（法第七条第一項の政令で定める規模）第二条湖沼水質保全特別措置法（以下「法」という。）第七条第一項の政令で定める規模は、一日当たりの平均的な排出水（水質汚濁防止法（昭和四十五年法律第百三十八号）第二条第六項に規定する排出水をいう。）の量が五十立方メートルであるものとする。
（法第七条第一項の政令で定める項目）第二条の二法第七条第一項の政令で定める項目は、第一号及び第七号に掲げる湖沼については化学的酸素要求量及びりん含有量とし、第二号から第六号まで及び第八号から第十一号までに掲げる湖沼については化学的酸素要求量、窒素含有量及びりん含有量とする。一釜房ダム貯水池二八郎湖（八郎潟調整池、東部承水路及び西部承水路をいう。）三霞ケ浦（北浦及び常陸利根川を含む。）四印旛沼五手賀沼六諏訪湖七野尻湖八琵琶湖九中海十宍道湖十一児島湖
（みなし指定地域特定施設）第五条法第十四条の政令で定める施設は、次に掲げる施設とする。一病院（医療法（昭和二十三年法律第二百五号）第一条の五第一項に規定するものをいう。）で病床数が百二十以上二百九十九以下であるものに設置される施設であつて、次に掲げるものイちゆう房施設ロ洗浄施設ハ入浴施設二建築基準法施行令（昭和二十五年政令第三百三十八号）第三十二条第一項の表に規定する算定方法により算定した処理対象人員が二百一人以上五百人以下のし尿浄化槽
（指定施設）第六条法第十五条第一項の政令で定める施設は、次に掲げる施設とする。一畜産農業又はサービス業の用に供する施設であつて、次に掲げるものイ豚房施設（豚房の総面積が四十平方メートル以上五十平方メートル未満の事業場に係るものに限る。）ロ牛房施設（牛房の総面積が百六十平方メートル以上二百平方メートル未満の事業場に係るものに限る。）ハ馬房施設（馬房の総面積が四百平方メートル以上五百平方メートル未満の事業場に係るものに限る。）二こいの養殖施設（網いけすの総面積が五百平方メートルを超えるものに限る。）
（法第二十条第三項の政令で定める設置に係る手続等）第七条法第二十条第三項（法第二十二条において準用する場合を含む。）の政令で定める設置に係る手続は、次に掲げる手続とする。一法第十五条第一項の規定による届出（法第二十二条に規定する施設に係る場合にあつては、水質汚濁防止法第五条の規定による届出）二河川法（昭和三十九年法律第百六十七号）第二十六条第一項の規定による工作物の新築の許可の申請三農地法（昭和二十七年法律第二百二十九号）第四条第一項若しくは第五条第一項の規定による許可の申請又は同法第四条第一項第七号若しくは第五条第一項第六号の規定による届出
（法第二十条第三項の政令で定める施設等）第八条法第二十条第三項（法第二十二条において準用する場合を含む。）の政令で定める施設は、第六条各号に掲げる施設（法第二十二条に規定する施設に係る場合にあつては、第十条に規定する施設）とする。
（法第二十条第三項ただし書の政令で定める変更に係る手続等）第九条法第二十条第三項ただし書（法第二十二条において準用する場合を含む。）の政令で定める変更に係る手続は、次に掲げる手続とする。一法第十七条第一項の規定による届出（法第二十二条に規定する施設に係る場合にあつては、水質汚濁防止法第七条の規定による届出）二河川法第二十六条第一項の規定による工作物の改築の許可の申請三農地法第四条第一項若しくは第五条第一項の規定による許可の申請又は同法第四条第一項第七号若しくは第五条第一項第六号の規定による届出
（準用指定施設）第十条法第二十二条の政令で定める施設は、水質汚濁防止法施行令（昭和四十六年政令第百八十八号）別表第一第一号の二に掲げる施設（水質汚濁防止法第二条第二項第二号に規定する項目に関し同法第三条第一項の規定による環境省令（同条第三項の規定による条例が定められている場合にあつては、当該条例を含む。）により定められた排水基準が適用される排出水に係る事業場に設置されるものを除く。）とする。
