（定義）第一条この省令において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。一ずわいがに漁業総トン数十トン以上の動力漁船によりずわいがにをとることを目的とする漁業であって、漁業法第五十二条第一項の指定漁業を定める政令（昭和三十八年政令第六号。以下「指定漁業を定める政令」という。）第一項第一号に掲げる沖合底びき網漁業又は漁業法第六十六条第二項に規定する小型機船底びき網漁業に該当するもの以外のものをいう。二東シナ海等かじき等流し網漁業東経百二十七度五十九分五十二秒の線以西の日本海及び東シナ海の海域において総トン数十トン以上の動力漁船により流し網を使用してかじき、かつお又はまぐろをとることを目的とする漁業をいう。三かじき等流し網漁業総トン数十トン以上の動力漁船により流し網を使用してかじき、かつお、まぐろ又はさめをとることを目的とする漁業であって、前号に掲げる東シナ海等かじき等流し網漁業に該当するもの以外のものをいう。四沿岸まぐろはえ縄漁業我が国の排他的経済水域、領海及び内水並びに我が国の排他的経済水域によって囲まれた海域から成る海域（東京都小笠原村南鳥島に係る排他的経済水域及び領海並びに北海道稚内市宗谷岬突端を通る経線以西、長崎県長崎市野母崎突端を通る緯線以北の日本海の海域を除く。）において総トン数十トン以上二十トン未満の動力漁船により浮きはえ縄を使用してまぐろ、かじき又はさめをとることを目的とする漁業をいう。五東シナ海はえ縄漁業東シナ海の海域において総トン数十トン以上の動力漁船によりはえ縄を使用して行う漁業であって、前号に掲げる沿岸まぐろはえ縄漁業、指定漁業を定める政令第一項第八号に掲げる遠洋かつお・まぐろ漁業又は同項第九号に掲げる近海かつお・まぐろ漁業に該当するもの以外のものをいう。六大西洋等はえ縄等漁業大西洋又はインド洋の海域において動力漁船によりはえ縄、刺し網又はかごを使用して行う漁業であって、第三号に掲げるかじき等流し網漁業、第四号に掲げる沿岸まぐろはえ縄漁業、指定漁業を定める政令第一項第八号に掲げる遠洋かつお・まぐろ漁業又は同項第九号に掲げる近海かつお・まぐろ漁業に該当するもの以外のものをいう。七小型するめいか釣り漁業総トン数五トン以上三十トン未満の動力漁船により釣りによってするめいかをとることを目的とする漁業をいう。八太平洋底刺し網等漁業太平洋の公海（排他的経済水域及び大陸棚に関する法律第一条第一項に規定する排他的経済水域及び外国の排他的経済水域を除く。以下同じ。）において動力漁船によりはえ縄又は底刺し網を使用して行う漁業であって、第一号に掲げるずわいがに漁業、第四号に掲げる沿岸まぐろはえ縄漁業、指定漁業を定める政令第一項第八号に掲げる遠洋かつお・まぐろ漁業又は同項第九号に掲げる近海かつお・まぐろ漁業に該当するもの以外のものをいう。九暫定措置水域沿岸漁業等次に掲げる海域において動力漁船により行う漁業であって、特定大臣許可漁業（当該特定大臣許可漁業に係る規制海域において行うものに限る。）、届出漁業（別表第三の上欄に掲げる届出漁業（暫定措置水域沿岸漁業等を除く。）の種類ごとに同表の下欄に掲げる海域において行うものに限る。）又は漁業法（以下「法」という。）第五十二条第一項の指定漁業に該当するもの以外のものをいう。イ漁業に関する日本国と大韓民国との間の協定第九条１に定める海域ロ漁業に関する日本国と大韓民国との間の協定第九条２に定める海域ハ漁業に関する日本国と中華人民共和国との間の協定第七条１に定める海域ニ北緯三十度四十分十三秒の線以北、東経百二十四度四十四分五十四秒の線以東、東経百二十七度二十九分五十三秒の線以西の東シナ海の海域（ロに掲げる海域を除く。）２この省令において「特定大臣許可漁業」とは、次に掲げる漁業をいう。一ずわいがに漁業二東シナ海等かじき等流し網漁業三かじき等流し網漁業四東シナ海はえ縄漁業五大西洋等はえ縄等漁業六太平洋底刺し網等漁業３この省令において「届出漁業」とは、次に掲げる漁業をいう。一沿岸まぐろはえ縄漁業二小型するめいか釣り漁業三暫定措置水域沿岸漁業等４この省令において「規制海域」とは、別表第一の一の上欄に掲げる特定大臣許可漁業の種類ごとに同表の中欄に掲げる海域をいう。５この省令の適用については、ベーリング海、オホーツク海、日本海、黄海、東支那海、フィリピン海、南支那海、タイ湾、東インド諸島諸海、ビスマルク海、ソロモン海、コラル海、タスマン海、バス海峡、カリフォルニア湾、アメリカ合衆国アラスカ州南東部及びカナダブリティッシュ・コロンビア州の沿岸海域並びにアラスカ湾の海域は、太平洋の海域に含まれるものとする。６この省令の適用については、マラッカ海峡、アンダマン海、ベンガル湾、ラッカディブ海、アラビア海、オマーン湾、ペルシャ湾、スエズ湾、アカバ湾、紅海、アデン湾、モザンビーク海峡及びグレート・オーストラリア湾の海域は、インド洋の海域に含まれるものとする。７この省令の適用については、アゾフ海、黒海、マルマラ海、地中海、ビスケー湾、イギリス海峡、ブリストル湾、アイリッシュ海及びセント・ジョージ海峡、スコットランド西部諸海、北海、スカゲラク海峡、カテガット海峡、バルト海、ノルウェー海、グリーンランド海、ラブラドル海、デービス海峡、バフィン湾、ハドソン海峡、ハドソン湾、セント・ローレンス湾、ファンディ湾、メキシコ湾、カリブ海、ラ・プラタ川河口部並びにギニア湾の海域は、大西洋の海域に含まれるものとする。
（提出書類の経由機関）第二条この省令の規定により農林水産大臣に提出する書類は、当該書類の提出者の住所地（共同してする申請又は届出に係る書類については、代表者の住所地）を管轄する都道府県知事を経由して提出しなければならない。
