
３学園の成立の際現に機構が有する権利（前項の規定により各出資者に分配される財産を除く。）のうち、学園がその業務を確実に実施するために必要な資産以外の資産は、学園の成立の時において国が承継する。
４前項の規定により国が承継する資産の範囲その他当該資産の国への承継に関し必要な事項は、政令で定める。
５機構の解散の日の前日を含む事業年度は、独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号。以下この条において「通則法」という。）第三十六条第一項の規定にかかわらず、同日に終わるものとする。
６機構の解散の日の前日を含む事業年度に係る通則法第三十八条の規定による財務諸表、事業報告書及び決算報告書の作成等については、学園が従前の例により行うものとする。
７機構の解散の日の前日を含む事業年度における業務の実績については、学園が従前の例により評価を受けるものとする。この場合において、通則法第三十二条第三項の規定による通知及び勧告は、学園に対してなされるものとする。
８機構の解散の日の前日を含む事業年度における利益及び損失の処理については、学園が従前の例により行うものとする。
９機構の解散の日の前日を含む中期目標の期間（通則法第二十九条第二項第一号に規定する中期目標の期間をいう。以下この条において同じ。）に係る通則法第三十三条の規定による事業報告書の提出及び公表については、同日において機構の中期目標の期間が終了したものとして、学園が従前の例により行うものとする。
１０機構の解散の日の前日を含む中期目標の期間における業務の実績については、同日において機構の中期目標の期間が終了したものとして、学園が従前の例により評価を受けるものとする。この場合において、通則法第三十四条第三項において準用する通則法第三十二条第三項の規定による通知及び勧告は、学園に対してなされるものとする。
１１通則法第三十五条の規定は、機構の解散の日の前日を含む中期目標の期間については、適用しない。
１２第八項の規定による機構の利益及び損失の処理において、通則法第四十四条第一項及び第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金があるときは、学園は、政令で定めるところにより、その額に相当する金額を国庫に納付するものとする。
１３第一項の規定により機構が解散した場合における解散の登記については、政令で定める。
（健康保険の被保険者に関する経過措置）
第五条施行日の前日において健康保険法（大正十一年法律第七十号）による保険給付を受けることができる者であった機構の職員で、施行日に私立学校教職員共済法（昭和二十八年法律第二百四十五号。以下「共済法」という。）の規定による私立学校教職員共済制度の加入者となった者（学園の職員となった者に限る。次項において「機構の職員であった加入者」という。）に対する施行日以後の給付及び福祉事業に係る共済法第二十五条において準用する国家公務員共済組合法（昭和三十三年法律第百二十八号）第六十一条第二項、第六十六条第三項、第六十七条及び第百二十六条の五第一項の規定の適用については、その者は、施行日前の健康保険法による保険給付を受けることができる者であった間共済法の規定による私立学校教職員共済制度の加入者であったものとみなす。
２機構の職員であった加入者のうち、この法律の施行の際健康保険法第九十九条第一項の規定による傷病手当金の支給を受けていた者であり、かつ、同一の傷病について共済法第二十五条において準用する国家公務員共済組合法第六十六条第一項の規定による傷病手当金の支給を受けることができるものに対する同項及び同条第二項の規定の適用については、同条第一項中「日以後三日を経過した日」とあるのは「日」と、同条第二項中「前項に規定する勤務に服することができなくなつた日以後三日を経過した日（同日において第六十九条の規定により傷病手当金の全部を支給しないときは、その支給を始めた日）」とあるのは「健康保険法第九十九条第一項の規定による傷病手当金の支給を始めた日」とする。
（厚生年金保険の被保険者に関する経過措置）
第六条施行日の前日において厚生年金保険の被保険者であった機構の職員で、施行日に共済法の規定による私立学校教職員共済制度の加入者となった者（学園の職員となった者に限る。以下「機構の職員であった加入者」という。）のうち、一年以上の引き続く加入者期間（共済法第十七条第一項に規定する加入者期間をいい、学園の職員である期間に係るものに限る。以下同じ。）を有しない者であり、かつ、施行日前の厚生年金保険の被保険者期間（機構の職員であった期間に係るものに限る。以下「厚生年金保険期間」という。）と当該期間に引き続く加入者期間とを合算した期間が一年以上となるものに対する共済法第二十五条において準用する国家公務員共済組合法第七十七条第二項の規定の適用については、その者は、一年以上の引き続く加入者期間を有する者とみなす。
２機構の職員であった加入者のうち、加入者期間が二十年未満であり、かつ、当該加入者期間と厚生年金保険期間とを合算した期間が二十年以上となるものに対する共済法第二十五条において準用する国家公務員共済組合法第七十七条第二項の規定の適用については、その者は、加入者期間が二十年以上である者とみなす。
３前項に規定する者に対する共済法第二十五条において準用する国家公務員共済組合法第八十九条第一項及び第二項の規定の適用については、その者は、加入者期間が二十年以上である者とみなす。