（契約の締結の届出）第一条医療情報基盤・診療報酬審査支払機構法（昭和二十三年法律第百二十九号。以下「法」という。）第十八条第四項の規定により、医療情報基盤・診療報酬審査支払機構（以下「機構」という。）が、各保険者、厚生労働大臣、都道府県知事又は市町村長と契約を締結したときは、遅滞なくその写を添えて、厚生労働大臣に届け出なければならない。その契約を変更し、又は解除したときも同様とする。
（個人の権利利益を害するおそれが大きい事態）第二条法第二十七条の個人の権利利益を害するおそれが大きい事態として厚生労働省令で定めるものは、次の表の上欄に掲げるものとし、機構は、当該事態を知った後、速やかに、それぞれ同表の下欄に掲げる事項（報告をしようとする時点において把握しているものに限る。）を報告しなければならない。一 個人情報の保護に関する法律施行規則（平成二十八年個人情報保護委員会規則第三号）第七条各号のいずれかに該当する事態一 個人情報の保護に関する法律施行規則第八条第一項各号に掲げる事項二 法第十八条に規定する業務に係る情報システムの機能が停止し、又は停止したおそれがある場合にあっては、当該情報システムの名称三 その他参考となる事項二 行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律第二十九条の四第一項及び第二項に基づく特定個人情報の漏えい等に関する報告等に関する規則（平成二十七年特定個人情報保護委員会規則第五号）第二条各号のいずれかに該当する事態一 行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律第二十九条の四第一項及び第二項に基づく特定個人情報の漏えい等に関する報告等に関する規則第三条第一項各号に掲げる事項二 法第十八条に規定する業務に係る情報システムの機能が停止し、又は停止したおそれがある場合にあっては、当該情報システムの名称三 その他参考となる事項三 その他法第十八条に規定する業務に係る情報システムの機能が停止し、又は停止したおそれがある事態一 概要二 機能が停止し、又は停止したおそれがある情報システムの名称三 原因四 公表の実施状況五 その他参考となる事項２前項の規定による報告をする場合において、機構は、当該事態を知った日から三十日以内（個人情報の保護に関する法律施行規則第八条第二項若しくは行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律第二十九条の四第一項及び第二項に基づく特定個人情報の漏えい等に関する報告等に関する規則第三条第二項の規定により六十日以内に報告をしなければならないものとされる事態又は前項の表第三項に規定する事態であって不正の目的をもって行われたおそれがある場合は、六十日以内）に、当該事態に関する前項の表の下欄に掲げる事項を報告しなければならない。
（中期計画の認可の申請）第三条機構は、法第二十九条第一項の規定により中期計画の認可を受けようとするときは、当該中期計画の最初の事業年度開始の日の三十日前までに、当該中期計画を記載した申請書を厚生労働大臣に提出しなければならない。２機構は、法第二十九条第一項後段の規定により中期計画の変更の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書を厚生労働大臣に提出しなければならない。
（中期計画の記載事項）第四条機構に係る法第二十九条第二項第三号の厚生労働省令で定める医療情報化推進業務の運営に必要な事項は、同項第一号及び第二号に掲げるもののほか、医療情報化推進業務の運営に必要な事項とする。
（年度計画の記載事項等）第五条機構に係る法第三十条に規定する年度計画には、中期計画に定めた事項に関し、当該事業年度において実施すべき事項を記載しなければならない。２機構は、法第三十条後段の規定により年度計画の変更をしたときは、変更した事項及びその理由を記載した届出書を厚生労働大臣に提出しなければならない。
（業務実績等報告書）第六条機構に係る法第三十一条第二項の報告書には、当該報告書が次の表の上欄に掲げる報告書のいずれに該当するかに応じ、同表の下欄に掲げる事項を記載しなければならない。その際、機構は、当該報告書が同条第一項の評価の根拠となる情報を提供するために作成されるものであることに留意しつつ、機構の事務及び事業の性質、内容等に応じて区分して同欄に掲げる事項を記載するものとする。一 事業年度における医療情報化推進業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにした報告書一 当該事業年度における医療情報化推進業務の実績。なお、当該業務の実績は、次に掲げる事項（医療情報化推進業務に関する共通的な業務の実績については、ニに掲げる事項を除く。）を明らかにしたものでなければならない。イ 中期計画及び年度計画の実施状況ロ 当該事業年度における業務運営の状況ハ 当該業務に係る指標がある場合には、当該指標及び当該事業年度の属する中期計画の期間における当該事業年度以前の毎年度の当該指標の数値ニ 当該事業年度の属する中期計画の期間における当該事業年度以前の毎年度の当該業務に係る人員に関する情報二 当該業務が地域における医療及び介護の総合的な確保の促進に関する法律（平成元年法律第六十四号。以下「総合確保法」という。）第十一条の二第二項第三号に掲げる事項に係るものである場合には、前号に掲げる医療情報化推進業務の実績について機構が評価を行った結果。