平成二十七年内閣府・文部科学省・厚生労働省・経済産業省令第一号

国立研究開発法人日本医療研究開発機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する命令

独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第八条第三項、第十九条第四項及び第六項第二号、第二十八条第二項、第三十五条の五第一項及び第二項第八号、第三十五条の六第三項及び第四項、第三十五条の八の規定により読み替えて準用する同法第三十一条第一項、同法第三十七条、第三十八条第一項から第三項まで、第三十九条第一項、第四十八条、第五十条並びに第五十条の十一の規定により読み替えて準用する同法第五十条の六第一号及び第二号並びに独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令（平成十二年政令第三百十六号）第二十一条第三項の規定により読み替えて準用する同条第二項の規定に基づき、国立研究開発法人日本医療研究開発機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する命令を次のように定める。

（通則法第八条第三項の主務省令で定める重要な財産）

第一条国立研究開発法人日本医療研究開発機構（以下「機構」という。）に係る独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第八条第三項に規定する主務省令で定める重要な財産は、その保有する財産であって、その通則法第四十六条の二第一項又は第二項の認可に係る申請の日（各項ただし書の場合にあっては、当該財産の処分に関する計画を定めた通則法第三十五条の五第一項の中長期計画の認可に係る申請の日）における帳簿価額（現金及び預金にあっては、申請の日におけるその額）が五十万円以上のもの（その性質上通則法第四十六条の二の規定により処分することが不適当なものを除く。）その他内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣が定める財産とする。

（監査報告の作成）

第二条機構に係る通則法第十九条第四項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２監事は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。この場合において、役員（監事を除く。第一号並びに第五項第三号及び第四号において同じ。）は、監事の職務の執行のための必要な体制の整備に留意しなければならない。
一機構の役員及び職員
二その他監事が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３前項の規定は、監事が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。
４監事は、その職務の遂行に当たり、必要に応じ、機構の他の監事との意思疎通及び情報の交換を図るよう努めなければならない。
５監査報告には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一監事の監査の方法及びその内容
二機構の業務が、法令等に従って適正に実施されているかどうか及び中長期目標の着実な達成に向け効果的かつ効率的に実施されているかどうかについての意見
三機構の役員の職務の執行が法令等に適合することを確保するための体制その他機構の業務の適正を確保するための体制の整備及び運用についての意見
四機構の役員の職務の遂行に関し、不正の行為又は法令等に違反する重大な事実があったときは、その事実
五監査のため必要な調査ができなかったときは、その旨及びその理由
六監査報告を作成した日

（監事の調査の対象となる書類）

第三条機構に係る通則法第十九条第六項第二号の主務省令で定める書類は、国立研究開発法人日本医療研究開発機構法（平成二十六年法律第四十九号。以下「機構法」という。）及びこの命令の規定に基づき内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣に提出する書類とする。

（業務方法書の記載事項）

第四条機構に係る通則法第二十八条第二項の主務省令で定める事項は、次のとおりとする。
一機構法第十六条第一号に規定する医療分野の研究開発及びその環境の整備に関する事項
二機構法第十六条第二号に規定する成果の普及及びその活用の促進に関する事項
三機構法第十六条第三号に規定する医療分野の研究開発及びその環境の整備に対する助成に関する事項
四機構法第十六条第四号に規定する附帯業務に関する事項
五業務委託の基準
六競争入札その他契約に関する基本的事項
七その他機構の業務の執行に関して必要な事項

（中長期計画の認可申請）

第五条機構は、通則法第三十五条の五第一項の規定により中長期計画の認可を受けようとするときは、中長期計画を記載した申請書を、当該中長期計画の最初の事業年度開始の日の三十日前までに（機構の最初の事業年度の属する中長期計画については、機構の成立後遅滞なく）、内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣に提出しなければならない。
２機構は、通則法第三十五条の五第一項後段の規定により中長期計画の変更の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書を内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣に提出しなければならない。

