（主務大臣）
第十二条法第五条第一項、第三項及び第四項における主務大臣は、同条第一項に規定する基本方針のうち、同条第二項第四号に掲げる事項に係る部分については国土交通大臣、同項第五号に掲げる事項に係る部分については経済産業大臣とし、その他の部分については国土交通大臣、経済産業大臣及び農林水産大臣とする。
２法第六条第一項並びに第四項及び第十項（これらの規定を法第七条第四項において準用する場合を含む。第十四条第一項から第四項までにおいて同じ。）、第七条第一項及び第二項並びに第二十九条における主務大臣は、次の各号に掲げる流通業務総合効率化事業の区分に応じ、当該各号に定める大臣とする。ただし、地域公共交通の活性化及び再生に関する法律（平成十九年法律第五十九号）第二条第十五号に規定する貨客運送効率化事業又は港湾流通拠点地区（法第四条第四号に規定する港湾流通拠点地区をいう。以下同じ。）において特定流通業務施設（法第四条第三号に規定する特定流通業務施設をいう。以下同じ。）の整備を行う事業を含む流通業務総合効率化事業については、当該各号に定める大臣及び国土交通大臣とする。
一中小企業流通業務総合効率化事業イからハまでに掲げる区分に応じ、それぞれイからハまでに定める大臣
イ貨物流通事業者（貨物の輸送、保管その他の流通のうち国土交通省の所掌に係るものの事業を行う者をいう。以下この項において同じ。）が実施するもの国土交通大臣及び経済産業大臣
ロ食品等生産業者等（法第四条第六号に規定する食品等生産業者等をいう。以下この項において同じ。）が実施するもの経済産業大臣及び農林水産大臣
ハ貨物流通事業者及び食品等生産業者等以外の者が実施するもの経済産業大臣
二前号に掲げるもの以外の流通業務総合効率化事業イからニまでに掲げる区分に応じ、それぞれイからニまでに定める大臣
ロ食品等生産業者等が実施するもの（ハに掲げるものを除く。）農林水産大臣
ハ食品等生産業者等が実施するもののうち、法第四条第一号に規定する流通業務の効率化を図るための情報処理システム、設備又は一連の措置（物資の種類を問わず利用し、又は実施し得るものに限る。）を導入するもの経済産業大臣及び農林水産大臣
ニ貨物流通事業者及び食品等生産業者等以外の者が実施するもの経済産業大臣
３法第九条第一項及び第二項における主務大臣は、次の各号に掲げる特定流通業務施設の区分に応じ、当該各号に定める大臣とする。
二倉庫（倉庫業の用に供するものに限る。）国土交通大臣
三前二号に掲げるもの以外の流通業務施設であって、中小企業流通業務総合効率化事業の用に供するもの経済産業大臣
四前三号に掲げるもの以外の流通業務施設国土交通大臣、経済産業大臣及び農林水産大臣
（権限の委任）
第十四条法第六条第一項、第四項及び第十項、第七条第一項及び第二項並びに第二十九条の規定による主務大臣の権限のうち国土交通大臣に属する権限並びに法第六条第八項、第九項及び第十二項（これらの規定を法第七条第四項において準用する場合を含む。）並びに第七条第三項の規定による国土交通大臣の権限（いずれも一の地方運輸局の管轄区域内のみにおいて実施される流通業務総合効率化事業に係るものに限り、法第六条第四項第八号に規定する貨物軌道事業に係るもの及び港湾流通拠点地区において特定流通業務施設の整備を行う事業に係るものを除く。）並びに法第九条第一項及び第二項の規定による主務大臣の権限のうち国土交通大臣に属する権限（当該区域内のみにおいて実施される流通業務総合効率化事業に係るものに限る。）は、当該区域を管轄する地方運輸局長（運輸監理部長を含む。）に委任する。
２法第六条第一項、第四項及び第十項、第七条第一項及び第二項並びに第二十九条の規定による主務大臣の権限のうち国土交通大臣に属する権限並びに法第六条第八項（法第七条第四項において準用する場合を含む。）の規定による国土交通大臣の権限（いずれも一の地方整備局又は北海道開発局の管轄区域内のみにおいて実施される流通業務総合効率化事業に係るもののうち港湾流通拠点地区において特定流通業務施設の整備を行う事業に係るものに限る。）並びに法第六条第十一項及び第十三項（これらの規定を法第七条第四項において準用する場合を含む。）の規定による国土交通大臣の権限（当該区域内のみにおいて実施される流通業務総合効率化事業に係るものに限る。）は、当該区域を管轄する地方整備局長又は北海道開発局長に委任する。
