| 科名 | 種名 |
| 動物界一 鳥綱（一） きじ目 |
| きじ科 | Ｌａｇｏｐｕｓ ｍｕｔａ ｊａｐｏｎｉｃａ（ライチョウ）Ｃｏｔｕｒｎｉｘ ｊａｐｏｎｉｃａ（ウズラ） |
| （二） かも目 |
| かも科 | Ａｎｓｅｒ ｆａｂａｌｉｓ ｓｅｒｒｉｒｏｓｔｒｉｓ（ヒシクイ）Ａｎｓｅｒ ｅｒｙｔｈｒｏｐｕｓ（カリガネ）Ａｎｓｅｒ ｃａｅｒｕｌｅｓｃｅｎｓ ｃａｅｒｕｌｅｓｃｅｎｓ（ハクガン）Ｂｒａｎｔａ ｈｕｔｃｈｉｎｓｉｉ ｌｅｕｃｏｐａｒｅｉａ（シジュウカラガン）Ｂｒａｎｔａ ｂｅｒｎｉｃｌａ ｏｒｉｅｎｔａｌｉｓ（コクガン）Ｔａｄｏｒｎａ ｔａｄｏｒｎａ（ツクシガモ）Ａｎａｓ ｆｏｒｍｏｓａ（トモエガモ） |
| （三） ねったいちょう目 |
| ねったいちょう科 | Ｐｈａｅｔｈｏｎ ｒｕｂｒｉｃａｕｄａ ｒｏｔｈｓｃｈｉｌｄｉ（アカオネッタイチョウ） |
| （四） はと目 |
| はと科 | Ｃｏｌｕｍｂａ ｊａｎｔｈｉｎａ ｎｉｔｅｎｓ（アカガシラカラスバト）Ｃｏｌｕｍｂａ ｊａｎｔｈｉｎａ ｓｔｅｊｎｅｇｅｒｉ（ヨナグニカラスバト）Ｓｔｒｅｐｔｏｐｅｌｉａ ｄｅｃａｏｃｔｏ ｄｅｃａｏｃｔｏ（シラコバト）Ｃｈａｌｃｏｐｈａｐｓ ｉｎｄｉｃａ ｙａｍａｓｈｉｎａｉ（キンバト） |
| （五） みずなぎどり目 |
| あほうどり科 | Ｐｈｏｅｂａｓｔｒｉａ ｉｍｍｕｔａｂｉｌｉｓ（コアホウドリ）Ｐｈｏｅｂａｓｔｒｉａ ａｌｂａｔｒｕｓ（アホウドリ） |
| みずなぎどり科 | Ｐｕｆｆｉｎｕｓ ｌｈｅｒｍｉｎｉｅｒｉ ｂａｎｎｅｒｍａｎｉ（セグロミズナギドリ）Ｐｕｆｆｉｎｕｓ ｂｒｙａｎｉ（オガサワラヒメミズナギドリ） |
| うみつばめ科 | Ｏｃｅａｎｏｄｒｏｍａ ｃａｓｔｒｏ（クロコシジロウミツバメ）Ｏｃｅａｎｏｄｒｏｍａ ｍｏｎｏｒｈｉｓ（ヒメクロウミツバメ） |
| （六） こうのとり目 |
| こうのとり科 | Ｃｉｃｏｎｉａ ｂｏｙｃｉａｎａ（コウノトリ） |
| （七） かつおどり目 |
| かつおどり科 | Ｓｕｌａ ｓｕｌａ ｒｕｂｒｉｐｅｓ（アカアシカツオドリ） |
| う科 | Ｐｈａｌａｃｒｏｃｏｒａｘ ｐｅｌａｇｉｃｕｓ ｐｅｌａｇｉｃｕｓ（ヒメウ）Ｐｈａｌａｃｒｏｃｏｒａｘ ｕｒｉｌｅ（チシマウガラス） |
| （八） ぺりかん目 |
