| 独立行政法人通信総合研究所法（平成十一年法律第百六十二号）附則第二条 | 総務省の通信総合研究所 |
| 独立行政法人消防研究所法（平成十一年法律第百六十三号）附則第二条 | 総務省の消防研究所 |
| 独立行政法人酒類総合研究所法（平成十一年法律第百六十四号）附則第二条 | 財務省の醸造研究所 |
| 独立行政法人国立特殊教育総合研究所法（平成十一年法律第百六十五号）附則第二条 | 文部科学省の国立特殊教育総合研究所 |
| 独立行政法人国立オリンピック記念青少年総合センター法（平成十一年法律第百六十七号）附則第二条 | 文部科学省の国立オリンピック記念青少年総合センター |
| 独立行政法人国立女性教育会館法（平成十一年法律第百六十八号）附則第二条 | 文部科学省の国立女性教育会館 |
| 独立行政法人国立青年の家法（平成十一年法律第百六十九号）附則第二条 | 文部科学省の国立青年の家 |
| 独立行政法人国立少年自然の家法（平成十一年法律第百七十号）附則第二条 | 文部科学省の国立少年自然の家 |
| 独立行政法人国立国語研究所法附則第二条 | 文部科学省の国立国語研究所 |
| 独立行政法人国立科学博物館法（平成十一年法律第百七十二号）附則第二条 | 文部科学省の国立科学博物館 |
| 独立行政法人物質・材料研究機構法（平成十一年法律第百七十三号）附則第二条 | 文部科学省の金属材料技術研究所及び無機材質研究所 |
| 独立行政法人防災科学技術研究所法（平成十一年法律第百七十四号）附則第二条 | 文部科学省の防災科学技術研究所 |
| 独立行政法人航空宇宙技術研究所法（平成十一年法律第百七十五号）附則第二条 | 文部科学省の航空宇宙技術研究所 |
| 独立行政法人放射線医学総合研究所法（平成十一年法律第百七十六号）附則第二条 | 文部科学省の放射線医学総合研究所 |
| 独立行政法人国立美術館法（平成十一年法律第百七十七号）附則第二条 | 文部科学省の国立近代美術館、国立西洋美術館及び国立国際美術館 |
| 独立行政法人国立博物館法（平成十一年法律第百七十八号）附則第二条 | 文部科学省の国立博物館 |
| 独立行政法人文化財研究所法（平成十一年法律第百七十九号）附則第二条 | 文部科学省の国立文化財研究所 |
| 独立行政法人国立健康・栄養研究所法（平成十一年法律第百八十号）附則第二条 | 厚生労働省の国立健康・栄養研究所 |
| 独立行政法人産業安全研究所法（平成十一年法律第百八十一号）附則第二条 | 厚生労働省の産業安全研究所 |
| 独立行政法人産業医学総合研究所法（平成十一年法律第百八十二号）附則第二条 | 厚生労働省の産業医学総合研究所 |
| 独立行政法人農林水産消費技術センター法（平成十一年法律第百八十三号）附則第二条 | 農林水産省の農林水産消費技術センター |
| 独立行政法人種苗管理センター法（平成十一年法律第百八十四号）附則第二条 | 農林水産省の種苗管理センター |
| 独立行政法人家畜改良センター法（平成十一年法律第百八十五号）附則第二条 | 農林水産省の家畜改良センター |
| 独立行政法人肥飼料検査所法（平成十一年法律第百八十六号）附則第二条 | 農林水産省の肥飼料検査所 |
| 独立行政法人農薬検査所法（平成十一年法律第百八十七号）附則第二条 | 農林水産省の農薬検査所 |
| 独立行政法人農業者大学校法（平成十一年法律第百八十八号）附則第二条 | 農林水産省の農業者大学校 |
| 独立行政法人林木育種センター法（平成十一年法律第百八十九号）附則第二条 | 農林水産省の林木育種センター |
| 独立行政法人さけ・ます資源管理センター法（平成十一年法律第百九十号）附則第二条 | 農林水産省のさけ・ます資源管理センター |