（中長期計画に定める業務運営に関する事項）

第六条機構に係る通則法第三十五条の五第二項第八号に規定する主務省令で定める業務運営に関する事項は、次のとおりとする。
一施設及び設備に関する計画
二人事に関する計画
三中長期目標の期間を超える債務負担
四機構法第十七条第一項に規定する積立金の使途
五その他機構の業務の運営に関し必要な事項

（業務実績等報告書）

第七条機構に係る通則法第三十五条の六第三項の報告書には、当該報告書が次の表の上欄に掲げる報告書のいずれに該当するかに応じ、同表の下欄に掲げる事項を記載しなければならない。その際、機構は、当該報告書が同条第一項の評価の根拠となる情報を提供するために作成されるものであることに留意しつつ、機構の事務及び事業の性質、内容等に応じて区分して同欄に掲げる事項を記載するものとする。
事業年度における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにした報告書一　当該事業年度における業務の実績。なお、当該業務の実績が通則法第三十五条の四第二項第二号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第三号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ　中長期計画及び年度計画の実施状況ロ　当該事業年度における業務運営の状況ハ　当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該事業年度の属する中長期目標の期間における当該事業年度以前の毎年度の当該指標の数値ニ　当該事業年度の属する中長期目標の期間における当該事業年度以前の毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報二　当該業務の実績が通則法第三十五条の四第二項第二号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には、前号に掲げる業務の実績について機構が評価を行った結果。なお、当該評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ　中長期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由ロ　業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策ハ　過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況
中長期目標の期間の終了時に見込まれる中長期目標の期間における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにする報告書一　中長期目標の期間の終了時に見込まれる中長期目標の期間における業務の実績。なお、当該業務の実績が通則法第三十五条の四第二項第二号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第三号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ　中長期目標及び中長期計画の実施状況ロ　当該期間における業務運営の状況ハ　当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値ニ　当該期間における毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報二　当該業務の実績が通則法第三十五条の四第二項第二号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には、前号に掲げる業務の実績について機構が評価を行った結果。なお、当該評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ　中長期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由ロ　業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策ハ　過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況
中長期目標の期間における業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにする報告書一　中長期目標の期間における業務の実績。なお、当該業務の実績が通則法第三十五条の四第二項第二号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第三号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ　中長期目標及び中長期計画の実施状況ロ　当該期間における業務運営の状況ハ　当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値ニ　当該期間における毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報二　当該業務の実績が通則法第三十五条の四第二項第二号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には、前号に掲げる業務の実績について機構が評価を行った結果。なお、当該評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ　中長期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由ロ　業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策ハ　過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況
２機構は、前項に規定する報告書を内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣に提出したときは、速やかに、当該報告書をインターネットの利用その他の適切な方法により公表するものとする。

（最初の国立研究開発法人の長の任期の終了時における業務実績等報告書）

第八条機構に係る通則法第三十五条の六第四項の報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。その際、機構は、当該報告書が同条第二項の評価の根拠となる情報を提供するために作成されるものであることに留意しつつ、機構の事務及び事業の性質、内容等に応じて区分して次に掲げる事項を記載するものとする。
一通則法第三十五条の六第二項に規定する最初の国立研究開発法人の長の任命の日を含む事業年度から当該長の任期の末日を含む事業年度の事業年度末までの期間における業務の実績。なお、当該業務の実績が通則法第三十五条の四第二項第二号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第三号から第五号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。
イ当該期間における中長期計画及び年度計画の実施状況
ロ当該期間における業務運営の状況
ハ当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値
ニ当該期間における毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報
二前号に掲げる業務の実績について機構が評価を行った結果。なお、当該評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。
イ中長期目標に定めた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由
ロ業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策
ハ過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況
２機構は、前項に規定する報告書を内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣に提出したときは、速やかに、当該報告書をインターネットの利用その他の適切な方法により公表するものとする。