| さぎ科 | Ｂｏｔａｕｒｕｓ ｓｔｅｌｌａｒｉｓ ｓｔｅｌｌａｒｉｓ（サンカノゴイ）Ｉｘｏｂｒｙｃｈｕｓ ｅｕｒｈｙｔｈｍｕｓ（オオヨシゴイ）Ｇｏｒｓａｃｈｉｕｓ ｇｏｉｓａｇｉ（ミゾゴイ）Ｇｏｒｓａｃｈｉｕｓ ｍｅｌａｎｏｌｏｐｈｕｓ（ズグロミゾゴイ） |
| とき科 | Ｎｉｐｐｏｎｉａ ｎｉｐｐｏｎ（トキ）Ｐｌａｔａｌｅａ ｍｉｎｏｒ（クロツラヘラサギ） |
| （九） つる目 |
| つる科 | Ｇｒｕｓ ｖｉｐｉｏ（マナヅル）Ｇｒｕｓ ｊａｐｏｎｅｎｓｉｓ（タンチョウ）Ｇｒｕｓ ｍｏｎａｃｈａ（ナベヅル） |
| くいな科 | Ｃｏｔｕｒｎｉｃｏｐｓ ｅｘｑｕｉｓｉｔｕｓ（シマクイナ）Ｒａｌｌｉｎａ ｅｕｒｉｚｏｎｏｉｄｅｓ ｓｅｐｉａｒｉａ（オオクイナ）Ｇａｌｌｉｒａｌｌｕｓ ｏｋｉｎａｗａｅ（ヤンバルクイナ） |
| （一〇） ちどり目 |
| ちどり科 | Ｃｈａｒａｄｒｉｕｓ ａｌｅｘａｎｄｒｉｎｕｓ ａｌｅｘａｎｄｒｉｎｕｓ（ハシボソシロチドリ）Ｃｈａｒａｄｒｉｕｓ ａｌｅｘａｎｄｒｉｎｕｓ ｄｅａｌｂａｔｕｓ（シロチドリ） |
| せいたかしぎ科 | Ｈｉｍａｎｔｏｐｕｓ ｈｉｍａｎｔｏｐｕｓ ｈｉｍａｎｔｏｐｕｓ（セイタカシギ） |
| しぎ科 | Ｓｃｏｌｏｐａｘ ｍｉｒａ（アマミヤマシギ）Ｌｉｍｏｓａ ｌａｐｐｏｎｉｃａ ｍｅｎｚｂｉｅｒｉ（コシジロオオソリハシシギ）Ｌｉｍｏｓａ ｌａｐｐｏｎｉｃａ ｂａｕｅｒｉ（オオソリハシシギ）Ｎｕｍｅｎｉｕｓ ｍｉｎｕｔｕｓ（コシャクシギ）Ｎｕｍｅｎｉｕｓ ｍａｄａｇａｓｃａｒｉｅｎｓｉｓ（ホウロクシギ）Ｔｒｉｎｇａ ｅｒｙｔｈｒｏｐｕｓ（ツルシギ）Ｔｒｉｎｇａ ｔｏｔａｎｕｓ ｕｓｓｕｒｉｅｎｓｉｓ（アカアシシギ）Ｔｒｉｎｇａ ｇｕｔｔｉｆｅｒ（カラフトアオアシシギ）Ｔｒｉｎｇａ ｇｌａｒｅｏｌａ（タカブシギ）Ｅｕｒｙｎｏｒｈｙｎｃｈｕｓ ｐｙｇｍｅｕｓ（ヘラシギ） |
| たましぎ科 | Ｒｏｓｔｒａｔｕｌａ ｂｅｎｇｈａｌｅｎｓｉｓ ｂｅｎｇｈａｌｅｎｓｉｓ（タマシギ） |
| つばめちどり科 | Ｇｌａｒｅｏｌａ ｍａｌｄｉｖａｒｕｍ（ツバメチドリ） |
| かもめ科 | Ｌａｒｕｓ ｓａｕｎｄｅｒｓｉ（ズグロカモメ）Ｓｔｅｒｎａ ｂｅｒｇｉｉ ｃｒｉｓｔａｔａ（オオアジサシ）Ｓｔｅｒｎａ ａｌｂｉｆｒｏｎｓ ｓｉｎｅｎｓｉｓ（コアジサシ）Ｓｔｅｒｎａ ｄｏｕｇａｌｌｉｉ ｂａｎｇｓｉ（ベニアジサシ）Ｓｔｅｒｎａ ｓｕｍａｔｒａｎａ（エリグロアジサシ） |