（許可）第三条法第六十五条第一項及び水産資源保護法第四条第一項の規定に基づき、別表第一の一の上欄に掲げる特定の種類の水産動植物の採捕を目的として営む漁業又は特定の漁業の方法により営む漁業を同表の中欄に掲げる規制海域において同表の下欄に掲げる期間に営もうとする者は、農林水産大臣の許可を受けなければならないものとする。ただし、法第六十五条第一項又は水産資源保護法第四条第一項の規定に基づく都道府県規則の規定による都道府県知事の許可（以下この項において「都道府県知事許可」という。）を受けて別表第一の二の上欄に掲げる特定の種類の水産動植物の採捕を目的として営む漁業又は特定の漁業の方法により営む漁業を同表の中欄に掲げる海域において同表の下欄に掲げる期間に営む場合には、当該都道府県知事許可を受けた漁業については、農林水産大臣の許可を受けることを要しない。２前項本文の許可は、毎年、船舶ごとに、別表第一の一の下欄に掲げる期間の開始前に操業区域及び操業期間を定めて行う。ただし、次の各号のいずれかに該当する場合は、この限りでない。一前項本文の許可を受けた者が、当該許可に係る期間中に、当該許可に係る船舶を当該許可に係る規制海域において当該特定大臣許可漁業に使用することを廃止し、当該許可に係る期間の残存期間につき、他の船舶について同項本文の許可を申請した場合二前項本文の許可を受けた者が、当該許可に係る期間中に、当該許可に係る船舶が滅失し、又は沈没したため、当該許可に係る期間の残存期間につき、他の船舶について同項本文の許可を申請した場合三前項本文の許可を受けた者から、当該許可に係る期間中に、当該許可に係る船舶を譲り受け、借り受け、その返還を受け、その他相続又は法人の合併若しくは分割以外の事由により当該船舶を使用する権利を取得して当該許可に係る規制海域において当該特定大臣許可漁業を営もうとする者が、当該許可に係る期間の残存期間につき、当該船舶について同項本文の許可を申請した場合
（許可の基準）第四条農林水産大臣は、次の各号のいずれかに該当する者に対しては、前条第一項本文の許可をしないことができる。一第十条第一項の規定により許可を取り消され、その取消しの日から二年を経過しない者二法第三十九条第二項の規定若しくは法第六十三条第一項において準用する法第三十九条第二項の規定により漁業の免許、法第五十二条第一項の許可若しくは法第五十四条の起業の認可の取消しを受け、又は法第六十五条第一項若しくは第二項若しくは水産資源保護法第四条第一項若しくは第二項に基づく農林水産省令若しくは規則の規定による農林水産大臣若しくは都道府県知事の許可を取り消され、その取消しの日から二年を経過しない者三法若しくは水産資源保護法又はこれらの法律に基づく命令の規定に違反し、罰金以上の刑に処せられ、その執行を終わり、又はその執行を受けることがなくなった日から二年を経過しない者四当該漁業に関し、労働基準法（昭和二十二年法律第四十九号）、船員法（昭和二十二年法律第百号。第二章、第三章、第六章、第七章及び第八十六条の規定を除く。）、同法第七十三条の規定に基づく国土交通省令、労働組合法（昭和二十四年法律第百七十四号）又は最低賃金法（昭和三十四年法律第百三十七号）の規定に違反し、罰金以上の刑に処せられ、その執行を終わり、又はその執行を受けることがなくなった日から二年を経過しない者五法人又は団体であって、その役員のうちに前各号のいずれかに該当する者があるもの六当該漁業を的確に遂行するに足りる能力を有しない者七前各号に掲げるもののほか、漁業取締りその他漁業調整上許可をすることが適当でないと認められる者２農林水産大臣は、特定大臣許可漁業について、水産資源保護法第九条第一項の規定に基づき、当該特定大臣許可漁業に従事することができる漁船の隻数の最高限度（以下「定数」という。）を定めた場合には、前項の規定にかかわらず、前条第一項本文の許可をしないことができる。３農林水産大臣は、前項の定数が定められた特定大臣許可漁業の許可をする場合には、前条第二項ただし書の規定による場合を除き、当該特定大臣許可漁業につき、あらかじめ、許可を申請すべき期間を定め、これを公示しなければならない。４前項の規定により公示した期間内に許可の申請をした者の申請に対しては、第一項各号のいずれかに該当する場合を除き、許可をしなければならない。５前項の規定により許可をしなければならない申請に係る船舶の隻数が水産資源保護法第九条第一項の規定により定めた定数を超える場合には、前項の規定にかかわらず、農林水産大臣は、少なくとも次に掲げる事項を勘案して許可の基準を定め、これに従って許可をしなければならない。一当該漁業に係る水産資源の状況二当該漁業についての経験の程度その他の当該申請者の経営能力三当該漁業の操業状況６農林水産大臣は、第四項の規定により許可をしなければならない申請に係る船舶の隻数が水産資源保護法第九条第一項の規定により定めた定数を超える場合において、その申請のうちに現に当該特定大臣許可漁業の許可を受けている者（当該特定大臣許可漁業の許可につき定められた操業期間の末日が第三項の規定により公示した許可を申請すべき期間の末日以前である場合にあっては、当該操業期間の末日において当該特定大臣許可漁業の許可を受けていた者）が当該特定大臣許可漁業の許可につき定められた操業期間の末日の到来のため当該許可に係る船舶と同一の船舶についてした申請があるときは、前項の規定にかかわらず、その申請に対して、他の申請に優先して許可をしなければならない。７農林水産大臣は、前項の規定により許可をしなければならない申請に係る船舶の隻数が水産資源保護法第九条第一項の規定により定めた定数を超える場合には、前項の規定にかかわらず、少なくとも次に掲げる事項を勘案して許可の基準を定め、これに従って許可をしなければならない。一当該漁業に係る水産資源の状況二各申請者が当該漁業につき許可を受けている漁船の隻数三当該漁業の操業状況四各申請者の経済が当該漁業に依存する程度
