（事業計画の作成）第一条沖縄科学技術大学院大学学園法（以下「法」という。）第九条第一項に規定する事業計画には、次に掲げる事項に関する計画を記載しなければならない。一沖縄科学技術大学院大学における教育研究に関する事項二沖縄科学技術大学院大学学園（以下「学園」という。）の業務運営における適切性及び透明性の確保並びにその効率化に関する事項三学園の財政基盤の強化に関する事項四前三号に掲げるもののほか、学園の業務に関する事項
（事業計画の認可の申請）第二条学園は、法第九条第一項前段の規定により事業計画の認可を受けようとするときは、事業計画を記載した申請書に次に掲げる書類を添付して、当該会計年度開始三十日前までに、内閣総理大臣に提出しなければならない。一収支予算書二前会計年度の予定貸借対照表及び予定損益計算書三当該会計年度の予定貸借対照表及び予定損益計算書四前三号に掲げるもののほか、事業計画の参考となる書類２学園は、法第九条第一項後段の規定により事業計画の変更の認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書に当該変更後の事業計画を添えて、内閣総理大臣に提出しなければならない。この場合において、当該変更が前項の規定により当該事業計画の認可を申請するときに添付した同項各号の書類の変更を伴うときは、当該変更後の書類を添付しなければならない。一変更しようとする事項二変更しようとする年月日三変更の理由
（借入れの認可の申請）第三条学園は、法第十条の規定により弁済期限が一年を超える資金の借入れの認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を内閣総理大臣に提出しなければならない。一借入れを必要とする理由二借入金の額三借入先四借入金の利率五借入金の償還の方法及び期限六利息の支払の方法及び期限七その他必要な事項
（重要な財産の譲渡等の認可の申請）第五条学園は、法第十一条の規定により重要な財産を譲り受け、譲渡し、交換し、又は担保に供すること（以下「譲渡等」という。）について、認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書に譲渡等を証する書面を添付して、内閣総理大臣に提出しなければならない。一譲渡等に係る財産の内容及び評価額二譲渡等の条件三譲渡等の方法四学園の業務運営上支障がない旨及びその理由
（会計の原則）第六条学園の会計については、この府令の定めるところにより、この府令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。２金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第二十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。３学園に適用する会計の基準として内閣総理大臣が別に公示する沖縄科学技術大学院大学学園会計基準は、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。
（償却資産の指定等）第七条内閣総理大臣は、学園が業務のため取得しようとしている償却資産についてその減価に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その取得までの間に限り、当該償却資産を指定することができる。２前項の指定を受けた資産の減価償却については、減価償却費は計上せず、資産の減価額と同額を拠出剰余金に対する控除として計上するものとする。
（独立行政法人沖縄科学技術研究基盤整備機構の財務及び会計に関する内閣府令の廃止）第二条独立行政法人沖縄科学技術研究基盤整備機構の財務及び会計に関する内閣府令（平成十七年内閣府令第八十六号）は、廃止する。