| うみすずめ科 | Ｕｒｉａ ａａｌｇｅ ｉｎｏｒｎａｔａ（ウミガラス）Ｃｅｐｐｈｕｓ ｃａｒｂｏ（ケイマフリ）Ｓｙｎｔｈｌｉｂｏｒａｍｐｈｕｓ ａｎｔｉｑｕｕｓ（ウミスズメ）Ｓｙｎｔｈｌｉｂｏｒａｍｐｈｕｓ ｗｕｍｉｚｕｓｕｍｅ（カンムリウミスズメ）Ｆｒａｔｅｒｃｕｌａ ｃｉｒｒｈａｔａ（エトピリカ） |
| （一一） たか目 |
| たか科 | Ｈａｌｉａｅｅｔｕｓ ａｌｂｉｃｉｌｌａ ａｌｂｉｃｉｌｌａ（オジロワシ）Ｈａｌｉａｅｅｔｕｓ ｐｅｌａｇｉｃｕｓ（オオワシ）Ｓｐｉｌｏｒｎｉｓ ｃｈｅｅｌａ ｐｅｒｐｌｅｘｕｓ（カンムリワシ）Ｃｉｒｃｕｓ ｓｐｉｌｏｎｏｔｕｓ ｓｐｉｌｏｎｏｔｕｓ（チュウヒ）Ａｃｃｉｐｉｔｅｒ ｇｕｌａｒｉｓ ｉｗａｓａｋｉｉ（リュウキュウツミ）Ｂｕｔａｓｔｕｒ ｉｎｄｉｃｕｓ（サシバ）Ｂｕｔｅｏ ｂｕｔｅｏ ｔｏｙｏｓｈｉｍａｉ（オガサワラノスリ）Ａｑｕｉｌａ ｃｈｒｙｓａｅｔｏｓ ｊａｐｏｎｉｃａ（イヌワシ）Ｎｉｓａｅｔｕｓ ｎｉｐａｌｅｎｓｉｓ ｏｒｉｅｎｔａｌｉｓ（クマタカ）） |
| （一二） ふくろう目 |
| ふくろう科 | Ｏｔｕｓ ｌｅｍｐｉｊｉ ｐｒｙｅｒｉ（リュウキュウオオコノハズク）Ｏｔｕｓ ｅｌｅｇａｎｓ ｉｎｔｅｒｐｏｓｉｔｕｓ（ダイトウコノハズク）Ｂｕｂｏ ｂｕｂｏ ｂｏｒｉｓｓｏｗｉ（ワシミミズク）Ｋｅｔｕｐａ ｂｌａｋｉｓｔｏｎｉ ｂｌａｋｉｓｔｏｎｉ（シマフクロウ）Ａｅｇｏｌｉｕｓ ｆｕｎｅｒｅｕｓ ｍａｇｎｕｓ（キンメフクロウ） |
| （一三） ぶっぽうそう目 |
| ぶっぽうそう科 | Ｅｕｒｙｓｔｏｍｕｓ ｏｒｉｅｎｔａｌｉｓ ｃａｌｏｎｙｘ（ブッポウソウ） |
| （一四） きつつき目 |
| きつつき科 | Ｄｅｎｄｒｏｃｏｐｏｓ ｌｅｕｃｏｔｏｓ ｏｗｓｔｏｎｉ（オーストンオオアカゲラ）Ｐｉｃｏｉｄｅｓ ｔｒｉｄａｃｔｙｌｕｓ ｉｎｏｕｙｅｉ（ミユビゲラ）Ｄｒｙｏｃｏｐｕｓ ｍａｒｔｉｕｓ ｍａｒｔｉｕｓ（クマゲラ）Ｓａｐｈｅｏｐｉｐｏ ｎｏｇｕｃｈｉｉ（ノグチゲラ） |
| （一五） はやぶさ目 |
| はやぶさ科 | Ｆａｌｃｏ ｐｅｒｅｇｒｉｎｕｓ ｊａｐｏｎｅｎｓｉｓ（ハヤブサ） |
| （一六） すずめ目 |
| やいろちょう科 | Ｐｉｔｔａ ｎｙｍｐｈａ（ヤイロチョウ） |