（許可の申請）第五条第三条第一項本文の許可を受けようとする者は、特定大臣許可漁業の種類ごとに毎年次の表に掲げる期日までに（同条第二項各号のいずれかに該当する場合にあっては、遅滞なく）、農林水産大臣が定める様式による申請書を農林水産大臣に提出しなければならない。特定大臣許可漁業の種類期日ずわいがに漁業別表第一の一のずわいがに漁業の項規制海域の欄第一号に掲げる海域（以下「Ａ海域」という。）に係る許可にあっては八月三十一日まで、同欄第二号に掲げる海域（以下「Ｂ海域」という。）に係る許可にあっては七月三十一日まで、同欄第三号に掲げる海域（以下「Ｃ海域」という。）に係る許可にあっては八月三十一日まで、同欄第四号に掲げる海域（以下「Ｄ海域」という。）に係る許可にあっては七月三十一日まで、同欄第五号に掲げる海域（以下「Ｅ海域」という。）に係る許可にあっては九月三十日まで東シナ海等かじき等流し網漁業六月三十日までかじき等流し網漁業十一月三十日まで東シナ海はえ縄漁業六月三十日まで大西洋等はえ縄等漁業六月三十日まで太平洋底刺し網等漁業二月二十八日まで２前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。一漁船法（昭和二十五年法律第百七十八号）による漁船の登録の謄本二船舶安全法（昭和八年法律第十一号）に基づく船舶検査証書の写し三申請に係る船舶を使用する権利が所有権以外の場合には、当該権利を有することを証する書面四申請が第三条第二項各号のいずれかに該当する場合には、その旨を証する書面３農林水産大臣は、前項各号に掲げる書類のほか、許可をするかどうかの判断に関し必要と認める書類の提出を求めることができる。４第一項の申請書の様式は、告示で定める。
（許可証の交付及び備付け義務）第六条農林水産大臣は、第三条第一項本文の許可をしたときは、当該許可に係る操業期間の開始前に、申請者に別記様式第一号による許可証を交付する。２前項の規定により許可証の交付を受けた者は、当該許可に係る規制海域において当該特定大臣許可漁業を営む期間中当該許可証を当該許可に係る船舶内に備え付けておかなければならない。
（許可の制限又は条件）第七条農林水産大臣は、水産動植物の繁殖保護又は漁業取締りその他漁業調整のため必要があると認めるときは、第三条第一項本文の許可に制限若しくは条件を付け、又はこれを変更することができる。２農林水産大臣は、第三条第一項本文の許可をした後において、前項の規定による制限若しくは条件を付け、又は当該制限若しくは条件を変更しようとするときは、行政手続法（平成五年法律第八十八号）第十三条第一項の規定による意見陳述のための手続の区分にかかわらず、聴聞を行わなければならない。３第三条第一項本文の許可をした後における第一項の規定による制限若しくは条件の付加又は当該制限若しくは条件の変更に係る聴聞の期日における審理は、公開により行わなければならない。
（相続又は法人の合併若しくは分割）第八条第三条第一項本文の許可を受けた者が死亡し、解散し、又は分割（当該許可を受けた船舶を承継させるものに限る。）をしたときは、その相続人（相続人が二人以上ある場合においてその協議により当該許可に係る漁業を営むべき者を定めたときは、その者）、合併後存続する法人若しくは合併により設立した法人又は分割によって当該船舶を承継した法人は、当該許可を受けた者の地位を承継する。２前項の規定により第三条第一項本文の許可を受けた者の地位を承継した者は、その事実を証する書面を添えて、速やかに、農林水産大臣に許可証の書換交付を申請しなければならない。
（許可の失効）第九条次の各号のいずれかに該当する場合は、第三条第一項本文の許可は、その効力を失う。一当該許可に係る船舶を当該許可に係る規制海域における当該特定大臣許可漁業に使用することを廃止したとき。二当該許可に係る船舶が滅失し、又は沈没したとき。三当該許可に係る船舶を譲渡し、貸し付け、返還し、その他その船舶を使用する権利を失ったとき。
（許可の取消し又は出漁の禁止）第十条農林水産大臣は、第三条第一項本文の許可を受けた者が次の各号のいずれかに該当するときは、当該許可を取り消し、又はその者について期間を定め、若しくは定めないで、当該許可に係る規制海域において当該許可に係る船舶を使用して当該特定大臣許可漁業を営むことの禁止を命ずることができる。一第四条第一項各号のいずれかに該当するに至ったとき。二第六条第二項、第十四条、第十五条第一項若しくは第三項、第十六条第一項、第十七条、第十八条第一項又は第二十五条第三項の規定に違反したとき。三第七条第一項の規定に基づく制限又は条件に違反したとき。四第二十三条第一項前段の規定による命令に違反したとき。２農林水産大臣は、前項の規定による出漁の禁止の命令をしようとするときは、行政手続法第十三条第一項の規定による意見陳述のための手続の区分にかかわらず、聴聞を行わなければならない。３第七条第三項の規定は、第一項の規定による許可の取消し又は出漁の禁止の命令に係る聴聞について準用する。
（許可証の書換交付の申請）第十一条第三条第一項本文の許可を受けた者は、許可証の記載事項に変更が生じたときは、速やかに、農林水産大臣に許可証の書換交付を申請しなければならない。２前項の申請が船名又は船舶の総トン数の変更に係るものである場合には、漁船法による漁船の登録の謄本又は船舶安全法に基づく船舶検査証書の写しを添えなければならない。
（許可証の書換交付及び再交付）第十二条の二農林水産大臣は、次に掲げる場合には、遅滞なく、許可証を書き換えて交付し、又は再交付する。一第八条第二項若しくは第十一条第一項の規定による書換交付又は前条の規定による再交付の申請があったとき。二第七条第一項の規定により許可に制限若しくは条件を付け、又は同項の規定により許可に付した制限若しくは条件を変更し、若しくは取り消したとき。
（許可証の返納）第十三条第三条第一項本文の許可を受けた者は、当該許可がその効力を失い、又は取り消された場合には、速やかに、その許可証を農林水産大臣に返納しなければならない。前条の規定により許可証の書換交付又は再交付を受けた場合における従前の許可証についても、同様とする。２前項の場合において、許可証を返納することができないときは、理由を付してその旨を農林水産大臣に届け出なければならない。