なお、当該評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ 総合確保法第十一条の二第二項第三号に掲げる事項として同条第一項に規定する医療情報化推進方針に定められた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由ロ 業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策ハ 過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況二 中期計画の期間の終了時に見込まれる中期計画の期間における医療情報化推進業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにする報告書一 中期計画の期間の終了時に見込まれる中期計画の期間における医療情報化推進業務の実績。なお、当該業務の実績は、次に掲げる事項（医療情報化推進業務に関する共通的な業務の実績については、ニに掲げる事項を除く。）を明らかにしたものでなければならない。イ 中期計画の実施状況ロ 当該期間における業務運営の状況ハ 当該業務に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値ニ 当該期間における毎年度の当該業務に係る人員に関する情報二 当該業務が総合確保法第十一条の二第二項第三号に掲げる事項に係るものである場合には、前号に掲げる医療情報化推進業務の実績について機構が評価を行った結果。なお、当該評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ 総合確保法第十一条の二第二項第三号に掲げる事項として同条第一項に規定する医療情報化推進方針に定められた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由ロ 業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策ハ 過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況三 中期計画の期間における医療情報化推進業務の実績及び当該実績について自ら評価を行った結果を明らかにする報告書一 中期計画の期間における医療情報化推進業務の実績。なお、当該業務の実績は、次に掲げる事項（医療情報化推進業務に関する共通的な業務の実績については、ニに掲げる事項を除く。）を明らかにしたものでなければならない。イ 中期計画の実施状況ロ 当該期間における業務運営の状況ハ 当該業務に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値ニ 当該期間における毎年度の当該業務に係る人員に関する情報二 当該業務が総合確保法第十一条の二第二項第三号に掲げる事項に係るものである場合には、前号に掲げる医療情報化推進業務の実績について機構が評価を行った結果。なお、当該評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ 総合確保法第十一条の二第二項第三号に掲げる事項として同条第一項に規定する医療情報化推進方針に定められた項目ごとの評定及び当該評定を付した理由ロ 業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策ハ 過去の報告書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況２機構は、前項に規定する報告書を厚生労働大臣に提出したときは、速やかに、当該報告書をインターネットの利用その他の適切な方法により公表するものとする。
（勘定区分）第八条機構の会計においては、貸借対照表勘定及び損益勘定を設け、貸借対照表勘定においては資産、負債及び資本を計算し、損益勘定においては収益及び費用を計算する。２機構は、医療情報化推進業務に係る経理とその他の業務に係る経理とを区分するほか、計算の過程を明らかにするために必要に応じ経理を区分し、それぞれについて貸借対照表勘定及び損益勘定を設けて経理するものとする。３機構は、医療情報化推進業務とその他の業務の双方に関連する収入及び費用については、適正な基準によりそれぞれの業務に配分して経理しなければならない。
（収支予算）第九条法第三十三条第一項の収支予算（以下「収支予算」という。）は、法第十八条第一項から第三項までに掲げる業務の事務の執行に要する費用について作成し、収入にあってはその性質、支出にあってはその目的に従って区分するものとする。
（予算の流用）第十一条機構は、支出予算については、当該予算に定める目的のほかに使用してはならない。ただし、収支予算の実施上必要かつ適当であるときは、第九条の規定による区分にかかわらず相互流用することができる。
（事業計画等の認可の申請）第十三条法第三十三条第一項の事業計画及び収支予算の認可を受けようとするときは、その旨を記載した申請書に事業計画書及び収支予算書を添付して、これを厚生労働大臣に提出しなければならない。これを変更しようとするときも同様とする。