| さんしょうくい科 | Ｐｅｒｉｃｒｏｃｏｔｕｓ ｄｉｖａｒｉｃａｔｕｓ ｄｉｖａｒｉｃａｔｕｓ（サンショウクイ） |
| もず科 | Ｌａｎｉｕｓ ｔｉｇｒｉｎｕｓ（チゴモズ）Ｌａｎｉｕｓ ｃｒｉｓｔａｔｕｓ ｓｕｐｅｒｃｉｌｉｏｓｕｓ（アカモズ） |
| しじゅうから科 | Ｐｏｅｃｉｌｅ ｖａｒｉｕｓ ｎａｍｉｙｅｉ（ナミエヤマガラ）Ｐｏｅｃｉｌｅ ｖａｒｉｕｓ ｏｗｓｔｏｎｉ（オーストンヤマガラ） |
| むしくい科 | Ｐｈｙｌｌｏｓｃｏｐｕｓ ｉｊｉｍａｅ（イイジマムシクイ） |
| めじろ科 | Ａｐａｌｏｐｔｅｒｏｎ ｆａｍｉｌｉａｒｅ ｈａｈａｓｉｍａ（ハハジマメグロ） |
| せんにゅう科 | Ｌｏｃｕｓｔｅｌｌａ ｐｌｅｓｋｅｉ（ウチヤマセンニュウ）Ｌｏｃｕｓｔｅｌｌａ ｐｒｙｅｒｉ ｐｒｙｅｒｉ（オオセッカ） |
| みそさざい科 | Ｔｒｏｇｌｏｄｙｔｅｓ ｔｒｏｇｌｏｄｙｔｅｓ ｍｏｓｕｋｅｉ（モスケミソサザイ） |
| ひたき科 | Ｚｏｏｔｈｅｒａ ｄａｕｍａ ｍａｊｏｒ（オオトラツグミ）Ｔｕｒｄｕｓ ｃｅｌａｅｎｏｐｓ（アカコッコ）Ｌｕｓｃｉｎｉａ ａｋａｈｉｇｅ ｔａｎｅｎｓｉｓ（タネコマドリ）Ｌｕｓｃｉｎｉａ ｋｏｍａｄｏｒｉ ｋｏｍａｄｏｒｉ（アカヒゲ）Ｌｕｓｃｉｎｉａ ｋｏｍａｄｏｒｉ ｎａｍｉｙｅｉ（ホントウアカヒゲ） |
| あとり科 | Ｃｈｌｏｒｉｓ ｓｉｎｉｃａ ｋｉｔｔｌｉｔｚｉ（オガサワラカワラヒワ） |
| ほおじろ科 | Ｅｍｂｅｒｉｚａ ａｕｒｅｏｌａ ｏｒｎａｔａ（シマアオジ）Ｅｍｂｅｒｉｚａ ｙｅｓｓｏｅｎｓｉｓ ｙｅｓｓｏｅｎｓｉｓ（コジュリン） |
| 二 哺乳綱（一） もぐら目 |
| とがりねずみ科 | Ｓｏｒｅｘ ｍｉｎｕｔｉｓｓｉｍｕｓ ｈａｗｋｅｒｉ（トウキョウトガリネズミ）Ｃｒｏｃｉｄｕｒａ ｏｒｉｉ（オリイジネズミ） |
| もぐら科 | Ｍｏｇｅｒａ ｕｃｈｉｄａｉ（センカクモグラ）Ｍｏｇｅｒａ ｅｔｉｇｏ（エチゴモグラ） |
| （二） こうもり目 |
| おおこうもり科 | Ｐｔｅｒｏｐｕｓ ｄａｓｙｍａｌｌｕｓ ｄａｉｔｏｅｎｓｉｓ（ダイトウオオコウモリ）Ｐｔｅｒｏｐｕｓ ｄａｓｙｍａｌｌｕｓ ｄａｓｙｍａｌｌｕｓ（エラブオオコウモリ）Ｐｔｅｒｏｐｕｓ ｐｓｅｌａｐｈｏｎ（オガサワラオオコウモリ） |