（船舶の塗装）第十四条東シナ海等かじき等流し網漁業又はかじき等流し網漁業について第三条第一項本文の許可を受けた者（同項ただし書の都道府県知事の許可を受けてかじき等流し網漁業を営む者を含む。）は、当該許可に係る船舶の船橋の周囲を三十センチメートルの幅で帯状に黒色で塗装しなければ、規制海域においては、当該船舶を東シナ海等かじき等流し網漁業又はかじき等流し網漁業に使用してはならない。
（許可番号等の表示）第十五条第三条第一項本文の許可を受けた者（同項ただし書の都道府県知事の許可を受けて別表第一の二の上欄に掲げる漁業を営む者を含む。）は、当該許可に係る船舶の船橋の両側の見やすい場所に別記様式第二号により当該許可に係る許可番号を表示しなければ、当該船舶を当該許可に係る規制海域における特定大臣許可漁業に使用してはならない。２第三条第一項本文の許可を受けた者（同項ただし書の都道府県知事の許可を受けて別表第一の二の上欄に掲げる漁業を営む者を含む。）は、当該許可に係る期間が経過したとき、又は当該許可がその効力を失い、若しくは取り消されたときは、速やかに、前項の規定による許可番号の表示を消さなければならない。３第一条第一項第九号ハに掲げる海域において第三条第一項本文の許可を受けて東シナ海等かじき等流し網漁業又は東シナ海はえ縄漁業を営む者は、当該許可に係る船舶に表示された漁船法による登録番号の下に二センチメートルの幅で黒色の横線を表示しなければならない。
第十六条東シナ海等かじき等流し網漁業又はかじき等流し網漁業に係る規制海域において第三条第一項本文の許可を受けて東シナ海等かじき等流し網漁業又はかじき等流し網漁業を営む者（同項ただし書の都道府県知事の許可を受けてかじき等流し網漁業を営む者を含む。）は、敷設した流し網の次の各号に掲げる浮標に、それぞれ当該各号に掲げる標識等を水面上一・五メートル（別記様式第三号による標識については、浮標の表面から二メートル）以上の高さに掲げなければならない。一両端部の浮標昼間にあっては別記様式第三号による標識及びレーダー反射板（金属製のものに限る。以下同じ。）、夜間にあっては白色の灯火及びレーダー反射板二中間部のおおむね三キロメートルごとの浮標昼間にあっては別記様式第三号による標識、夜間にあっては白色の灯火２前項の灯火は、夜間において視界が良好な場合に少なくとも二海里離れた所から視認されるものでなければならない。
（漁具又は漁ろう装置の格納等）第十六条の二大西洋等はえ縄等漁業又は太平洋底刺し網等漁業の第三条第一項本文の許可に係る船舶（以下この条において「許可船舶」という。）の船長は、外国の領海又は排他的経済水域（ロシア連邦にあっては指定漁業の許可及び取締り等に関する省令（昭和三十八年農林省令第五号。以下「指定漁業省令」という。）別表第五の九の項の上欄に掲げる区域、大韓民国にあっては同表の十一の項の上欄に掲げる区域、中華人民共和国にあっては同表の十二の項の上欄に掲げる区域。以下この条において同じ。）を当該船舶により航行する場合には、当該漁業の用に供されるものと認められる漁具又は漁ろう装置を漁獲に容易に使用できないよう格納し、又は収納しなければならない。ただし、いずれかの外国から漁獲のための許可を受けている許可船舶により、当該許可に係る当該外国の領海又は排他的経済水域を航行する場合は、この限りでない。
（操業区域等の制限）第十七条特定大臣許可漁業を営む者は、別にこの省令で定める場合のほか、別表第二の上欄に掲げる特定大臣許可漁業につき、それぞれ同表の下欄に掲げる操業の区域若しくは期間又は特定の区域若しくは期間における特定の漁具若しくは船舶を使用し若しくは特定の漁法によってする操業若しくは特定の種類の水産動物の採捕に関する制限又は禁止の措置に違反して当該特定大臣許可漁業を営んではならない。
（漁獲物等の陸揚港の制限）第十八条第三条第一項本文の許可を受けた者（同項ただし書の都道府県知事の許可を受けて別表第一の二の上欄に掲げる漁業を営む者を含む。）は、当該特定大臣許可漁業の漁業取締りその他漁業調整のため農林水産大臣が告示して当該特定大臣許可漁業の漁獲物又はその製品（以下「漁獲物等」という。）について陸揚港を指定し、又は当該告示において定める漁獲物等の陸揚港のうちの一若しくは二以上を選定すべきことを定めた場合には、当該指定又は選定に係る陸揚港以外の地に、当該特定大臣許可漁業の漁獲物等の陸揚げをしてはならない。ただし、次に掲げる場合は、この限りでない。一暴風雨その他やむを得ない事由があるとき二農林水産大臣の許可を受けたとき２第三条第一項本文の許可を受けた者（同項ただし書の都道府県知事の許可を受けて別表第一の二の上欄に掲げる漁業を営む者を含む。）は、前項の規定により陸揚港の選定をしたときは、速やかに、農林水産大臣に届け出なければならない。３第三条第一項本文の許可を受けた者（同項ただし書の都道府県知事の許可を受けて別表第一の二の上欄に掲げる漁業を営む者を含む。）は、第一項の規定により選定をした陸揚港を変更しようとするときは、農林水産大臣の許可を受けなければならない。
（衛星船位測定送信機による位置の報告義務等）第十八条の二第三条第一項本文の許可を受けた者（同項ただし書の都道府県知事の許可を受けて別表第一の二の上欄に掲げる漁業を営む者を含む。）は、特定大臣許可漁業ごとに農林水産大臣が別に定めて告示する海域に立ち入るときは、衛星船位測定送信機（人工衛星を利用して船舶の位置の測定及び送信を行う機器であって、次の各号に掲げる基準に適合するものをいう。以下この条において同じ。）を当該許可に係る船舶内に備え付けておかなければならない。一当該船舶の位置を自動的に測定及び記録できるものであること。二次に掲げる情報を自動的に送信できるものであること。イ当該船舶を特定することができる情報ロ当該船舶の位置を示す情報並びに当該位置における日付及び時刻三前号に掲げる情報の改変を防止するための措置が講じられているものであること。２前項の特定大臣許可漁業を営む者の使用に係る船舶であって同項の規定により衛星船位測定送信機を備え付けたものの船長（次項において「船長」という。）は、同項の海域において操業し又は航行するときは、衛星船位測定送信機を常時作動させ、同項第二号に掲げる情報について、海域ごとに農林水産大臣が別に定めて告示する方法により農林水産大臣に報告しなければならない。３船長は、衛星船位測定送信機の故障により前項の報告ができなくなったときは、速やかに、その旨を農林水産大臣に報告し、その指示を受けなければならない。