| 独立行政法人水産大学校法（平成十一年法律第百九十一号）附則第二条 | 農林水産省の水産大学校 |
| 独立行政法人農業技術研究機構法（平成十一年法律第百九十二号）附則第二条 | 農林水産省の農業研究センター、野菜・茶業試験場、果樹試験場、畜産試験場、草地試験場、家畜衛生試験場及び農業試験場 |
| 独立行政法人農業生物資源研究所法（平成十一年法律第百九十三号）附則第二条 | 農林水産省の農業生物資源研究所及び蚕糸・昆虫農業技術研究所 |
| 独立行政法人農業環境技術研究所法（平成十一年法律第百九十四号）附則第二条 | 農林水産省の農業環境技術研究所 |
| 独立行政法人農業工学研究所法（平成十一年法律第百九十五号）附則第二条 | 農林水産省の農業工学研究所 |
| 独立行政法人食品総合研究所法（平成十一年法律第百九十六号）附則第二条 | 農林水産省の食品総合研究所 |
| 独立行政法人国際農林水産業研究センター法（平成十一年法律第百九十七号）附則第二条 | 農林水産省の国際農林水産業研究センター |
| 独立行政法人森林総合研究所法（平成十一年法律第百九十八号）附則第二条 | 農林水産省の森林総合研究所 |
| 独立行政法人水産総合研究センター法（平成十一年法律第百九十九号）附則第二条 | 農林水産省の水産研究所、養殖研究所及び水産工学研究所 |
| 独立行政法人経済産業研究所法（平成十一年法律第二百号）附則第二条 | 経済産業省の経済産業研究所（その内部組織のうち経済産業大臣が定めるものを除く。） |
| 独立行政法人工業所有権総合情報館法（平成十一年法律第二百一号）附則第二条 | 経済産業省の工業所有権総合情報館（その内部組織のうち経済産業大臣が定めるものを除く。） |
| 独立行政法人産業技術総合研究所法（平成十一年法律第二百三号）附則第二条 | 経済産業省の計量教習所及び産業技術総合研究所 |
| 独立行政法人製品評価技術基盤機構法（平成十一年法律第二百四号）附則第二条 | 経済産業省の製品評価技術センター |
| 独立行政法人土木研究所法（平成十一年法律第二百五号）附則第二条 | 国土交通省の土木研究所（その内部組織及びその支所の内部組織のうち国土交通大臣が定めるものを除く。） |
| 独立行政法人建築研究所法（平成十一年法律第二百六号）附則第二条 | 国土交通省の建築研究所（その内部組織のうち国土交通大臣が定めるものを除く。） |
| 独立行政法人交通安全環境研究所法（平成十一年法律第二百七号）附則第二条 | 国土交通省の交通安全公害研究所 |
| 独立行政法人海上技術安全研究所法（平成十一年法律第二百八号）附則第二条 | 国土交通省の船舶技術研究所 |
| 独立行政法人港湾空港技術研究所法（平成十一年法律第二百九号）附則第二条 | 国土交通省の港湾技術研究所（その内部組織のうち国土交通大臣が定めるものを除く。） |
| 独立行政法人電子航法研究所法（平成十一年法律第二百十号）附則第二条 | 国土交通省の電子航法研究所 |
| 独立行政法人北海道開発土木研究所法附則第二条 | 国土交通省の開発土木研究所 |
| 独立行政法人海技大学校法（平成十一年法律第二百十二号）附則第二条 | 国土交通省の海技大学校 |
| 独立行政法人航海訓練所法（平成十一年法律第二百十三号）附則第二条 | 国土交通省の航海訓練所 |
| 独立行政法人海員学校法（平成十一年法律第二百十四号）附則第二条 | 国土交通省の海員学校 |
| 独立行政法人航空大学校法（平成十一年法律第二百十五号）附則第二条 | 国土交通省の航空大学校 |
| 独立行政法人国立環境研究所法（平成十一年法律第二百十六号）附則第二条 | 環境省の国立環境研究所（その内部組織のうち環境大臣が定めるものを除く。） |