| きくがしらこうもり科 | Ｒｈｉｎｏｌｏｐｈｕｓ ｃｏｒｎｕｔｕｓ ｏｒｉｉ（オリイコキクガシラコウモリ）Ｒｈｉｎｏｌｏｐｈｕｓ ｐｕｍｉｌｕｓ ｐｕｍｉｌｕｓ（オキナワコキクガシラコウモリ）Ｒｈｉｎｏｌｏｐｈｕｓ ｐｅｒｄｉｔｕｓ（ヤエヤマコキクガシラコウモリ） |
| ひなこうもり科 | Ｍｙｏｔｉｓ ｇｒａｃｉｌｉｓ（ウスリホオヒゲコウモリ）Ｍｙｏｔｉｓ ｆｏｒｍｏｓｕｓ（クロアカコウモリ）Ｍｙｏｔｉｓ ｐｒｕｉｎｏｓｕｓ（クロホオヒゲコウモリ）Ｍｙｏｔｉｓ ｎａｔｔｅｒｅｒｉ ｂｏｍｂｉｎｕｓ（ホンドノレンコウモリ）Ｍｙｏｔｉｓ ｙａｎｂａｒｅｎｓｉｓ（ヤンバルホオヒゲコウモリ）Ｐｉｐｉｓｔｒｅｌｌｕｓ ｅｎｄｏｉ（モリアブラコウモリ）Ｅｐｔｅｓｉｃｕｓ ｊａｐｏｎｅｎｓｉｓ（クビワコウモリ）Ｎｙｃｔａｌｕｓ ａｖｉａｔｏｒ（ヤマコウモリ）Ｎｙｃｔａｌｕｓ ｆｕｒｖｕｓ（コヤマコウモリ）Ｍｉｎｉｏｐｔｅｒｕｓ ｆｕｓｃｕｓ（リュウキュウユビナガコウモリ）Ｍｕｒｉｎａ ｒｙｕｋｙｕａｎａ（リュウキュウテングコウモリ） |
| おひきこうもり科 | Ｔａｄａｒｉｄａ ｉｎｓｉｇｎｉｓ（オヒキコウモリ） |
| （三） ねこ目 |
| ねこ科 | Ｐｒｉｏｎａｉｌｕｒｕｓ ｂｅｎｇａｌｅｎｓｉｓ ｅｕｐｔｉｌｕｒｕｓ（ツシマヤマネコ）Ｐｒｉｏｎａｉｌｕｒｕｓ ｂｅｎｇａｌｅｎｓｉｓ ｉｒｉｏｍｏｔｅｎｓｉｓ（イリオモテヤマネコ） |
| いたち科 | Ｍｕｓｔｅｌａ ｓｉｂｉｒｉｃａ（シベリアイタチ）（長崎県対馬市の個体群） |
| あしか科 | Ｚａｌｏｐｈｕｓ ｊａｐｏｎｉｃｕｓ（ニホンアシカ） |
| あざらし科 | Ｐｈｏｃａ ｖｉｔｕｌｉｎａ（ゼニガタアザラシ） |
| （四） かいぎゅう目 |
| じゅごん科 | Ｄｕｇｏｎｇ ｄｕｇｏｎ（ジュゴン） |
| （五） ねずみ目 |
| ねずみ科 | Ａｐｏｄｅｍｕｓ ａｇｒａｒｉｕｓ（セスジネズミ）Ｔｏｋｕｄａｉａ ｍｕｅｎｎｉｎｋｉ（オキナワトゲネズミ）Ｔｏｋｕｄａｉａ ｏｓｉｍｅｎｓｉｓ（アマミトゲネズミ）Ｔｏｋｕｄａｉａ ｔｏｋｕｎｏｓｈｉｍｅｎｓｉｓ（トクノシマトゲネズミ）Ｄｉｐｌｏｔｈｒｉｘ ｌｅｇａｔａ（ケナガネズミ） |
| （六） うさぎ目 |
| うさぎ科 | Ｐｅｎｔａｌａｇｕｓ ｆｕｒｎｅｓｓｉ（アマミノクロウサギ） |
| 備考括弧内に記載する呼称は、学名である。 |