（さめの魚体の所持等の制限）第十八条の三かじき等流し網漁業に係る規制海域において第三条第一項本文の許可を受けてかじき等流し網漁業を営む者（同項ただし書の都道府県知事の許可を受けてかじき等流し網漁業を営む者を含む。）は、採捕したさめを所持したときは、次に掲げる行為をしなければならない。ただし、当該かじき等流し網漁業を営む者が日本国外で当該さめの一部を陸揚げした場合は、この限りでない。一当該さめの全ての部分（頭部、内臓及び皮を除く。）を陸揚げまでの間、船上において所持すること。二当該さめを陸揚げするときに、前号の規定により所持したものを陸揚げすること。
（届出）第十九条別表第三の上欄に掲げる漁業を同表の下欄に掲げる海域において営もうとする者は、当該届出漁業の操業期間ごと及び船舶ごとに、当該操業期間の最初の日の一月前までに、農林水産大臣が定める様式による届出書に次に掲げる書類を添え、農林水産大臣に届け出なければならない。一船舶安全法に基づく船舶検査証書の写し二届出に係る船舶を使用する権利が所有権以外の場合には、当該権利を有することを証する書面２前項の規定による届出をした者は、届出書の記載事項に変更が生じたときは、速やかに、農林水産大臣に変更の届出をしなければならない。この場合において、当該変更の届出が相続又は法人の合併若しくは分割に係るものであるときは、その事実を証する書面を添えなければならない。３農林水産大臣は、前二項の規定による届出をした者に対し、必要な事項に関し、書面又は口頭による報告を求めることができる。４第一項の届出書の様式は、告示で定める。
（沿岸まぐろはえ縄漁業等の船舶の塗装）第二十条第一条第一項第九号ハに掲げる海域において沿岸まぐろはえ縄漁業、小型するめいか釣り漁業又は暫定措置水域沿岸漁業等を営む者は、当該漁業に係る船舶に表示された漁船法による登録番号の下に二センチメートルの幅で黒色の横線を表示しなければならない。
（沿岸まぐろはえ縄漁業に係る漁具の制限）第二十条の二別表第三沿岸まぐろはえ縄漁業の項に掲げる海域において沿岸まぐろはえ縄漁業を営む者は、当該海域において、我が国が締結した漁業に関する条約その他の国際約束を実施するために必要な漁具に関する制限として農林水産大臣が別に定めて告示するものに違反して操業してはならない。
（さめの魚体の所持等の制限）第二十条の三別表第三沿岸まぐろはえ縄漁業の項に掲げる海域において沿岸まぐろはえ縄漁業を営む者は、採捕したさめを所持したときは、次に掲げる行為をしなければならない。ただし、当該沿岸まぐろはえ縄漁業を営む者が日本国外で当該さめの一部を陸揚げした場合は、この限りでない。一当該さめの全ての部分（頭部、内臓及び皮を除く。）を陸揚げまでの間、船上において所持すること。二当該さめを陸揚げするときに、前号の規定により所持したものを陸揚げすること。
（漁獲成績報告書等）第二十二条第三条第一項本文の許可を受けた者又は第十九条第一項の届出をした者は、当該許可又は届出に係る漁業の漁獲成績報告書を、農林水産大臣に提出しなければならない。２前項の漁獲成績報告書を提出すべき期限は、次の各号に掲げる漁業の区分に応じ、当該各号に定めるところによる。一ずわいがに漁業毎月分を翌月の十日まで二東シナ海等かじき等流し網漁業、かじき等流し網漁業及び東シナ海はえ縄漁業当該許可に係る操業期間の経過後一月以内三大西洋等はえ縄等漁業当該許可に係る操業期間の経過後二月以内四小型するめいか釣り漁業及び暫定措置水域沿岸漁業等当該届出に係る操業期間の経過後一月以内五第一号から前号までに掲げる漁業以外の漁業当該許可又は届出に係る漁業の航海ごとに、当該航海の終了後一月以内３第一項の漁獲成績報告書の様式は、告示で定める。
（停泊命令及び検査）第二十三条農林水産大臣は、第三条第一項の規定に違反して特定大臣許可漁業を営んだ者又は第六条第二項、第十四条、第十五条第一項若しくは第三項、第十六条第一項、第十六条の二、第十七条（第二十一条において準用する場合を含む。）、第十八条第一項、第十八条の二第一項若しくは第二項、第十九条第一項若しくは第二項、第二十条、第二十五条若しくは第二十六条の規定、第七条第一項の規定に基づく制限若しくは条件若しくは第十条第一項の規定に基づく命令に違反した者に対し、停泊港及び停泊期間を指定してその者の使用に係る船舶の停泊を命ずることができる。法第百三十四条第一項の規定による検査を行わせるときも、同様とする。２農林水産大臣は、前項前段の規定による停泊の命令をしようとするときは、行政手続法第十三条第一項の規定による意見陳述のための手続の区分にかかわらず、聴聞を行わなければならない。３第七条第三項の規定は、第一項前段の規定による停泊の命令に係る聴聞について準用する。４第一項後段の規定による停泊期間は、十日間を超えないものとする。
（停船命令）第二十四条漁業監督官は、法第七十四条第三項の規定による検査又は質問をするため必要があるときは、漁業に従事する船舶の船長、船長の職務を行う者又は操業を指揮する者に対し、停船を命ずることができる。２前項の停船命令は、同項の検査又は質問をする旨を告げ又は表示し、かつ、国際海事機関が採択した国際信号書に規定する次に掲げる信号を用いて行うものとする。一別記様式第四号による信号旗Ｌを掲げる。二サイレン、汽笛その他の音響信号によりＬの信号（短音一回、長音一回、短音二回）を約七秒の間隔を置いて連続して行う。三投光器によりＬの信号（短光一回、長光一回、短光二回）を約七秒の間隔を置いて連続して行う。３前項において、「長音」又は「長光」とは、約三秒間継続する吹鳴又は投光をいい、「短音」又は「短光」とは、約一秒間継続する吹鳴又は投光をいう。