（年度計画）

第九条機構に係る通則法第三十五条の八の規定により読み替えて準用する通則法第三十一条第一項の年度計画には、中長期計画に定めた事項に関し、当該事業年度において実施すべき事項を記載しなければならない。
２機構は、通則法第三十五条の八の規定により読み替えて準用する通則法第三十一条第一項後段の規定により年度計画の変更をしたときは、変更した事項及びその理由を記載した届出書を内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣に提出しなければならない。

（会計の原則）

第十条機構の会計については、この命令の定めるところにより、この命令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
２金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第二十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。
３平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準（第十四条並びに第十七条第三項第二号イ及びロにおいて「独立行政法人会計基準」という。）は、この命令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。

（会計処理）

第十一条内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣は、機構が業務のため取得しようとしている償却資産についてその減価に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その取得までの間に限り、当該償却資産を指定することができる。
２前項の指定を受けた資産の減価償却については、減価償却費は計上せず、資産の減価額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。

（対応する収益の獲得が予定されない資産除去債務に係る除去費用等）

第十二条内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣は、機構が業務のため保有し又は取得しようとしている有形固定資産に係る資産除去債務に対応する除去費用に係る費用配分額及び時の経過による資産除去債務の調整額（以下この条において「除去費用等」という。）についてその除去費用等に対応すべき収益の獲得が予定されていないと認められる場合には、当該除去費用等を指定することができる。

（譲渡差額を損益計算上の損益に計算しない譲渡取引）

第十三条内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣は、機構が通則法第四十六条の二第二項の規定に基づいて行う不要財産の譲渡取引についてその譲渡差額を損益計算上の損益に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。

（財務諸表）

第十四条機構に係る通則法第三十八条第一項に規定する主務省令で定める書類は、独立行政法人会計基準に定める行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書とする。

（事業報告書の作成）

第十五条機構に係る通則法第三十八条第二項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一機構の目的及び業務内容
二国の政策における機構の位置付け及び役割
三中長期目標の概要
四理事長の理念並びに運営上の方針及び戦略
五中長期計画及び年度計画の概要
六持続的に適正なサービスを提供するための源泉
七業務運営上の課題及びリスクの状況並びにその対応策
八業績の適正な評価に資する情報
九業務の成果及び当該業務に要した資源
十予算及び決算の概要
十一財務諸表の要約
十二財政状態及び運営状況の理事長による説明
十三内部統制の運用状況
十四機構に関する基礎的な情報

（財務諸表等の閲覧期間）

第十六条機構に係る通則法第三十八条第三項に規定する主務省令で定める期間は、五年とする。

（会計監査報告の作成）

第十七条通則法第三十九条第一項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。
２会計監査人は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。ただし、会計監査人が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。
一機構の役員（監事を除く。）及び職員
二その他会計監査人が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者
３会計監査人は、通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表並びに同条第二項に規定する事業報告書及び決算報告書を受領したときは、次に掲げる事項を内容とする会計監査報告を作成しなければならない。
一会計監査人の監査の方法及びその内容
二財務諸表（利益の処分又は損失の処理に関する書類を除く。以下この号及び次項において同じ。）が機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示しているかどうかについての意見があるときは、次のイからハまでに掲げる意見の区分に応じ、当該イからハまでに定める事項
イ無限定適正意見監査の対象となった財務諸表が独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示していると認められる旨
ロ除外事項を付した限定付適正意見監査の対象となった財務諸表が除外事項を除き独立行政法人会計基準その他の一般に公正妥当と認められる会計の慣行に準拠して、機構の財政状態、運営状況、キャッシュ・フローの状況等を全ての重要な点において適正に表示していると認められる旨及び除外事項
ハ不適正意見監査の対象となった財務諸表が不適正である旨及びその理由
三前号の意見がないときは、その旨及びその理由
四第二号の意見があるときは、事業報告書（会計に関する部分を除く。）の内容と通則法第三十九条第一項に規定する財務諸表、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書の内容又は会計監査人が監査の過程で得た知識との間の重要な相違等について、報告すべき事項の有無及び報告すべき事項があるときはその内容
五追記情報
六前各号に掲げるもののほか、利益の処分又は損失の処理に関する書類、事業報告書（会計に関する部分に限る。）及び決算報告書に関して必要な報告
七会計監査報告を作成した日
４前項第五号に掲げる「追記情報」とは、次に掲げる事項その他の事項のうち、会計監査人の判断に関して説明を付す必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項とする。
一会計方針の変更
二重要な偶発事象
三重要な後発事象

