第一条環境大臣が絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律（以下「法」という。）第十一条第二項、第十四条第二項若しくは第四十条第三項の規定により、又は経済産業大臣等が法第十六条第三項の規定により費用を負担させようとするときは、負担させようとする者の意見を聴かなければならない。
第二条法第五十二条第一項の規定により、環境大臣が納付を命ずる費用の額は、実際に要した費用の額とし、その納付期限は、次の各号に掲げる場合に応じ、当該各号に定める日とする。一法第十一条第二項の規定により費用を負担させようとする場合当該規定により環境大臣が国内希少野生動植物種等の生きている個体の譲渡しその他の必要な措置をとった日から相当の期間経過した日二法第十四条第二項の規定により費用を負担させようとする場合当該規定により環境大臣が希少野生動植物種の個体等の譲渡しその他の必要な措置をとった日から相当の期間経過した日三法第四十条第三項の規定により費用を負担させようとする場合当該規定により環境大臣が原状回復その他必要な措置をとった日から相当の期間経過した日
第三条法第五十二条第一項の規定により、経済産業大臣等が納付を命ずる費用の額は、実際に要した費用の額とし、その納付期限は、法第十六条第三項の規定により経済産業大臣等が返送をした日から相当の期間経過した日とする。
（経過措置）第四条この省令の施行の際現に交付されている第二条の規定による改正前の絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律第五十二条の規定による負担金の徴収方法等に関する省令別記様式による身分証明書は、同条の規定による改正後の絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律第五十二条の規定による負担金の徴収方法等に関する省令の様式によるものとみなす。
（経過措置）第二条この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律第五十二条の規定による負担金の徴収方法等に関する省令の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律第五十二条の規定による負担金の徴収方法等に関する省令の様式によるものとみなす。２この省令の施行の際現にある旧様式により調製した用紙は、この省令の施行後においても当分の間、これを取り繕って使用することができる。
（施行期日）１この省令は、絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律の一部を改正する法律の施行の日（平成三十年六月一日）から施行する。（経過措置）２この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の別記様式による証明書は、この省令による改正後の別記様式によるものとみなす。
（施行期日）１この省令は、公布の日から施行する。（経過措置）２この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の特定工場における公害防止組織の整備に関する法律に基づく指定試験機関に関する省令様式第一、絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律第五十二条の規定による負担金の徴収方法等に関する省令別記様式並びに特定国際種事業に係る届出及び特別国際種事業に係る登録等に関する省令様式第一から様式第三まで及び様式第五（次項において「旧様式」という。）により使用されている証明書は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。３この省令の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。