（採捕の制限等）第二十五条ずわいがに漁業に係る規制海域においては、ずわいがにの未成熟がに（腹節の内側に卵を有しない雌がに及び甲幅九センチメートル（Ｅ海域にあっては甲幅八センチメートル）未満の雄がにをいう。次項において同じ。）は、採捕してはならない。２次の表の上欄に掲げる区域においては、同表の中欄に掲げる区分ごとに、それぞれ同表の下欄に掲げる期間内は、ずわいがにの成熟がに（未成熟がに以外のかにをいう。）は、採捕してはならない。区域成熟がにの雌雄の区分期間Ａ海域雌がに一月二十一日から十一月五日まで雄がに三月二十一日から十一月五日までＢ海域雌がに及び雄がに六月一日から九月三十日までＣ海域雌がに周年雄がに五月一日から十月三十一日までＤ海域雌がに周年雄がに六月十六日から十月十五日までＥ海域雌がに及び雄がに四月一日から十二月九日まで３漁業を営む者又は水産動植物の販売若しくは加工を業とする者は、第一項の規定に違反して採捕されたずわいがに又はその製品を所持し、販売し、又は加工してはならない。
（漁具の制限）第二十六条東シナ海等かじき等流し網漁業又はかじき等流し網漁業を営む者は、網目十五センチメートル以下の流し網を使用してはならない。２東シナ海等かじき等流し網漁業又はかじき等流し網漁業を営む者は、当該漁業に使用するために当該漁業に係る船舶に流し網を積み込む場合には、その長さ（仕立上がりの状態における浮子綱の長さをいう。）の合計が当該船舶ごとに三十キロメートルを超えないようにしなければならない。３東シナ海等かじき等流し網漁業又はかじき等流し網漁業を営む者は、二枚以上の網地を重ね合わせた流し網を使用してはならない。
（罰則）第二十七条次の各号のいずれかに該当する者は、二年以下の懲役若しくは五十万円以下の罰金に処し、又はこれを併科する。一第十七条（第二十一条において準用する場合を含む。）、第十八条第一項又は第二十五条の規定に違反した者二第七条第一項の規定に基づく制限又は条件に違反した者三第十条第一項又は第二十三条第一項前段の規定による命令に違反した者２前項の場合においては、犯人が所有し、又は所持する漁獲物、その製品、漁船又は漁具その他水産動植物の採捕の用に供される物は、没収することができる。ただし、犯人が所有していたこれらの物件の全部又は一部を没収することができないときは、その価額を追徴することができる。
第二十八条次の各号のいずれかに該当する者は、六月以下の懲役又は三十万円以下の罰金に処する。一第十八条の二第一項の規定に違反した者二第十八条の三の規定に違反した者三第二十条の二の規定に違反した者四第二十条の三の規定に違反した者五第二十六条の規定に違反した者
第二十九条次の各号のいずれかに該当する者は、十万円以下の罰金に処する。一第六条第二項、第十四条、第十五条第一項若しくは第三項、第十六条第一項又は第二十条の規定に違反した者二第十九条第一項又は第二項の規定による届出をせず、又は虚偽の届出をした者
第三十条法人の代表者又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務に関して、第二十七条第一項、第二十八条又は前条の違反行為をしたときは、行為者を罰するほか、その法人又は人に対し、各本条の罰金刑を科する。
（さんま漁業取締規則等の廃止）第二条次に掲げる省令は、廃止する。一さんま漁業取締規則（昭和二十四年農林省令第七十号）二北太平洋の海域におけるずわいがに等漁業の取締りに関する省令（昭和四十三年農林省令第六号）三いかつり漁業の取締りに関する省令（昭和四十四年農林省令第四十一号）四ずわいがに漁業等の取締りに関する省令（昭和四十五年農林省令第五十五号）五北太平洋の海域におけるつぶ漁業の取締りに関する省令（昭和四十七年農林省令第四十一号）六大西洋の海域におけるはえなわ等漁業の取締りに関する省令（昭和四十八年農林省令第四十六号）七かじき等流し網漁業の取締りに関する省令（昭和四十八年農林省令第四十九号）八いか流し網漁業の取締りに関する省令（昭和五十六年農林水産省令第二十八号）九黄海及び東支那海の海域におけるふぐはえなわ漁業の取締りに関する省令（昭和五十八年農林水産省令第五十号）十べにずわいがに漁業の取締りに関する省令（平成元年農林水産省令第四十四号）十一小型まぐろはえ縄漁業の取締りに関する省令（平成三年農林水産省令第三十四号）
（承認に関する経過措置）第三条この省令の施行の際現に前条の規定による廃止前の同条各号に掲げる省令（以下「旧省令」と総称する。）の規定により農林水産大臣の承認を受けることを必要とした漁業についての当該承認（以下「旧省令承認」という。）を受けている者は、旧省令承認に相当する第三条第一項の農林水産大臣の承認を受けたものとみなす。２前項の場合においては、第十一条第一項第一号の規定は適用しない。
（承認の申請に関する経過措置）第四条この省令の施行前に農林水産大臣に提出された旧省令の規定に基づく旧省令承認に係る申請書は、第五条第一項の規定に基づく申請書とみなす。この場合において、当該申請書を提出している者については、第四条の規定は、適用しない。
（承認証に関する経過措置）第五条この省令の施行の際現に旧省令の規定に基づき交付されている旧省令承認に係る承認証は、第六条第一項の規定に基づき交付された承認証とみなす。２前項の規定により第六条第一項の規定に基づき交付されたものとみなされる承認証の当該承認に係る船舶内における備付けについては、第六条第三項の規定にかかわらず、なお従前の例による。
（操業区域等に関する経過措置）第八条この省令の施行の際現に旧省令承認を受けている者及びこの省令の施行前に旧省令の規定により農林水産大臣に届け出ることを必要とした漁業についての当該届出（以下「旧省令届出」という。）をした者に対する当該承認又は届出に係る制限又は禁止の措置については、第十七条第一項（第二十五条において準用する場合を含む。）の規定にかかわらず、なお従前の例による。
（漁獲成績報告書に関する経過措置）第十一条この省令の施行の際現に旧省令承認を受けている者及び旧省令届出をした者が提出する漁獲成績報告書についての規定の適用については、第二十六条の規定にかかわらず、なお従前の例による。