（短期借入金の認可の申請）

第十八条機構は、通則法第四十五条第一項ただし書の規定により短期借入金の認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書の規定により短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣に提出しなければならない。
一借入れを必要とする理由
二借入金の額
三借入先
四借入金の利率
五借入金の償還の方法及び期限
六利息の支払の方法及び期限
七その他必要な事項

（通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産）

第十九条機構に係る通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産は、内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣が指定する財産とする。

（通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産の処分等の認可の申請）

第二十条機構は、通則法第四十八条の規定により重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下この条において「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣に提出しなければならない。
一処分等に係る財産の内容及び評価額
二処分等の条件
三処分等の方法
四機構の業務運営上支障がない旨及びその理由

（共通経費の配賦基準）

第二十条の二機構法第十七条の二第三項の規定により特別の勘定を設けて経理する場合において、経理すべき事項が当該特別の勘定以外の勘定において経理すべき事項と共通の事項であるため、当該特別の勘定に係る部分を区分して経理することが困難なときは、当該事項については、内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣の承認を受けて定める基準に従って、各勘定に配分することにより経理することができる。

（内部組織）

第二十一条機構に係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた機構の内部組織として主務省令で定めるものは、現に存する理事長の直近下位の内部組織として内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣が定めるもの（次項において「現内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。次項において同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。
２直近七年間に存し、又は存していた理事長の直近下位の内部組織（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）として内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を現内部組織（当該内部組織が現内部組織である場合にあっては他の現内部組織）が行っている場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該現内部組織に在職していたものとみなす。

（管理又は監督の地位）

第二十二条機構に係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第二号に規定する管理又は監督の地位として主務省令で定めるものは、職員の退職管理に関する政令（平成二十年政令第三百八十九号）第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣が定めるものとする。

（積立金の処分に係る申請書の添付書類）

第二十三条機構に係る独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令第二十一条第三項の規定により読み替えて準用する同条第二項に規定する内閣府令・文部科学省令・厚生労働省令・経済産業省令で定める書類は、次の書類とする。
一通則法第三十五条の四第二項第一号に規定する中長期目標の期間（次号において「当該期間」という。）最後の事業年度の事業年度末の貸借対照表
二当該期間最後の事業年度の損益計算書
三承認を受けようとする金額の計算の基礎を明らかにした書類

附　則

１この命令は、平成二十七年四月一日から施行する。
２機構の成立の際機構法附則第二条第二項及び第三条第二項の規定により機構に出資されたものとされる資産のうち償却資産については、第十一条第一項の指定があったものとみなす。

附　則（平成三一年三月二五日内閣府・文部科学省・厚生労働省・経済産業省令第一号）

（施行期日）

１この命令は、平成三十一年四月一日から施行する。

（財務諸表及び事業報告書の作成に係る経過措置）

２この命令による改正後の国立研究開発法人日本医療研究開発機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する命令第十四条及び第十五条の規定は、この命令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に開始する事業年度に係る財務諸表（独立行政法人通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表をいう。以下同じ。）及び事業報告書（同法第三十八条第二項に規定する事業報告書をいう。以下同じ。）について適用し、施行日前に開始した事業年度に係る財務諸表及び事業報告書については、なお従前の例による。

附　則（令和元年六月二四日内閣府・文部科学省・厚生労働省・経済産業省令第一号）

この命令は、公布の日から施行する。

附　則（令和四年二月二八日内閣府・文部科学省・厚生労働省・経済産業省令第一号）

この命令は、公布の日から施行する。

附　則（令和八年六月一五日内閣府・文部科学省・厚生労働省・経済産業省令第二号）

この命令は、公布の日から施行する。