（指定地域内の公共用水域の管理を行う者）第十一条法第三十九条第二項の政令で定める者は、次に掲げるとおりとする。一公共下水道管理者（下水道法（昭和三十三年法律第七十九号）第四条第一項に規定する公共下水道管理者をいい、水質汚濁防止法第二条第一項に規定する公共下水道の管理者を除く。）及び都市下水路管理者（下水道法第二十七条第一項に規定する都市下水路管理者をいう。）二漁港管理者（漁港及び漁場の整備等に関する法律（昭和二十五年法律第百三十七号）第二十五条の規定により決定された地方公共団体をいう。）三水産資源保護法（昭和二十六年法律第三百十三号）第十七条に規定する保護水面の管理を行う都道府県知事及び農林水産大臣四土地改良法（昭和二十四年法律第百九十五号）に基づき農業用用排水施設の管理を行う国、都道府県、市町村及び土地改良区
（政令で定める市の長による事務の処理）第十二条法に規定する都道府県知事の権限に属する事務のうち、次に掲げるものは、秋田市、つくば市、千葉市、船橋市、松戸市、柏市、大津市、京都市、松江市、岡山市及び倉敷市の長（以下この条において「政令市の長」という。）が行うこととする。この場合においては、法中この項前段に規定する事務に係る都道府県知事に関する規定は、政令市の長に関する規定として政令市の長に適用があるものとする。一法第八条、第十条及び第二十条第二項（法第二十二条において準用する場合を含む。）の規定による命令に関する事務二法第十二条第二項の規定による要請に関する事務三法第十二条第三項において準用する水質汚濁防止法第二十三条第四項の規定による通知の受理に関する事務四法第十二条第四項の規定による協議に関する事務五法第十五条第一項、第十六条第一項、第十七条第一項及び第二項並びに第十八条第二項の規定による届出の受理に関する事務六法第十五条第二項（法第十六条第二項、第十七条第三項及び第十八条第三項において準用する場合を含む。）の規定による通報の受理に関する事務七法第二十条第一項（法第二十二条において準用する場合を含む。）の規定による勧告に関する事務八法第二十一条第一項（法第二十二条において準用する場合を含む。）の規定による報告の徴収及び立入検査に関する事務九法第二十四条及び第二十八条の規定による指導、助言及び勧告に関する事務十法第三十九条第一項の規定による協力を求め、又は意見を述べること及び同条第二項の規定による意見の聴取に関する事務
１この政令は、公布の日から施行する。ただし、第二十一条第一項第五号の改正規定、同条第二項の改正規定（「若しくはその取消し」を削る部分に限る。）、次項及び附則第三項は、地方公共団体の事務に係る国の関与等の整理、合理化等に関する法律附則第一条第四号に定める日（昭和六十年十月十二日）から施行する。
（施行期日）１この政令は、平成十九年四月一日から施行する。（経過措置）２この政令の施行の際湖沼水質保全特別措置法の規定により茨城県知事がした処分その他の行為で現にその効力を有するもの又はこの政令の施行の日前に同法の規定により茨城県知事に対してなされた届出で、同日以後においてつくば市長が管理し、及び執行することとなる事務に係るものは、同日以後においては、つくば市長のした処分その他の行為又はつくば市長に対してなされた届出とみなす。
（経過措置）第二条この政令の施行の日（以下「施行日」という。）前に湖沼水質保全特別措置法の規定により島根県知事が行った命令その他の行為（以下この項において「命令等の行為」という。）又はこの政令の施行の際現に同法の規定により島根県知事に対して行っている届出その他の行為（以下この項において「届出等の行為」という。）であって、施行日以後同法の規定により松江市長が行い、又は松江市長に対して行うべきこととなるものは、施行日以後においては、松江市長が行った命令等の行為又は松江市長に対して行った届出等の行為とみなす。２施行日前に湖沼水質保全特別措置法の規定により島根県知事に対し届出をしなければならない事項についてその手続がされていないものであって、施行日以後同法の規定により松江市長に対して行うべきこととなるものは、施行日以後においては、松江市長に対して届出をしなければならない事項についてその手続がされていないものとみなす。
（罰則に関する経過措置）第五条この政令の施行前にした行為及び附則第二条の規定によりなおその効力を有することとされる場合におけるこの政令の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。