（いか釣り漁業に係るこの省令の適用等）第十三条昭和五十七年七月十八日前に建造され、又は建造に着手された動力漁船（昭和六十年七月三十日以前に特定修繕（船舶のトン数の測度に関する法律（昭和五十五年法律第四十号）附則第三条第一項の特定修繕をいう。以下同じ。）に伴う船舶法（明治三十二年法律第四十六号）及びこれに基づく命令の規定による改測又は測度（以下「改測等」という。）を受けたものを除く。）により釣りによっていかをとることを目的とする漁業については、第一条第一項第三号の規定にかかわらず、総トン数百トン未満の船舶によるものを同号の中型いか釣り漁業とみなす。ただし、この省令の施行後に当該動力漁船について特定修繕に伴う改測等を受ける日以後は、この限りでない。
（ずわいがに漁業に係るこの省令の適用等）第十四条ずわいがに漁業に係る規制海域のうちＣ海域及びＤ海域において法第六十五条第一項の規定に基づく都道府県規則の規定による都道府県知事の許可を受けて営むずわいがに漁業については、当分の間、第三条第一項の規定は適用しない。
（この省令の施行前にした行為等に対する処分及び罰則の適用）第十六条この省令の施行前にした行為及びこの省令の附則によりなお従前の例によることとされる事項に係るこの省令の施行後にした行為並びに前条の規定によりなお処分が効力を有することとされる場合におけるこの省令の施行後にした当該処分に違反する行為に対する漁業取締り上行う農林水産大臣の処分については、附則第三条第一項の規定にかかわらず、なお従前の例による。
１この省令は、公布の日から施行する。２ずわいがに漁業に係る規制海域のうちＥ海域においては、この省令の施行の日から平成八年九月三十日までの間は、第二十九条第三項及び第四項の規定は適用しない。３この省令の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（旧省令の規定に基づく処分又は行為の効力）第二条この省令による改正前の承認漁業等の取締りに関する省令（以下「旧省令」という。）の規定によってした農林水産大臣の許可、承認その他の処分は改正後の承認漁業等の取締りに関する省令（以下「新省令」という。）の規定によってした農林水産大臣の許可、承認その他の処分とみなし、旧省令の規定により農林水産大臣に対してした申請その他の行為は新省令の規定により農林水産大臣に対してした申請その他の行為とみなす。
（承認及びその申請手続の特例）第二条平成十一年三月三十一日までの間に改正後の承認漁業等の取締りに関する省令（以下「新令」という。）第一条第一項第三号ロに掲げる海域において営む第一種いか釣り漁業に係る第三条第一項の承認については、同条第二項中「毎年、船舶ごとに、別表第一の下欄に掲げる期間の開始前に」とあるのは「船舶ごとに、遅滞なく」と、新令第五条第一項中「毎年次の表に掲げる期日までに」とあるのは「遅滞なく」とする。２平成十年十月三十一日までの間に新令第一条第一項第三号ニに掲げる海域において営む第一種いか釣り漁業に係る第三条第一項の承認については、同条第二項中「毎年、船舶ごとに、別表第一の下欄に掲げる期間の開始前に」とあるのは「船舶ごとに、遅滞なく」と、新令第五条第一項中「毎年次の表に掲げる期日までに」とあるのは「遅滞なく」と、新令別表第一第一種いか釣り漁業の項中「十一月一日から翌年十月三十一日まで」とあるのは「この省令の施行の日から平成十年十月三十一日まで」とする。
（旧省令の規定に基づく処分又は行為の効力）第三条改正前の承認漁業等の取締りに関する省令（以下「旧令」という。）の規定によってした農林水産大臣の許可、承認その他の処分は新令の規定によってした農林水産大臣の許可、承認その他の処分とみなし、旧令の規定により農林水産大臣に対してした申請その他の行為は新令の規定により農林水産大臣に対してした申請その他の行為とみなす。
（承認及びその申請手続の特例）第二条平成十二年八月三十一日までの間に改正後の承認漁業等の取締りに関する省令（以下「新令」という。）第一条第一項第十二号に掲げる大西洋はえ縄等漁業を営む場合における当該漁業に係る第三条第一項の承認については、同条第二項中「毎年、船舶ごとに、別表第一の下欄に掲げる期間の開始前に」とあるのは「船舶ごとに、遅滞なく」と、新令第五条第一項中「毎年次の表に掲げる期日までに」とあるのは「遅滞なく」と、新令別表第一大西洋はえ縄等漁業の項中「九月一日から翌年八月三十一日まで」とあるのは「この省令の施行の日から平成十二年八月三十一日まで」とする。２平成十三年三月三十一日までの間に新令第一条第一項第十四号に掲げる太平洋底刺し網漁業を営む場合における当該漁業に係る第三条第一項の承認については、同条第二項中「毎年、船舶ごとに、別表第一の下欄に掲げる期間の開始前に」とあるのは「船舶ごとに、遅滞なく」と、新令第五条第一項中「毎年次の表に掲げる期日までに」とあるのは「遅滞なく」と、新令別表第一太平洋底刺し網漁業の項中「四月一日から翌年三月三十一日まで」とあるのは「この省令の施行の日から平成十三年三月三十一日まで」とする。
（届出に関する経過措置）第三条この省令の施行前に改正前の承認漁業等の取締りに関する省令（以下「旧令」という。）第一条第一項第十二号に掲げる大西洋はえ縄等漁業に該当する漁業につき旧令第二十三条第一項又は第二項の規定による届出をした者は、平成十二年八月三十一日までの間は、当該漁業について新令第三条第一項の承認を受けたものとみなす。
（経過措置）第二条この省令の施行前に改正前の承認漁業等の取締りに関する省令（以下「旧令」という。）第一条第一項第八号に掲げる黄海・東シナ海ふぐはえ縄漁業に該当する漁業につき旧令第二十三条第一項又は第二項の規定による届出をした者は、平成十三年七月三十一日までの間は、東シナ海はえ縄漁業について改正後の承認漁業等の取締りに関する省令（以下「新令」という。）第三条第一項の承認を受けたものとみなす。