３法第六条第一項、第四項及び第十項、第七条第一項及び第二項、第九条第一項及び第二項並びに第二十九条の規定による主務大臣の権限のうち経済産業大臣に属する権限（一の経済産業局の管轄区域内のみにおいて実施される流通業務総合効率化事業に係るものに限り、中小企業流通業務総合効率化事業に係るものを除く。）は、当該区域を管轄する経済産業局長に委任する。
４法第六条第一項、第四項及び第十項、第七条第一項及び第二項、第九条第一項及び第二項並びに第二十九条の規定による主務大臣の権限のうち農林水産大臣に属する権限（一の地方農政局又は北海道農政事務所の管轄区域内のみにおいて実施される流通業務総合効率化事業に係るものに限る。）は、当該区域を管轄する地方農政局長又は北海道農政事務所長に委任する。
５法第二十九条の六第一項、同条第五項から第八項まで（これらの規定を法第二十九条の七第三項において準用する場合を含む。）並びに法第二十九条の七第一項及び第二項並びに第二十九条の十三の規定による国土交通大臣の権限（一の地方運輸局の管轄区域内のみにおいて実施される法第二十九条の二第二号に規定する貨物自動車中継輸送事業に係るものに限る。）は、当該区域を管轄する地方運輸局長（運輸監理部長を含む。）に委任する。
６法第四十四条から第四十六条まで、第四十七条第三項、第四十八条、第四十九条第一項及び第二項並びに第五十条第一項及び第二項の規定による法第四十三条第一項に規定する荷主事業所管大臣の権限（以下「荷主事業所管大臣権限」という。）のうち財務大臣に属する権限（国税庁の所掌に係るものに限る。）は、荷主（法第三十条第五号に規定する荷主をいう。以下同じ。）の主たる事務所の所在地を管轄する国税局長（当該所在地が沖縄県の区域内にある場合にあっては、沖縄国税事務所長）又は税務署長に委任する。ただし、財務大臣が法第五十条第二項の規定に基づく権限を自ら行うことを妨げない。
７荷主事業所管大臣権限のうち農林水産大臣に属する権限は、荷主の主たる事務所の所在地を管轄する地方農政局長又は北海道農政事務所長に委任する。ただし、農林水産大臣が法第五十条第二項の規定に基づく権限を自ら行うことを妨げない。
８荷主事業所管大臣権限のうち経済産業大臣に属する権限は、荷主の主たる事務所の所在地を管轄する経済産業局長に委任する。ただし、経済産業大臣が法第五十条第二項の規定に基づく権限を自ら行うことを妨げない。
９荷主事業所管大臣権限のうち国土交通大臣に属する権限は、荷主の主たる事務所の所在地を管轄する地方整備局長、北海道開発局長、地方運輸局長（運輸監理部長を含む。）又は地方航空局長に委任する。ただし、国土交通大臣が法第五十条第二項の規定に基づく権限を自ら行うことを妨げない。
１０荷主事業所管大臣権限のうち環境大臣に属する権限（環境省令で定める事業を行う荷主に係るものに限る。）は、荷主の主たる事務所の所在地を管轄する地方環境局長に委任する。ただし、環境大臣が法第五十条第二項の規定に基づく権限を自ら行うことを妨げない。
１１法第六十三条から第六十五条まで、第六十六条第三項、第六十七条、第六十八条第一項及び第二項並びに第六十九条第一項及び第二項の規定による法第六十二条第一項に規定する連鎖化事業所管大臣の権限（次項において「連鎖化事業所管大臣権限」という。）のうち農林水産大臣に属する権限は、連鎖化事業者の主たる事務所の所在地を管轄する地方農政局長又は北海道農政事務所長に委任する。ただし、農林水産大臣が法第六十九条第二項の規定に基づく権限を自ら行うことを妨げない。
１２連鎖化事業所管大臣権限のうち経済産業大臣に属する権限は、連鎖化事業者の主たる事務所の所在地を管轄する経済産業局長に委任する。ただし、経済産業大臣が法第六十九条第二項の規定に基づく権限を自ら行うことを妨げない。