（事業状況報告書）第十五条法第三十四条第一項の事業状況報告書には、次の各号に掲げる業務の区分に応じ、それぞれ当該各号に掲げる事項を記載しなければならない。一法第十八条第一項第三号から第六号までに掲げる業務及びこれらに附帯する業務次に掲げる事項イ事業内容、職員の定数及びその前事業年度末との比較並びに沿革ロ役員の定数並びに各役員の氏名、役職、任期及び経歴ハその事業年度及び過去三事業年度以上の事業の実施状況（前条の事業計画の実施の結果を含み、国から補助金等の交付を受けているときはその名称、受入れに係る目的及び金額を含む。）ニ機構が対処すべき課題（法第十八条第一項第三号から第六号までに掲げる業務及びこれらに附帯する業務に係るものに限る。）二法第十八条に規定する業務（前号に掲げる業務を除く。）次に掲げる事項イ事業内容、事務所の所在地並びに職員の定数及びその前事業年度末との比較ロ契約の状況ハ管掌別診療報酬支払状況ニ管掌別診療報酬収入状況ホ管掌別事務費収入状況ヘ事業費収支状況ト前条の事業計画の実施の結果
（収支決算書等）第十六条法第三十四条第一項の財産目録及び事業状況報告書には、収支決算書、貸借対照表及び損益計算書を添付しなければならない。２前項の収支決算書は、収支予算と同一の区分により作成し、かつ、これに次の事項を記載しなければならない。一収入イ収入予算額ロ収入決定済額ハ収入予算額と収入決定済額との差額二支出イ支出予算額ロ前事業年度からの繰越額ハ予備費の使用の金額及びその理由ニ流用の金額及びその理由ホ支出予算現額ヘ支出決定済額ト翌事業年度への繰越額チ不用額
（毎月の事業状況報告）第十七条機構は、第十五条第一号に掲げる業務については、毎月、収入及び支出についてはその金額を明らかにした報告書を、翌月末日までに、厚生労働大臣に提出しなければならない。２機構は、第十五条第二号に掲げる業務については、毎月の事業状況につき、次に掲げる事項を記載した報告書を翌月末日までに、厚生労働大臣に提出しなければならない。一契約の状況二管掌別診療報酬支払状況三管掌別診療報酬収入状況四管掌別事務費収入状況五事業費収支状況六事務費収支状況七管掌別審査状況
（診療報酬請求書の審査等に関する事務の執行に要する費用を算出するに当たり考慮すべき事項）第十八条法第三十五条の厚生労働省令で定めるものは、診療担当者（法第一条に規定する診療担当者をいう。）又は医療機関（法第十八条第一項第十一号、第二項第三号から第五号まで及び第三項に規定する医療を担当する機関をいう。）の提出する診療報酬請求書の数及び当該診療報酬請求書の審査（その審査について不服の申出があった場合の再審査を含む。）並びに同条第二項第二号の意見を述べる業務の内容とする。
（権限の委任）第二十条法第四十条第一項の規定により、法第二十一条第一項、第二十二条、第三十八条第一項及び第三十九条の規定による権限（定款の変更の命令を除く。）を地方厚生局長に委任する。ただし、厚生労働大臣がこれらの権限を自ら行うことを妨げない。２法第四十条第二項の規定により、前項に規定する権限のうち地方厚生支局の管轄区域に係るものは、地方厚生支局長に委任する。ただし、地方厚生局長がこれらの権限を自ら行うことを妨げない。
（申請等に関する経過措置）第六条この省令の施行の際に、この省令による改正前のそれぞれの省令の規定によりされている申請、届出その他の行為でこの省令の施行の日においてこれらの行為に係る行政事務を行うべき者が異なることとなるものは、この省令の施行の日以後における改正後のそれぞれの省令の適用については、改正後のそれぞれの省令の相当規定によりされた申請、届出その他の行為とみなす。２この省令の施行前に改正前のそれぞれの省令の規定により都道府県知事に対し届出、報告その他の手続をしなければならない事項で、この省令の施行の日前にその手続がされていないものについては、これを、改正後のそれぞれの省令の相当規定により相当の機関に対して届出、報告その他の手続をしなければならない事項についてその手続がされていないものとみなして、この省令による改正後のそれぞれの省令の規定を適用する。
（施行期日）１この省令は、内閣法の一部を改正する法律（平成十一年法律第八十八号）の施行の日（平成十三年一月六日）から施行する。（様式に関する経過措置）３この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。４この省令の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。
（施行期日）１この省令は、平成十五年十月一日から施行する。（経過措置）２第一条の規定による改正前の社会保険診療報酬支払基金法施行規則の様式は、当分の間、同条の規定による改正後の社会保険診療報酬支払基金法施行規則の様式によるものとみなす。
（経過措置）第二条この省令による改正前のそれぞれの省令で定める様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後のそれぞれの省令で定める様式によるものとみなす。２旧様式による用紙については、合理的に必要と認められる範囲内で、当分の間、これを取り繕って使用することができる。
（経過措置）第二条この省令の施行の際現にあるこの省令による改正前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この省令による改正後の様式によるものとみなす。２この省令の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。
第三条この省令の施行日を含む事業年度を最初の事業年度とする中期計画に係るこの省令による改正後の医療情報基盤・診療報酬審査支払機構法施行規則第三条第一項の規定の適用については、「当該中期計画の最初の事業年度開始の日の三十日前までに」とあるのは、「法第九条第一項第二号の中期計画の作成に関する運営会議の議決を経た後遅滞なく」とする。