（この省令の施行前に行われた農林水産大臣の処分の効力）第五条この省令（第二条の規定については、当該規定。以下この条及び附則第七条において同じ。）の施行前に旧令の規定に基づきなされた漁業取締り上行う農林水産大臣の処分は、この省令の施行後も、なおその効力を有する。
（処分、申請等に関する経過措置）第三条この省令の施行前に第二条の規定による改正前の承認漁業等の取締りに関する省令（以下「旧承認漁業等省令」という。）の規定によりされた許可その他の処分又はこの省令の施行の際現に旧承認漁業等省令の規定によりされている申請その他の行為であって、この省令の施行の日において新指定漁業省令の規定により許可その他の処分又は申請その他の行為を要することとなるものは、新指定漁業省令の適用については、新指定漁業省令の相当規定によりされた許可その他の処分又は申請その他の行為とみなす。
（承認及びその申請手続の特例）第二条平成十六年八月三十一日までの間に改正後の承認漁業等の取締りに関する省令（以下「新令」という。）第一条第一項第六号に掲げる大西洋等はえ縄等漁業を営む場合における当該漁業に係る第三条第一項の承認については、同条第二項中「毎年、船舶ごとに、別表第一の下欄に掲げる期間の開始前に」とあるのは「船舶ごとに、遅滞なく」と、新令第五条第一項中「毎年次の表に掲げる期日までに」とあるのは「遅滞なく」と、新令別表第一大西洋等はえ縄等漁業の項中「九月一日から翌年八月三十一日まで」とあるのは「この省令の施行の日から平成十六年八月三十一日まで」とする。２平成十六年九月一日から平成十七年八月三十一日までの間に新令第一条第一項第六号に掲げる大西洋等はえ縄等漁業を営む場合における当該漁業に係る第三条第一項の承認については、新令第五条第一項中「毎年次の表に掲げる期日までに」とあるのは、「この省令の施行の日から平成十六年八月二十日までに」とする。
（承認に関する経過措置）第三条この省令の施行前に改正前の承認漁業等の取締りに関する省令（以下「旧令」という。）第一条第一項第六号に掲げる大西洋はえ縄等漁業に該当する漁業につき旧令第三条第一項の規定による承認を受けた者は、平成十六年八月三十一日までの間は、当該漁業について新令第三条第一項の承認を受けたものとみなす。
第三条この省令の施行の際現に第四条の規定による改正前の承認漁業等の取締りに関する省令（以下「旧省令」という。）第三条第一項の規定により農林水産大臣の承認を受けることを必要とした漁業についての当該承認（以下「旧省令承認」という。）を受けている者は、第四条の規定による改正後の特定大臣許可漁業等の取締りに関する省令（以下「新省令」という。）第三条第一項の規定により農林水産大臣の許可を受けたものとみなす。
第四条この省令の施行前に農林水産大臣に提出された旧省令の規定に基づく旧省令承認に係る申請書は、新省令第五条第一項の規定に基づく申請書とみなす。この場合において、当該申請書を提出している者については、その申請に係る許可の基準の適用については、なお従前の例による。
第五条この省令の施行の際現に旧省令の規定に基づき交付されている旧省令承認に係る承認証は、新省令第六条第一項の規定に基づき交付された許可証とみなす。２前項の規定により新省令第六条第一項の規定に基づき交付されたものとみなされる承認証の当該承認に係る船舶内における備付けについては、同条第二項の規定にかかわらず、なお従前の例による。
第十二条この省令の施行前にした行為及びこの省令の附則によりなお従前の例によることとされた事項に係るこの省令の施行後にした行為並びに前条の規定によりなお処分が効力を有することとされる場合におけるこの省令の施行後にした当該処分に違反する行為に対する漁業取締り上行う農林水産大臣の処分については、附則第三条の規定にかかわらず、なお従前の例による。
第十三条この省令の施行の際現に日本船舶以外の動力漁船により旧省令第一条第二項各号のいずれかの漁業を営んでいる者が引き続き行う当該漁業については、平成二十一年三月三十一日までは新省令第三条第一項の規定は適用しない。
第十四条この省令の施行の際現に日本船舶以外の動力漁船により旧省令第一条第三項各号のいずれかの漁業を営んでいる者が引き続き行う当該漁業については、平成二十一年三月三十一日までは新省令第十九条第一項の規定は適用しない。
（施行期日）第一条この省令は、平成二十四年六月七日から施行する。ただし、第一条中指定漁業の許可及び取締り等に関する省令別表第二遠洋かつお・まぐろ漁業の項第一号の次に一号を加える改正規定及び同表近海かつお・まぐろ漁業の項の改正規定並びに第二条の規定は、平成二十五年一月一日から施行する。
（施行期日）１この省令は、平成二十七年三月三日から施行する。ただし、第一条中指定漁業の許可及び取締り等に関する省令第十三条及び第十四条の改正規定並びに第二条中特定大臣許可漁業等の取締りに関する省令第十二条の二及び第十三条の改正規定は、公布の日から施行する。（罰則の適用に関する経過措置）３この省令の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（準備行為）第二条この省令による改正後の特定大臣許可漁業等の取締りに関する省令（以下「新省令」という。）第三条第一項本文の規定による許可を受けようとする者は、この省令の施行前においても、新省令第五条の規定の例により、許可の申請をすることができる。２農林水産大臣は、前項の申請があった場合には、この省令の施行前においても、新省令第三条、第四条、第六条、第七条、第十条及び十二条の二の規定の例により、許可をすることができる。
（経過措置）第三条この省令の施行前にかじき等流し網漁業について漁業法第六十七条第一項の規定に基づく海区漁業調整委員会の指示に定めるところにより海区漁業調整委員会の承認を受けた者は、平成三十年三月三十一日までの間は、かじき等流し網漁業について同法第六十五条第一項又は水産資源保護法第四条第一項の規定に基づく都道府県規則の規定による都道府県知事の許可を受けた者とみなして、新省令第三条第一項の規定を適用する。