（輸出証明書の発行）
第十五条主務大臣は、輸出先国の政府機関から、輸入条件が定められている農林水産物又は食品について、主務大臣が輸出証明書（農林水産物又は食品が輸出先国の輸入条件に適合していることを示す証明書をいう。以下同じ。）を発行するよう求められている場合であって、当該農林水産物又は食品の輸出を行う事業者から申請があったときは、主務省令で定めるところにより、輸出証明書を発行することができる。
２都道府県知事又は保健所を設置する市若しくは特別区の長（以下「都道府県知事等」という。）は、輸出先国の政府機関から、輸入条件が定められている農林水産物又は食品について、都道府県知事等が輸出証明書を発行するよう求められている場合であって、当該農林水産物又は食品の輸出を行う事業者から申請があったときは、主務省令で定めるところにより、当該都道府県知事等が管轄する区域内において生産され、製造され、加工され、又は流通する農林水産物又は食品に係る輸出証明書を発行することができる。
３登録発行機関は、輸出先国の政府機関から、輸入条件が定められている農林水産物又は食品について、登録発行機関が輸出証明書を発行するよう求められている場合であって、当該農林水産物又は食品の輸出を行う事業者から申請があったときは、主務省令で定めるところにより、輸出証明書を発行することができる。
４第一項の規定により主務大臣から輸出証明書の発行を受けようとする者は、実費を超えない範囲内において政令で定める額の手数料を国に納付しなければならない。
（適合区域の指定）
第十六条主務大臣は、輸出先国の政府機関から、その区域（海域を含む。以下この項及び第六項において同じ。）において農林水産物又は食品が生産され、製造され、加工され、又は流通する過程において有害な物質が混入するおそれがないことその他の輸出先国の政府機関が定める要件（以下この条において「指定要件」という。）に適合する区域（以下この条及び第三十七条第四項第三号において「適合区域」という。）において生産され、製造され、加工され、又は流通することが輸入条件として定められている農林水産物又は食品として主務省令で定めるもの（以下この条及び同号において「区域指定農林水産物等」という。）について、主務大臣が適合区域を指定するよう求められている場合には、主務省令で定めるところにより、区域指定農林水産物等の適合区域を指定することができる。
２都道府県知事等は、輸出先国の政府機関から、区域指定農林水産物等について、都道府県知事等が適合区域を指定するよう求められている場合には、主務省令で定めるところにより、当該都道府県知事等が管轄する区域内において、区域指定農林水産物等の適合区域を指定することができる。
３主務大臣又は都道府県知事等は、前二項の規定により適合区域を指定したときは、主務省令で定めるところにより、定期的に、当該適合区域が指定要件に適合していることを確認するものとする。
４主務大臣又は都道府県知事等は、第一項又は第二項の規定により自らが指定した適合区域について、前項の規定による確認の結果、指定要件に適合しなくなったと認めるときは、その指定を取り消し、又は当該適合区域を変更するものとする。
５都道府県知事等は、第二項の規定により適合区域を指定し、又は前項の規定により指定を取り消し、若しくは当該適合区域を変更したときは、主務省令で定めるところにより、遅滞なく、主務大臣にその旨を報告しなければならない。
６主務大臣は、第一項の規定により指定した適合区域（第四項の規定により指定を取り消し、又は当該適合区域を変更した場合にあっては、当該取消し又は変更に係る区域を含む。以下この項において同じ。）の情報及び前項の規定による報告を受けた適合区域の情報を取りまとめ、公表しなければならない。
（適合施設の認定）
第十七条主務大臣は、輸出先国の政府機関から、食品衛生上の危害の発生を防止するための措置が講じられていることその他の輸出先国の政府機関が定める要件（以下この条において「認定要件」という。）に適合する施設（以下「適合施設」という。）において生産され、製造され、加工され、又は流通することが輸入条件として定められている農林水産物又は食品として主務省令で定めるもの（以下「施設認定農林水産物等」という。）について、主務大臣が適合施設を認定するよう求められている場合であって、施設認定農林水産物等に係る施設の設置者又は管理者（以下この条及び第五十三条において「設置者等」という。）から申請があったときは、主務省令で定めるところにより、施設認定農林水産物等の適合施設を認定することができる。
２都道府県知事等は、輸出先国の政府機関から、施設認定農林水産物等について、都道府県知事等が適合施設を認定するよう求められている場合であって、当該都道府県知事等が管轄する区域内に所在する施設認定農林水産物等に係る施設の設置者等から申請があったときは、主務省令で定めるところにより、施設認定農林水産物等の適合施設を認定することができる。
３登録認定機関は、輸出先国の政府機関から、施設認定農林水産物等について、登録認定機関が適合施設を認定するよう求められている場合であって、施設認定農林水産物等に係る施設の設置者等から申請があったときは、主務省令で定めるところにより、施設認定農林水産物等の適合施設を認定することができる。
４主務大臣、都道府県知事等又は登録認定機関は、前三項の規定により適合施設を認定したときは、主務省令で定めるところにより、定期的に、当該適合施設が認定要件に適合していることを確認するものとする。
５主務大臣、都道府県知事等又は登録認定機関は、第一項から第三項までの規定により自らが認定した適合施設について、前項の規定による確認の結果、認定要件に適合しなくなったと認めるときは、当該適合施設の設置者等に対し、これを改善すべきことを求め、及びその求めによってもなお改善されないときは、その認定を取り消すものとする。
６都道府県知事等又は登録認定機関は、第二項若しくは第三項の規定により適合施設を認定し、又は前項の規定により認定を取り消したときは、主務省令で定めるところにより、遅滞なく、主務大臣にその旨を報告しなければならない。
７主務大臣は、第一項の規定により認定した適合施設（第五項の規定により認定を取り消した場合にあっては、当該取消しに係る施設を含む。以下この項において同じ。）の情報及び前項（第五十三条第六項において準用する場合を含む。）の規定による報告を受けた適合施設の情報を取りまとめ、公表しなければならない。
８第一項の規定により主務大臣から施設の認定を受けようとする設置者等は、実費を超えない範囲内において政令で定める額の手数料を国に納付しなければならない。